As part of the organization Mithril, Sergeant Souske Sagara, Melissa Mao and Kurz Weber receive a secret mission: guarding Kaname Chidori, a popular student from a Tokyo high school who has hidden military potential.

Sousuke is set on his mission to protect Kaname, and attacks anything vaguely resembling a threat to Kaname. This leads to funny situations and Sousuke has to explain Kaname why he is following her, blaming coincidence.

Sousuke gets oriented in his Garbage Duty and Kurtz gets to know the targets a little better. Meanwhile Tessa takes care of a research center in Russia. Sousuke's team encounter a mysterious man climbing to Kaname's balcony.

The airplane with Sousuke, Kaname and 400 of their classmates is hijacked and brought to a secluded location. Kaname is taken away from the plane, but what will Sousuke do to rescue her?

Kaname viene sottoposta a una serie di test mirati a stabilire se lei sia o meno una whispered; contrariata per quello che sta subendo, la ragazza tenta la fuga, ma sarà solo l'intervento di Sousuke a permetterle di scappare. Mentre Sagara si trova costretto a rivelare a Kaname la sua vera identità, le forze d'attacco della Mithril partono alla volta di Khanka per liberare i passeggeri dell'aereo. Sousuke si impossessa di un AS russo e cerca di fuggire insieme a Kaname, ma un AS argentato particolarmente potente blocca loro la strada. Sarà Kurz ad ingaggiare un combattimento con l'AS nemico, contro il quale non riuscirà ad avere la meglio pur riuscendo a dare a Kaname e Sousuke l'opportunità di fuggire...

Le forze d'attacco della Mithril riescono ad avere la meglio sui terroristi di Khanka e a mettere in salvo gli ostaggi nel tempo prestabilito, ma sono sfortunatamente costrette a rinunciare al recupero dei tre dispersi: Kurz, Sousuke e Kaname. Mao cerca in tutti i modi di avere il permesso di tornare indietro, ma il maggiore Kalinin è irremovibile. Nel frattempo i tre cercano di procedere verso la costa, ma le condizioni di Kurz rallentano la loro fuga. Quando per loro sembra giunta la fine, dal cielo atterra un nuovo modello di AS lanciato loro dal De Danaan: l'Arbalest.

Sousuke si trova ora a bordo dell'Arbalest ma, nonostante si tratti di un modello particolarmente potente, non sembra poter nulla contro l'AS argentato pilotato da Gauron. Sarà Kaname a fornire a Sousuke un aiuto determinante. La ragazza, infatti, in seguito agli esperimenti subiti, riesce ad attingere a conoscenze che non sapeva di possedere e istruirà Sousuke su come usare il Lambda Driver, un dispositivo installato sull'Arbalest che reagisce alla volontà del pilota grazie al quale Sousuke riuscirà a sconfiggere il nemico ed a rientrare sul De Danaan. Nonostante la morte di Gauron, il maggiore Kalinin ritiene opportuno che Kaname resti sotto la sorveglianza di Sousuke, rendendo così molto felice la ragazza.

Finiti i problemi coi terroristi, la vita di Kaname Chidori ritorna alla normalità, ma i guai non le danno tregua. Questa volta il problema si chiama Mizuki Inaba, una ragazza gelosa di Kaname in quanto il suo ragazzo l'ha lasciata interessato a lei. Siccome il giorno successivo Mizuki avrebbe dovuto presentare il fidanzato a delle amiche, chiede a Sousuke di fingersi Satoru e di uscire insieme a lei. Ovviamente, il comportamento e le strane affermazioni del sergente Sagara destano subito strani dubbi nelle amiche di Mizuki, ma sarà solo quando le ragazze si troveranno di fronte al vero Satoru che lei si troverà costretta ad abbandonare la sua malriuscita recita.

Teletha lascia il De Danaan per raggiungere il maggiore Kalinin a Tokyo, dove è stato arrestato un giovane, Takuma Kugayama, che pare aver subito un trattamento volto a permettergli di usare il lambda driver. Mentre Teletha e Kalinin sono nel centro di ricerche in cui è ricoverato il ragazzo, il gruppo di terroristi a cui questi appartiene sferra un attacco nel tentativo di liberarlo. Il maggiore Kalinin viene ferito gravemente e viene catturato, mentre Teletha riesce a scappare e a rifugiarsi, insieme a Takuma, nell'appartamento in cui alloggia Sousuke.

Kaname, intenzionata a chiedere scusa a Sousuke per essersi arrabbiata senza motivo, si reca a casa sua portandogli la cena. Continua a risultarle difficile credere che la giovanissima ragazza che trova in sua compagnia sia in realtà un suo superiore e la presenza di Takuma ammanettato ad un letto la incuriosce ulteriormente. Scoperto che il giovane terrorista ha addosso un trasmettitore, Sousuke e Teletha decidono di lasciare l'appartamento e di portare Kaname insieme a loro per sicurezza. I quattro si rifugiano così a scuola ma, prima dell'arrivo di Mao e Kurz, i terroristi riescono a catturare Kaname e Teletha e a chiedere la liberazione del prigioniero.

Mentre il maggiore Kalinin, immobilizzato a letto, ascolta la storia di Seina, che si rivela essere a capo del gruppo terroristico A-21, Sousuke, Kurz e Mao si mettono sulle tracce di Kaname e Teletha, che sono state portate via insieme a Takuma. Scoperto che i terroristi sono nascosti su una nave da carico, Kurz e Sousuke vi salgono a bordo, mentre Kalinin riesce a liberarsi grazie all'aiuto di Teletha. Questa, prima di fuggire, decide di scendere sul fondo della nave per accertarsi di quanto stanno facendo i terroristi e con sua enorme sorpresa scopre che questi sono in possesso di un gigantesco Arm Slave.

Takuma, una volta salito a bordo del Behemoth, comincia a seminare morte e distruzione in città. Nel frattempo Sousuke, Kurz e Kaname cercano disperatamente di fuggire dalla sua furia a bordo di un furgone. Fortunatamente Mardukas riesce a lanciare l'Arbalest dal De Danaan e Sousuke può così affrontare il gigantesco robot. Sarà grazie alle istruzioni di Teletha, che riuscirà a comunicare con Kaname benché svenuta, che Sousuke riuscirà a mettere fuori uso il lambda driver del suo gigantesco avversario e a fermarlo.

Teletha, in una giornata in cui è particolarmente di cattivo umore, si lascia coinvolgere in un'accesa discussione con Mao. Il giovane sergente maggiore non accetta infatti di essere definito "ultima ruota del carro dell'esercito" dal suo superiore, accusandolo di non essere neppure in grado di pilotare un AS. Tessa, non sopportando l'affronto, la sfida in un combattimento tra AS; la perdente sarà costretta a fare un giro della base completamente svestita. Mentre Mao, davanti a una lunga serie di birre, riflette sul complesso d'inferiorità che prova nei confronti del giovane colonnello, Tessa chiede l'aiuto di Sousuke per allenarsi e per definire la strategia da adottare contro la sua avversaria. Per quanto l'esito dell'incontro dovrebbe essere scontato, Tessa si dimostra inaspettatamente all'altezza della situazione...

È estate, ma Kaname, pur sognando di passare le vacanze al mare su bianche distese di sabbia, si ritrova a Narashino, nell'ambito dell'annuale Festival della guarnigione, in cui la squadra di AS del posto e quella di Nerima si sfidano in una sorta di torneo sportivo. La divisione aviotrasportata di Narashino è particolarmente debole e una lunga serie di sconfitte ha caratterizzato le sue partecipazioni alle varie edizioni del festival; al suo comando vi è il padre di Shinji Kazama, preoccupato dal calo della stima che il figlio nutre nei suoi confronti. Quando la vittoria del torneo sembra allontanarsi dai sogni della squadra di Nerima, un nuovo pilota di AS scende in campo a risolvere la situazione...

Sousuke viene chiamato a partecipare a una missione in Hermajistan con l'uccisione del redivivo Gauron come obiettivo principale. Il ragazzo si troverà a combattere insieme ad una squadra delle forze della Mithril stanziate nell'Oceano Indiano, dei mercenari americani piuttosto contrariati dalla presenza di un ragazzo nella loro squadra. Soltanto Gray, l'unica ragazza del gruppo, si dimostra ben disposta nei confronti del ragazzo, perfettamente consapevole del fatto che Sousuke, che si è già misurato con Gauron più di una volta, può vantare un'approfondita conoscenza del territorio.

Gli avvertimenti di Sousuke vengono ignorati e, quando la sua squadra si trova ad affrontare il potente AS di Gauron, la situazione precipita. Bill perde la vita e Batist viene gravemente ferito; sarà solo l'intervento di Sousuke a permettere agli altri di fuggire. Il giovane sergente della Mithril propone di rifugiarsi nel campo di guerriglieri che lui stesso un tempo aveva usato, prima che tutti i suoi compagni venissero uccisi brutalmente da Gauron, evitando così il rischio insito in ogni tentativo per raggiungere la città più vicina.

Zaied outwits Sousuke's team and interdicts their advance! Zaied's team surrounds Sousuke's team who is carrying a nuclear warhead. Zaied moves first. While Sousuke is fighting against Zaied, Gray and the team are aghast at the power of Gauron.

Kaname è ormai rassegnata a passare l'ultima settimana delle sue vacanze estive a casa da sola, fino a quando non riceve da Sousuke un invito ad andare con lui su un'isola del sud. La ragazza accoglie con entusiasmo la notizia ma, non appena scopre che la destinazione altro non è che una base della Mithril e che è stata Teletha stessa a chiedere di incontrarla, il suo umore torna a essere dei peggiori. Come se questo non bastasse, durante il viaggio in aereo Sousuke riceve l'ordine di tornare sul De Danaan e, con somma gioia, Kaname si ritrova a dover affrontare la sua prima esperienza di paracadutismo. Per rimediare all'improvviso cambio di programma, Teletha decide di organizzare direttamente sul sottomarino il party che si sarebbe dovuto tenere alla base.

Il Tuatha de Danaan è ormai vicino al luogo dove si terranno le operazioni, ma Tessa, Mao e Kaname ne approfittano ugualmente per prendersi un momento di relax facendo un bagno caldo. Tra una chiacchiera e l'altra, Mao comincia a raccontare del suo primo incontro con Kurz e Sousuke, avvenuto un anno prima quando era stata incaricata di selezionare tra le reclute quelli che sarebbero stati i suoi due nuovi subordinati. Giunta sul campo di addestramento, i due ragazzi furono i primi a essere scartati come possibili candidati: Kurz perché aveva tentato con l'inganno di baciarla e Sousuke per gli scarsi risultati che aveva ottenuto nel corso dell'addestramento. Ma una volta visti i due ragazzi in azione, Mao dovette presto ricredersi sul loro conto e, naturalmente scelse loro come nuovi membri della sua squadra.

Teletha, prima dell'inizio delle operazioni, chiede a Kaname di incontrarla nei suoi alloggi per parlarle dei whispered e del "contatto" avvenuto tra loro durante la battaglia contro il Behemoth. Le confessa di essere anche lei un whispered, individui dotati della facoltà di fondere le proprie menti attraverso quella che si chiama "risonanza" riuscendo così comunicare tra loro. Nel frattempo Kalinin seleziona le persone che dovranno combattere contro Gauron e i terroristi che hanno preso il possesso dell'isola di Berildaob, ricordando a tutti che sarà Sousuke, a bordo dell'Arbalest, l'unico che dovrà affrontare Venom, il temibile AS pilotato da Gauron. Lo scontro, nonostante Mao rimanga ferita, si rivela essere più facile del previsto e il nemico giurato di Sousuke si arrende senza opporre resistenza.

Gauron viene fatto salire a bordo del De Danaan come prigioniero. Sousuke si sente responsabile per quanto successo a Mao durante l'operazione ed il suo umore è pessimo. Kaname si preoccupa del ragazzo e parla con lui nella speranza di risollevare il suo morale, ma questi le risponde sgarbatamente e la ragazza, non prima di aver fatto una delle sue solite sfuriate, scappa via piangendo. Kurz assiste alla scena e, non sopportando oltre il comportamento da eroe tenuto da Sousuke, cerca di fargli capire che non sta combattendo questa guerra da solo. Nel frattempo Gauron, grazie all'aiuto di due traditori si libera e una volta raggiunto il ponte di comando, prende il controllo del sottomarino.

L'AI del De Danaan ora obbedisce solo agli ordini di Gauron, ma Tessa è a conoscenza di un modo per riprendere il controllo del sottomarino. Conscia di avere dei pessimi riflessi, il giovane comandante usa i suoi poteri di whispered per entrare in risonanza con Kaname, tenuta prigioniera insieme a lei sul ponte di comando, chiedendole di prendere la "chiave universale" dalla sua cassaforte e di raggiungere la Lady Chapel, il cuore del De Danaan. Grazie a un abile diversivo messo in atto da Tessa, Kaname riesce a fuggire e con l'aiuto di Sousuke si libererà del suo inseguitore. Gauron, indispettito per l'accaduto decide di lanciare dei missili contro una nave statunitense che naviga non lontano dal sottomarino.

Gauron lancia un attacco a una nave statunitense, ma fortunatamente Teletha ha fatto rimuovere le testate dai missili e, per quanto riporti dei danni, la nave non viene distrutta. Resosi conto dell'accaduto, il Pasadena, sottomarino che da tempo sta dando la caccia alla "toy box", non perde l'occasione di lanciare i suoi siluri contro il De Danaan. Gauron non sembra particolarmente intenzionato a schivare l'attacco, ma Teletha, grazie all'aiuto di Kaname, riesce a riprendere il controllo del sottomarino e con un'incredibile manovra scongiura quella che sarebbe stata una tragedia. Sousuke irrompe sul ponte di comando, ma Gauron, sebbene ferito, riesce a scappare.

Gauron è riuscito a salire sul suo AS, Venom, ma Sousuke lo contrasta a bordo del suo Arbalest. Dopo un breve combattimento Gauron, nonostante si dichiari sconfitto, attiva il dispositivo di autodistruzione del suo AS, la cui esplosione potrebbe segnare la fine del De Danaan. Ma grazie all'aiuto di Kaname, che ha il controllo del sottomarino, il giovane sergente riesce a gettare in mare il suo avversario prima dell'esplosione.