Giovanni Auditore viene mandato a sventare un piano ai danni del suo signore Lorenzo de' Medici e a fermare Rodrigo Borgia. Mentre Giovanni combatte contro le guardie, Borgia riesce a fuggire, ma l'Assassino riesce a catturare una delle guardie e, dopo averla torturata alla ruota dal Gonfaloniere Uberto Alberti, scopre che Borgia e i suoi scagnozzi vogliono uccidere il duca di Milano, Galeazzo Maria Sforza. Giovanni viene mandato di corsa a sventare l'attentato, ma arriva troppo tardi per impedire il brutale omicidio del duca. Giovanni osserva i suoi due figli maggiori giocare a scacchi e rivela a Ezio che per vincere bisogna sempre anticipare l'avversario. Nella sua stanza segreta Giovanni rivela che con la morte di Sforza, Lorenzo de Medici ha perso un potente alleato e che i suoi nemici stanno tramando nell'ombra; egli però sa già dove dirigersi per combattere la sua prossima battaglia: lanciando in aria una moneta con l'effigie del leone di San Marco, infatti, Giovanni Auditore svela che la sua prossima destinazione sarà Venezia.

Giunto a Venezia, Giovanni tende un agguato ad un corriere dei Barbarigo e lo interroga, ma il messaggero preferisce uccidersi che rivelare i piani dei suoi padroni, quindi Giovanni prende la lettera che essa doveva consegnare. Tornato a Firenze, Giovanni consegna la lettera a Lorenzo de' Medici, il quale la consegna al gonfaloniere Alberti, dicendo che la lettera è criptata e che ci vorranno diverse ore per scoprirne i segreti, quindi la consegna a sua volta a padre Maffei. Nella notte il monaco traduce la lettera e il gonfaloniere ordina a padre Maffei di non rivelare a nessuno che è riuscito a tradurre la lettera, dopodiché chiama Giovanni per ripartire. Giovanni fuori casa viene fermato da Ezio che gli chiede il perché un banchiere debba partire così spesso nel cuore della notte, e gli domanda se può venire con lui, con la negazione di Giovanni. Intanto è stata preparata una copia della lettera, poiché Alberti mente asserendo che la lettera è indecifrabile e che per scoprirne il contenuto Giovanni dovrà consegnarla egli stesso al posto del corriere originale. Solo così potrà scoprire chi c'era dietro l'assassinio dello Sforza. Quindi il protagonista parte per Roma.

Giovanni arriva a Roma e consegna la lettera come ordinato, che passa tra le mani della folla fino a raggiungere Borgia. Egli quindi va al Vaticano, dove consegna la lettera al papa Sisto IV. I due uomini discutono sul fatto che Lorenzo de' Medici non vuole riconosce l'autorità del papa; quando Borgia suggerisce l'utilizzo della forza, il papa accetta e offre il suo aiuto spirituale e il supporto militare per assicurare l'ordine a Firenze. Tuttavia, quando Borgia si allontana, è seguito da Giovanni. Ma Borgia riesce a seminarlo, e a scampare all'interno della basilica di San Pietro ancora in costruzione. Quando Giovanni cerca all'interno viene sfidato da Borgia. Borgia apprezza le qualità di Giovanni, che sarebbe molto lieto di avere dalla sua parte, e dice all'assassino che se si unirà a loro, potrà vedere il 'nuovo mondo'. Quando Giovanni rifiuta, e ricorda che l'unica fine sarà la lama di un Assassino nella sua gola, Borgia quindi dice "Staremo a vedere!", e ordina ai suoi uomini di attaccare. Giovanni combatte coraggiosamente e sconfigge gli assalitori, ma viene colpito al petto da un coltello lanciato da Borgia. Anche se sopravvive, Borgia riesce a scappare. Ferito gravemente, Giovanni ritorna a casa a Firenze, dove sua moglie lo cura. Giovanni le confessa le sue paure ovvero che l'assassinio del duca di Milano sia solo l'inizio di una cospirazione, che il prossimo passo potrebbe essere compiuto a Firenze e che teme per la sicurezza dei Medici, i loro alleati e se stesso. Successivamente, alcuni uomini armati della guardia cittadina alla guida di padre Maffei, arrivano a Palazzo Auditore chiedendo di Giovanni. Egli quindi chiede al suo primogenito Federico di dire che se ne è già andato, quindi scappa attraverso il passaggio segreto. Tornato a Roma, Borgia e i suoi seguaci Templari riconoscono che la maggiore minaccia ai loro piani è Giovanni: tuttavia, egli dice che ci penserà lui stesso a quell'assassino, così niente ostacolerà più il loro cammino. Di nuovo a Firenze, Giovanni passa attraverso le strade (facendo una pausa solo per vedere Ezio flirtare con una giovane donna della nobiltà), monologando che nuvole oscure si addensano sopra il cielo di Firenze e che il tempo sta per scadere: la battaglia finale è alle porte. Egli ricorda che qualunque cosa accada, lui stesso e i suoi figli sono "Gli Auditore da Firenze"