La prima parte dell'episodio vede MacGyver scalare una parete rocciosa da qualche parte in Asia centrale per trovare la testata di una bomba su un aereo schiantatosi in cima alla montagna, ora in mano a soldati stranieri. Nella seconda parte dell'episodio, MacGyver viene incaricato di salvare eventuali superstiti in un laboratorio sotterraneo dove è avvenuta un'esplosione ed ora è isolato dalla superficie.

MacGyver deve recuperare dei fascicoli contenenti codici segreti del Pentagono per il lancio di missili. Completata la missione, si reca in una regione del Sud-Est Asiatico, dove la popolazione è resa in schiavitù e costretta a coltivare oppio.

MacGyver dovrà prima recuperare il cavallo più costoso al mondo rubato da un capotribù saudita, poi dovrà incontrarsi con una spia di Budapest per ricevere un orologio con dentro importanti informazioni.

Nella prima parte dell'episodio MacGyver si trova in una piccola città mediorientale per sottrarre a dei trafficanti una mappa molto importante; nella seconda parte MacGyver è in un paesino dell'America Centrale per recuperare sana e salva una reporter, ma si lascia convincere da questa ad aiutarla a scattare delle foto che testimonierebbero una trattativa tra un generale e un trafficante d'armi.

Un crudele mercenario possiede un casinò, nella cui cassaforte nasconde diamanti rubati che sarebbero stati destinati a campagne umanitarie. MacGyver cercherà di rubarli cercando di eludere i sistemi di sicurezza.

MacGyver dovrà prima salvare una geologa da un gruppo di bellicosi montanari baschi, poi dovrà fermare un esercito di formiche rosse che ha già distrutto ettari di foresta in Amazzonia.

MacGyver capita per caso in un piccolo aeroporto. Scopre che i gestori sono in ostaggio di alcuni criminali. MacGyver tenterà di salvarli.

MacGyver fa visita a due suoi amici che hanno scoperto un giacimento di petrolio. Ma durante la visita, il pozzo prende fuoco e l'unico modo per fermare l'incendio è creare un'esplosione.

Frank Bennett si rivolge ai federali per fornirgli delle prove che incastrerebbero il fratello Joey, boss mafioso e signore della droga. Lo sceriffo federale chiede allora a MacGyver di aiutare Frank trovandogli una nuova identità, dato che dopo il processo la sua vita potrebbe essere in pericolo.

Di ritorno da una missione, MacGyver scopre di avere una taglia sulla propria testa; decide allora di fare visita a suo nonno Henry, che non vede da 16 anni e con cui non ha un buon rapporto, aspettando che si calmino le acque. Però dei cacciatori di taglie riescono a rintracciarlo e Mac, insieme al nonno Henry, dovrà usare tutta la sua astuzia per salvarsi e catturare i criminali.

MacGyver è appena tornato negli Stati Uniti e incontra Peter Thornton per consegnargli una lista di pericolosi terroristi. Ma un uomo manda i suoi scagnozzi a recuperarla.

MacGyver è a Berlino Ovest per recuperare un dischetto contenente dati su pericolosi criminali internazionali.

MacGyver è contattato dalla sua ex-fidanzata del college che gli chiede di raggiungerlo. Essa infatti ha scoperto che nello stabilimento nucleare dove lavora qualcuno ha sottratto 30 chili di uranio.

MacGyver e l'amico Charlie Robinson vengono chiamati a disinnescare un ordigno su una nave da crociera, ma si scoprirà che di ordigni ce ne sono più di uno...

MacGyver dovrà badare ad una talpa che conosce l'identità di pericolosi agenti del KGB.

MacGyver è in Bulgaria per recuperare dei microfilm top-secret quando incontra Penny Parker, una ragazza americana molto carina, che però lo metterà in un bel guaio...

MacGyver è in Afghanistan. Ricercato dai sovietici, si rifugia presso la casa di una donna che vive con la figlia. La donna è vittima però degli abusi di un uomo violento che ucciderebbe all'istante MacGyver se lo vedesse con la "sua" donna.

Una quindicenne, genio in informatica, viola accidentalmente il sistema di lancio di un missile del governo; questa "impresa" le attira addosso le attenzioni dell'FBI e di loschi criminali pronti a sfruttare la sua bravura. MacGyver cercherà di proteggerla.

MacGyver si trova da qualche parte in Asia per recuperare dei documenti per il suo governo. Ma mentre si trova su un treno, una tribù assalta il treno per trovare il responsabile della morte del figlio del capotribù.

MacGyver è in Nord Africa e una donna gli chiede di far fuggire di prigione suo fratello, che, a suo dire, l'unico crimine che ha commesso è essere un medico missionario.

MacGyver si reca in U.R.S.S. per liberare un ex-agente del KGB internato in un manicomio.

MacGyver è alla caccia di Petra, un assassino molto pericoloso e che ogni volta cambia identità e aspetto.