Darkwing Duck è un combattente del crimine poco conosciuto in attesa della sua grande occasione, e della fama che ne deriverebbe. Ma quando si mette sulle tracce del perfido e malvagio Toros Bulba, finisce nei guai, più di quanto si sarebbe potuto immaginare.

Ocalina è ora sotto la protezione di Darkwing, ma Toros Bulba è ancora alla sua ricerca. Darkwing, allora, troverà un piano per fare in modo che gli scagnozzi del criminale vengono sconfitti e, con la potente coalizione con Ocalina e Jet, uniscono le forze per sconfiggere sia Toros Bulba che il suo crudele avvoltoio per salvare Saint Canard.

Reginald Clorofix è uno scienziato appassionato di piante. Preso in giro dai suoi colleghi, per vendetta, decide di trasformarsi in un papero vegetale, catturando la dottoressa Rosa Scarlatta per costringerla a sposarlo. Darkwing e Jet tentano di fermarlo.

Darkwing e Jet scoprono delle città in miniatura. Il loro creatore è Lilliput, un papero aiutato da un esercito di formiche.

Clorofix, nel tentativo di far crescere in un vaso la sua futura sposa, sbaglia ingredienti creando un enorme patata vampiro che impazza per la campagna, vampirizzando tutti.

Darkwing, Ocalina e Jet si trovano nella giungla alla ricerca di un'antropologa allevata dai gorilla.

La criminale Ammonia Pine (Ammoniaca) sta dominando su St. Canard, mentre la rivalità fra Darkwing e Grizzlycloff assume toni indimenticabili.

Darkwing viene accecato mentre s'imbatte contro Megavolt, un topo criminale che domina il potere dell'elettricità.

Darkwing per farsi notare dalla gente crea una storia di fumetti. Anche Megavolt per vendicarsi tenta di fare la stessa cosa.

Darkwing, Jet e l'agente dell'organizzazione F.O.W.L., Becco D'Acciaio, salvano il deserto arabo da un acquazzone.

Darkwing e Ocalina, viaggiando con una macchina del tempo, ritornano ai tempi dell'infanzia di Darkwing e scoprono che da adolescente lui era pauroso ed imbranato.

Clorofix inventa una formula per creare l'albero dei soldi.

Megavolt viene elettrificato con la sua nuova invenzione, che gli consente di trasformare normali elettrodomestici in cose viventi. Assembla un gruppo composto da una poltrona da salone, un frigorifero, una chitarra e una TV. Darkwing Duck deve fermarli prima che subentrino a St. Canard.

Per arrestare Becco D'Acciaio, Darkwing, Jet, Ocalina e Tonnaso si sono scambiati i corpi.

Darkwing Duck si ritrova a recitare in un film diretto dal suo apparentemente redento ex nemico Tuskernini

Darkwing Duck dovrà vedersela con Jambalaya Jake

Darkwing porta Gosalyn in campeggio per insegnarle i grandi spazi aperti. Il parco nazionale è stato evacuato a causa di un orso mostruoso che ha attaccato sia i campeggiatori che gli animali selvatici. Era l'idea di Becco D'Acciaio.

Darkwing e Beppe sono alle prese con tre lestofanti che vogliono rubare l'elisir della giovinezza.

Il papero criminale Quackerjack vuole liberarsi Darkwing Duck. Escogita allora un ingegnoso piano: si traveste da psicoterapeuta convincendo il rivale di non avere la stoffa per fare il supereroe. Ma Darkwing capirà che in realtà si tratta di un imbroglio.

I cinque criminali più efferati di St. Canard: Megavolt, Quackerjack, Clorofix, il cane acquatico Liquidator e Negaduck, il gemello malvagio di Darkwing Duck, dominano la città con il pugno di ferro.

I cinque, hanno conquistato St. Canard, e rapiscono anche Morgana, Stego, Robopap e Nettunia, eroici amici di Darkwing, ma lui cercherà di aiutarli. Con la formazione dei Paperi della Giustizia, Negaduck e i suoi scagnozzi non hanno scampo e, grazie alla riconquista di St. Canard, i Cinici Cinque vengono sconfitti, lasciando la vittoria al team di Darkwing Duck.

Per vendicarsi di Darkwing, Jambalaya Jake, aiutato da sua nonna, si fa creare una speciale polvere magica che lanciata per errore, controlla la volontà di Jet McQuack mettendolo contro l'eroe

Darkwing viene mutato da un ragno mentre tenta di fermare il professor Talponi.

Ocalina trova un piccolo alieno di nome Wacko che in realtà si rivela un pericoloso criminale dello spazio.

Ocalina e Tonnaso incappano in un mite dinosauro, Stego, in realtà è un papero bidello trasformato dal Prof. Fossil. Il pazzo, anch'esso dinosauro, intende annientare l'umanità.

Becco D'Acciaio e Ammonia Pine formano un'alleanza per pulire le banche per rapina. Intanto Ocalina fa un fanclub su Darkwing Duck.

Mentre Darkwing e Jet sono sulle tracce di Becco D'Acciaio, giunge un uomo enorme e muscoloso quanto goffo e ingenuo. Il suo nome è Cometiano, e sta cercando un supereroe.

Darkwing e Jet sono alle prese con la regina del ghiaccio Frigida.

Darkwing e Ocalina scoprono che Quackerjack desidera partecipare ad una sfida di videogame.

Darkwing sogna che la sua amata Morgana venga catturata da un elfo maligno.

Darkwing dovrà convincere in un processo, che Tuskernini abbia realizzato una delle sue cattive idee.

Dopo essere stato richiamato dalla preside a causa del comportamento di Ocalina, Darkwing abbandona i panni dell'eroe per fare il papà. Ma Quackerjack è in agguato.

La storia delle origini segrete di Darkwing Duck vengono raccontate nel futuro da un bidello magico

Megavolt si è impadronito dei ferri di cavallo di tutta la città, mentre Darkwing Duck è sulle sue tracce. Ma a risolvere la situazione ci pensa Robopap, un supereroe robotizzato.

Darkwing segue Negaduck in pasticceria, ma vengono scaraventati in universo "diversamente contrario".

Darkwing Duck affronta Liquidator!

Jet viene colpito da un raggio che gli conferisce poteri mentali!

Mentre si trova sulle tracce di Negaduck, Darkwing crede di essere colpevole di un furto. In realtà il vero colpevole è il suo gemello.

Cometiano è venuto a trovare Darkwing.

La storia di Darkwing Duck contro i Cinici Cinque è raccontata in un'epoca di pirati.

È Natale, e, come di consueto, tutti si affannano a fare regali. Ma, a rovinare la festa a tutti ci pensa Clorofix, organizzando la rivolta degli Alberi di Natale.

Megavolt s'impossessa dell'elettricità televisiva, ma Darkwing lo insegue fino al mondo reale.

Un furfante di Cajun, Jambalaya Jake, si trasferisce in città.

Clorofix è stato rapito dalle creature simili a dei cavoli.

Clorofix inventa un superfertilizzante per trasformare i fiori in esseri muscolosi.

Darkwing e Morgana festeggiano il giorno di San Valentino, ma Negaduck cerca di somministragli un filtro d'amore.

Per colpa di Megavolt, Darkwing muore in un incidente. Mentre Lucifero e San Pietro discutono se spedirlo all'Inferno o mandarlo in Paradiso, lui torna sulla Terra come fantasma. Ma alla fine si renderà conto di aver fatto solo un brutto sogno.

Tuskernini è in agguato. Intanto Jet, per errore, si scopre di rivelarsi l'identità segreta di Darkwing Duck.

Negaduck scopre che Darkwing non è più lo stesso, ma è nuovamente un eroe.

Darkwing e Jet con un nuovo compagno Derek Blunt vanno in un'isola di Phineas Sharp che ingaggia vari furfanti per mettere all'asta l'elenco degli agenti S.H.U.S.H.