Il Dr. Brown (Treat Williams) è uno neurochirurgo di fama mondiale. Vive a New York con la moglie e i due figli, Ephram (Gregory Smith) e Delia (Vivien Cardone). Una tragica notte sua moglie Julia (guest star Brenda Strong) ha un incidente e muore. Andy, straziato dal dolore, ricorda di quando la moglie gli ha parlato di un luogo bellissimo, in Colorado, chiamato Everwood. Il medico, per dare una svolta alla sua vita, decide di trasferircisi con i figli, i quali, specialmente Ephram, non sono affatto d'accordo. A Everwood tutti sono eccitati all'idea del suo arrivo, anche se c'è chi è parecchio contrariato. Il dottor Abbot (Tom Amandes), il medico del paese, non è felice di avere un rivale che, a quanto pare, è addirittura deciso ad aprire uno studio medico dove i pazienti non pagano le visite. Anche Ephram è costretto a vedersela con dei bulli che il primo giorno di scuola lo deridono. Tra loro c'è Bright (Chris Pratt), fratello della bella Amy (Emily VanCamp), che invece accoglie Ephram molto amichevolmente. I due ragazzi sono casualmente anche i figli del Dottor Abbott. L'infermiera Edna (Debra Mooney) intanto chiede di essere assunta da Andy, il quale accetta senza sapere che la donna in realtà è la madre dell'altro dottore. Edna è fidanzata attualmente con il l'autista dell'autobus di Everwood, Irv (John Beasley), il quale fa amicizia con la piccola Delia. Ed è proprio lui a dire alla piccola che suo padre probabilmente è affetto dalla malattia del cuore straziato, infatti il neurochirurgo parla a volte con la moglie morta e ricorda in modo molto vivo alcuni loro discorsi. Andy inoltre conosce la sua nuova vicina di casa, Nina Feeny (Stephanie Niznik), una donna incinta. Ephram litiga col padre, ma alla fine riescono a riappacificarsi quando il ragazzo decide di ricominciare a suonare il pianoforte, che aveva abbandonato alla morte della madre.

A Everwood c'è la settimana del disgelo, durante la quale delle ondate di vento caldo ristagnano sulla città e la neve dei ghiacciai delle montagne vicine si scioglie. Il Dr. Brown ha la sua prima visita a domicilio, ed eccitato corre dalla signora Dudley (guest star Victoria Mallory), che ha molti figli, tutti malati. Ephram è molto dispiaciuto del comportamento del padre, che li lascia più volte a cena per andare a curare dei malati. Amy decide di andare alla festa del disgelo proprio con Ephram e lui ne è felicissimo, anche se dovrà sopportare suo fratello Bright. Alla festa, sulla ruota panoramica, Amy chiede al ragazzo se può chiedere al padre di dare un'occhiata a Colin, il suo fidanzato in coma. Ephram si aspetta la domanda poiché Bright gli aveva precedentemente detto che secondo lui sua sorella lo stava solo sfruttando per avere un aiuto per Colin. Nonostante ciò, Ephram dice ad Amy che parlerà col padre. In realtà il ragazzo le mentirà dicendole che, avendolo chiesto al padre, lui aveva risposto di no. Intanto Delia si è presa una nota disciplinare per aver chiesto di essere spostata di banco e per aver tenuto il cappello in classe. Il padre va dalla maestra alla convocazione dei genitori e riesce a tener testa all'insegnante un po' troppo conservatrice. Inoltre l'ambulatorio del Dr. Brown si svuota a causa di una sua figuraccia: alla festa del disgelo, davanti a tutti, inizia a parlare apparentemente da solo, anche se in realtà lui immagina di parlare con la moglie defunta. Vederlo in quello stato sconvolge non solo i figli, che lo avevano visto altre volte, ma anche tutti i cittadini di Everwood.

Nina, la vicina di casa dei Brown incinta, rivela alla città che quello che porta in grambo non è suo figlio. Sara, la vera madre, ha cinquantacinque anni e non può avere più figli, perciò si è affidata a Nina per averne uno. Tutta la comunità di Everwood è in disaccordo con la scelta di Nina, che l'ha fatto non solo per carità, ma anche per soldi e avere il marito a casa più volte all'anno (lui è infatti spesso in giro per lavoro). A scuola Ephram conosce Wendell (guest star Cody McMains), un tipo piuttosto strano che vuole aiutarlo a fare colpo su Amy. Intanto anche Delia ha un nuovo "amico", il bulletto Magilla (guest star Bret Loehr), che gli ruba alcune cose, ma poi capisce che ha bisogno di un amico tanto quanto la nuova arrivata. Nina inizia ad avere le doglie e il Dr. Brown insieme a Ephram l'accompagnano all'ospedale. In macchina il bambino inizia a spingere un po' troppo e i due sono costretti a fermarsi in una caffetteria e a far nascere il bambino con pentole e lacci delle scarpe. Tutto procede bene e il bambino è sano. Amy vorrebbe invitare Ephram a una festa, ma le sue amiche non lo vogliono e si inventano una scusa per non farlo venire. Ephram è molto dispiaciuto e si arrabbia con Amy, che alla fine decide di non andare alla festa e di scusarsi con il ragazzo.

A Everwood hanno deciso di demolire il ponte dei baci, un ponte che ormai si regge in piedi per miracolo, ma che ha dietro di sé una storia straordinaria. Edna sembra essere l'unica a preoccuparsene, dato che ci è molto affezionata. La donna non vuole ammetterlo, ma alla fine riesce a parlarne con Irv, suo marito. Nel frattempo i due dottori notano che in città si sta diffondendo la gonorrea e, sotto consiglio del Dr. Brown, decidono di fare educazione sessuale ai ragazzi del liceo. Ephram, Amy e Bright non sono affatto felici della cosa e si sentono imbarazzati. Inoltre si sta avvicinando il ballo della scuola e Amy è triste perché non può andarci con Colin (guest star Mike Erwin), che è ancora in coma. Ephram si offre di accompagnarla a Denver per andare a salutare il ragazzo all'ospedale e a invitarlo al ballo, anche se naturalmete non può né sentire né parlare. Amy ed Ephram dunque saltano la scuola e vanno a Denver, lasciando i genitori preoccupati ad aspettarli a casa. Quando il Dr. Brown per l'angoscia sta per chiamare la polizia, il Dr. Abbott lo informa che probabilmente sa dove sono i loro figli, cioè all'ospedale di Colin. I due medici vanno a recuperare i ragazzi che hanno perso l'ultimo autobus e sono bloccati in un bar. Infine Edna riesce a riconciliarsi con il passato facendo saltare in aria lei stessa il ponte dei baci.

Un daino ha lasciato il suo habitat naturale tra le montagne e vagando è arrivato fino a casa dei Brown, che se lo ritrovano in giardino. Andy chiama la protezione animali, ma Ephram, che scopre che il daino verrà lasciato in una terreno di caccia, decide di riportarlo personalmente a casa. Andy ed Ephram allora vanno a fare un'escursione tra i boschi con il daino, in modo da riportarlo nella riserva. Intanto Delia sta a casa di Edna e Irv, ma è molto triste a causa di una domanda che le ronza nella testa: Dio esiste e se esiste come lo si prova? Secondo Magilla (guest star Bret Loehr), il suo nuovo amico, Dio non esiste e scoppia una discussione in classe. Delia ne parla anche con Edna, che però capisce che la piccola non sta cercando Dio, ma il Paradiso, dove spera si trovi la sua mamma morta. Edna porta con sé Delia dal rabbino più vicino: un soldato in una base militare (guest star Jeremy Elliot). Il soldato non da risposte molto convincenti alla piccola Delia ma lei riesce comunque a ritrovare Dio quando, tornando a casa con il sidercar di Edna, la benzina dura più del dovuto. Ephram e il padre arrivano alla riserva, che però è in cenere. Portano perciò il daino in un posto più a nord, lontano dai cacciatori. Infine, una volta tornato a Everwood, Ephram trova il coraggio di chiedere al padre di aiutare Colin e di dire ad Amy di averle mentito.

A Everwood è arrivata la dottoressa Trott (guest star Jane Krakowski), una psicologa che passa di paese in paese con il suo studio mobile in un camper. Andy parla con i genitori di Colin, ma all'ultimo si tira indietro poiché non si sente pronto e ha paura. Dice tuttavia che siano stati gli Hart a rinunciare, ma Amy rivela a Ephram che non è così. Ephram è arrabbiato con il padre che si è tirato indietro e anche Amy ne è dispiaciuta. Intanto a Delia viene proibito dai genitori di Magilla di vedere il bambino, che si comporta in modo strano. Edna confida ad Andy che Magilla (Bret Loehr) in realtà non è nato maschio e che quindi stando con Delia si comporterebbe da femmina. I genitori del bambino perciò decidono di mandarlo in una scuola maschile, in modo che possa formarsi da maschio durante le pubertà. Delia è molto dispiaciuta e Andy riesce e fare incontrare i due amici per l'ultima volta prima della partenza di Magilla. Amy ha un mancamento a causa di Colin, che secondo la ragazza non si sveglierà mai. Il Dr. Abbott vedendo sua figlia in quelle condizioni va dal Dr. Brown a dirgli di comportarsi come ha sempre fatto e di curare Colin. Andy riuscirà a ritrovare fiducia in sé stesso proprio grazie a una seduta dalla dottoressa Trott, che ormai è in procinto di andarsene.

Gli Hart hanno deciso per l'intervento e il Dr. Brown si sta preparando per il grande giorno. Da New York arriva il suo braccio destro, il Dr. Holderman (guest star Lamont Thompson). L'operazione consiste nel togliere un frammento rimasto nel cervello di Colin e si svolgerà in una sala operatoria a Denver. Amy e gli Hart si recano all'ospedale per aspettare lì la fine della lunga operazione. Ephram rimane a casa, ma quando riceve la telefonata di un'agitata Amy, sotto consiglio di Nina, decide di andare in ospedale e di aspettare con lei. In quest'episodio vi sono inoltre numerosi flashback sul giorno dell'incidente di Colin: è il quattro luglio e alla famiglia Abbott è stato richiesto di vestirsi da rivoluzionari per una festa di paese di commemorazione. Bright accetta dell'alcool da Colin (guest star Mike Erwin), mentre quest'ultimo litiga con Amy che gli dice di amarlo, ma non riceve risposta dal fidanzato. Bright e l'amico decidono di fare un giro con la macchina del padre di Colin e si allontanano dalla festa. A guidare è Colin, come da sempre sostenuto da Bright, ma alla fine si scopre che in realtà i due si erano scambiati di posto ed era stato Brgiht, ubriaco, a causare l'incidente. L'operazione procede bene: i chirurghi non solo asportano il frammento ma ne trovano e asportano un secondo. Intanto Bright trova il coraggio di dire la verità sull'incidente di Colin al padre e agli Hart. Infine Andy riemerge dalla sala operatoria e dà a tutti la buona notizia che l'intervento è andato bene, anche se ci vorranno settimane prima del risultato.

È il giorno del ventesimo anniversario di matrimonio per Andy, che è costretto a passarlo da solo. Proprio quel giorno infatti la classe di Ephram ed Amy va in gita alle miniere. Inaspettatamente si scatena un temporale che blocca l'autostrada, perciò i ragazzi sono costretti a ritardare nel tornare a casa. Dovendo rimanere nelle miniere, durante una chiacchierata Ephram bacia Amy, che però scappa via confusa. Durante il viaggio di ritorno Amy riceve una telefonata in cui le viene comunicato che Colin si è svegliato dal coma. In città, intanto, il Dr. Brown mente a tutti dicendo di stare bene e di poter superare questa giornata di ricordi, ma questi riaffiorano quando Andy scopre che la moglie aveva prenotato un viaggio a Firenze per loro due soli, come d'abitudine nella settimana dell'anniversario. Intanto si avvicina anche la domenica della speranza, un giorno in cui a Everwood si celebra la speranza e la pace, con il discorso del reverendo Keyes (guest star Tim DeKay), che raduna tutta la comunità nella sua chiesa, di qualunque religione essa sia ed elegge "l'uomo della speranza dell'anno". Quest'anno però il reverendo ha problemi familiari che gli impediscono di pensare alla speranza: sua moglie (guest star Melinda Clarke), per dimagrire, mangia solo pollo e lui, in momenti di intimità, ha attacchi di orticaria. La moglie è convinta che lui non riesca semplicemente a starle vicino, ma il Dr. Brown tenta di trovare una soluzione più scientifica, testando i prodotti di bellezza della donna per vedere a quali di quelli è allergico il reverendo. Infine, capisce che il problema sono i polli: mangiandone eccessivamente, la donna assume anche moltissimi antibiotici che vengono dati al pollame, antibiotici ai quali il reverendo è allergico. Andy pensa di aver risolto il caso e di aver salvato il loro matrimonio, ma i due coniugi hanno invece deciso di separasi ugualmente. Giù di morale, per l'assenza della moglie e del compito fallito, Andy si reca in chiesa e prega. A sentirlo per puro caso è lo stesso reverendo, che la domenica successiva decide di eleggerlo uomo della speranza dell'anno.

La famiglia Brown si sveglia con un buon profumo di cannella per casa: sono i nonni di Ephram e Delia, suoceri di Andy, arrivati all'improvviso da New York, che stanno preparando la colazione. I nonni Jacob e Ruth (guest stars Mark Rydell e Doris Belack), senza nessuno preavviso, sono venuti a trovare i nipoti e Andy, che non vedono da quando sono partiti per Everwood. I figli di Andy sono entusiasti della visita e Delia salta scuola per far loro da guida. La piccola presenta a sua nonna Edna, con la quale aveva un appuntamento in cui avrebbero cambiato insieme una gomma alla macchina di Edna e quest'ultima le avrebbe insegnato qualcosa sui motori. La nonna di Delia, per provocazione decide di assistere alla lezione e rimprovera Edna per essere troppo intraprendente alla sua età. Allo stesso modo Edna sfida la nonna partecipando a una serta di sola cultura. Le due donne infine capiscono che Delia non è legata più alla vita di New York, quando andava a vedere spettacoli a teatro, ma è diventata più forte e indipendente. Con Ephram invece c'è il nonno Jacob, con il quale il ragazzo parla di Amy e del suo futuro. Intanto i genitori di Colin non vogliono che Amy passi il tempo in ospedale e la mandano via. Bright parla con Ephram chiedendogli di venire a una festa alla quale ci sarà la sorella, per tirarla su di morale. Ephram chiede quindi al padre di poterci andare, ma Andy glielo proibisce e lo manda in punizione in camera sua. Ephram allora scappa dalla finestra e va alla festa, dove viene trattato male da Amy che è ancora scossa dal comportamento dei genitori di Colin. Ephram reagisce ubriacandosi e quando la polizia interrompe la festa, un poliziotto riporta a casa Ephram. L'episodio si conclude con la decisione di Ephram di tornare a New York coi nonni. Andy, che è rimasto parecchio occupato con un paziente difficile, vede realizzarsi il suo incubo peggiore: cioè che Jacob riesca a portargli via Ephram.

Andy non dà il suo permesso a Ephram di andarsene da Everwood e questo causa un'ulteriore lite fra i due. Inoltre il chirurgo si infuria con il suocero, poiché pensa che quest'ultimo sia venuto a Everwood apposta per riportare a New York il ragazzo. Si avvicina il compleanno di Edna, la quale odia questa festività e non la festeggia mai. Delia scopre che nessuno vuole fare una festa per lei (in realtà è la stessa Edna che proibisce a tutti di organizzarne una) e insieme alla nonna ne prepara una a casa loro. Vi sono numerosi invitati, tra cui la famiglia Abbott, e Amy ha l'occasione per scusarsi con Ephram. Bright invece non vorrebbe andarci poiché lui è in cattivi rapporti con la nonna, che crede che lui sia un fannullone. Durante la festa, Ephram e suo padre hanno l'ennesima lite, che scoppia davanti a tutti gli invitati. Intanto sta scendendo moltissima neve e tutti gli ospiti rimangono bloccati a casa Brown. Bright inizia ad avere mal di stomaco e presto si scopre che la causa del dolore è l'appendicite infiammata. Non potendolo portare in ospedale, Jacob e Andy improvvisano una sala operatoria nello studio del Dr. Brown. L'operazione si conclude bene e Bright viene portato in ospedale, dove Edna si congratula con lui per il coraggio. Andy riesce finalmente a parlare con Ephram e a convincerlo a non andare.

Si avvicina il giorno del Ringraziamento e a casa Brown si percepisce che non sarà come quello di tutti gli anni. Quella che soffre più di tutti è Delia, che vorrebbe una festa come quella organizzata da sua madre ogni anno. Il Dr. Brown, per niente abile in cucina, decide di prendere una cena del Ringraziamento da asporto, ma Ephram decide di cucinare lui cercando di fare una cena più simile possibile a quella di sua madre. Intanto il Dr. Abbott va dal suo medico (guest star Paul Kiernan) per fare il controllo annuale e questi gli dice che ha trovato una piccola macchia in una radiografia. Probabilmente non è nulla, ma il Dr. Abbott inizia a pensare cosa accadrebbe se lui morisse e si rende conto che in città non è ben voluto e che al suo funerale non ci sarebbe nessuno, se non pochi intimi. In un attacco di mezza età invita quindi Edna, Irv, e altri concittadini a casa sua per il Ringraziamento. Il Dr. Brown ha una caso medico particolare: Marty Mawuell (guest star Robert Peters) ha bisogno di un rene nuovo, ma a causa di una lite con il fratello, non è più in contatto con lui da parecchio tempo. Andy allora decide di andare tra le montagne a cercare Daniel (guest star John Savage), il fratello di Marty, e convincerlo a donare il rene. Andy scopre che il motivo che ha allontanato i due fratelli è una donna (guest star Jensen Buchanan), prima moglie di Daniel, che ha lasciato per Marty. Amy decide di aiutare Ephram a cucinare per il cena del Ringraziamento e in un momento di intimità lo bacia. Alla cena del Ringraziamente il Dr. Abbott riceve un telefonata dal suo medico che gli dice che c'è stato un errore del laboratorio e che dunque lui è sanissimo; saputa la notizia, Harold caccia tutti via da casa sua. A casa Brown, invece, Delia non è felice della cena, che trova diversa dagli altri anni, e si mette a urlare. Nina riesce a calmarla e a farle capire che Ephram ha fatto tutto quello che poteva per farle capire quanto le vuole bene. Il giorno successivo Ephram va a casa di Amy per darle un regalo, ma il Dr. Abbott gli dice che Amy è andata a trovare Colin. In realtà Amy cerca di evitarlo perché non sa cosa fare, poiché è legata sia a lui che a Colin, che si risveglierà da un momento all'altro. Infine Andy riceva la visita di Daniel, che si è convinto a donare il rene.

A heartbroken Ephram finds himself the odd man out as Amy prepares for Colin's homecoming. Meanwhile, Andy and Dr. Abbott join the town in a debate over the use of medicinal marijuana after a large quantity is discovered in a deceased woman's greenhouse; and Andy provides medical guidance to Nina after her son's teacher suggests she put him on Ritalin.

Much to resident thespian Dr. Abbot's chagrin, Andy begrudgingly auditions and is offered the lead in Everwood's production of ""The King and I."" As Dr. Brown struggles with his lines, Ephram struggles with his emotions when his intense feelings for Amy are complicated by Colin's (Mike Erwin) desire to be his friend.

Although conflicted by his feelings for Amy, Ephram finds himself serving as confidante and friend to Amy's boyfriend, Colin, who continues to feel like a fish-out-of-water as he attempts to reclaim his life before the accident. Meanwhile, Andy hopes to convince Ephram to resume the piano lessons he abandoned after his mother's death; Nina's absentee husband (guest star Dylan Walsh) comes home for a visit, which proves to be far from happily ever after; and in a bittersweet turn of events, Amy and Colin are nominated for Homecoming King and Queen.

On a church ski trip chaperoned by perpetual party pooper Dr. Abbott, Amy and Colin share their first kiss since the surgery. Ephram finds himself intrigued by Colin's younger sister, Laynie (guest star Nora Zehetner), who has recently returned home from boarding school. Also, Bright attempts to get to the next base with his girlfriend (guest star Devon Reilly). Meanwhile, Andy hesitantly agrees to attend a singles mixer with the recently divorced Reverend Keyes (guest star Tim Dekay).

When traveling psychologist Dr. Gretchen Trott (guest star Jane Krakowski) comes back into town, Andy is forced to confront his potentially romantic feelings for her. In other romantic entanglements, Edna and Irv have difficulty adjusting to life after his heart attack scare; Harold and his wife Rose (guest star Merrilyn Gann) have it out after they attend couples therapy and she suggests that he's lost that lovin' feeling; and Ephram asks Laynie (guest star Nora Zehetner) out on their first date, in part to show Amy that he's moving on with his life.

When Dr. Abbott's dementia-plagued, elderly godfather (guest star Luke Askew) confesses to a murder that took place 30 years ago and reveals that Abbott's father was his accomplice, Abbott and Dr. Brown join the investigation in an attempt to find out what really happened and clear the men's names. Meanwhile, Ephram can't seem to keep Amy (Emily VanCamp) far from his thoughts, causing major problems in his burgeoning relationship with Laynie (Nora Zehetner). Dr. Brown butts heads with Ephram's new piano teacher (guest star Ian Vogt) over what is best for Ephram.

Approaching the anniversary of his mother's death, Ephram confronts a repressed memory of his father cheating on his mother, causing an even bigger rift between father and son that eventually leads to a firestorm of emotions. Meanwhile, Amy grows concerned that Colin might not be recovering as well as everyone thinks when he gets violently ill on one of their dates. Amy tells her father who later tells Doctor Brown which causes the Harts to dismiss Andy from being their family doctor and causes a feud between Amy and her father.

Although Amy and Bright are still living in denial regarding the state of Colin's (Mike Erwin) recovery, Ephram can't ignore the bad signs any longer after he witnesses Colin freaking out and vandalizing the gym teacher's office. Meanwhile, a New York Magazine reporter pays a visit to Dr. Brown in hopes of uncovering the truth behind why the famed surgeon is still living in Everwood. And Delia decides to secretly spend the night in the Museum of History while on a school field trip.

A nervous Ephram feels the pressure of performing his first piano recital in Everwood; Dr. Brown and Dr. Abbott attempt to diagnose a man (guest star Dan Merket) with a mysterious sleeping disorder that leaves welts on his body; and Amy pretends to want to spend time with her grandmother, Edna, in order to secretly see Colin while she's grounded. Meanwhile, the town is buzzing with rumors of UFOs and aliens after locals observe something strange in the sky.

Dr. Brown faces one of the toughest moral decisions of his career when a distraught pregnant teenager (guest star Kate Mara) and her father (guest star Kevin Tighe) come to him for guidance about terminating her pregnancy. Meanwhile, Ephram is humiliated in front of the entire school when his date for the Spring Formal ditches him at the dance to make-out with her boyfriend. Lastly, Amy and Colin (Mike Erwin) have a huge fight when she chooses to console Ephram against Colin's wishes.

Resentful at being forced to accompany Andy and Irv to a remote lake cabin, Ephram takes a small boat out alone and his inexperience leads to a serious accident and a night of terror for Andy. Meanwhile, Colin and his parents must decide whether to allow Dr. Brown to perform a second dangerous surgery; and Nina confronts her husband Carl after she accidentally discovers he is having an affair.

As the day of Colin's (guest star Mike Erwin) surgery approaches and emotions run high, Andy takes Ephram and Delia on a road trip to his old medical school to consult with his mentor, Dr. Donald Douglas (guest star Philip Baker Hall). Back in Everwood, Colin kidnaps Amy and Bright in the middle of the night to surprise them with a special day of memories and hopes for the future.