In an effort to end many years of tyrannical rule, five pilots and their Gundams are dispatched to Earth to begin Operation Meteor. Four land without incident, but one is intercepted and his mission is compromised.

Zack riesce ad individuare il Gundam affondato negli abissi oceanici e cerca d'impossessarsene per poterlo così utilizzare a proprio vantaggio e per favorire OZ. Heero nel frattempo è intenzionato a distruggere il suo Gundam con una carica di siluri appena rubati al porto militare, questo al fine di evitare che il gruppo di OZ possa riuscire a mettervi le mani sopra. Ma il ragazzo non sa ancora né che il suo mobile suit è già stato recuperato da Duo Maxwell né che Relena l'ha seguito di nascosto; a questo punto ad Heero non rimane altro che puntare la canna della pistola contro di lei ma, proprio nell'attimo in cui sta per far fuoco viene colpito ad un braccio e ad una gamba da Duo che lo scambia per un nemico. Alla fine però riesce lo stesso a far partire i siluri contro il proprio Gundam appena rimorchiato e portato a riva da quello di Duo.

Heero, ferito ed incosciente, viene fatto trasportare da Relena in uno degli ospedali militari della Federazione; presto però giunge Duo per aiutarlo a fuggire. I due si gettano dalla finestra e poi si buttano in mare. Nel frattempo Trowa Barton e Quatre Rarerba Winner s'incontrano nel bel mezzo d'una feroce battaglia contro i mobile suit dell'esercito terrestre e decidono di combattere d'ora in avanti fianco a fianco. Infine a Zack viene rivelato da un sottoposto a lui fedele dov'era conservato e tenuto nascosto il prototipo originale di tutti i successivi mobile suit: Talgeese. L'ufficiale dell'organizzazione di OZ medita di usarlo in un futuro scontro diretto contro i Gundam appena apparsi a dar filo da torcere alla Federazione.

Il tenente colonnello Zack giunge alla base dell'esercito terrestre situata nei pressi del Lago Vittoria per incontrarvi una vecchia amica e compagna di studi, Lucrezia Noin, tenente anche lei ed attualmente istruttrice di reclute. Ma proprio quella notte la base viene attaccata dal Gundam Ninja di Chang Wufei; tutti gli allievi cadetti della scuola militare vengono uccisi e Lucrezia si lancia da sola all'inseguimento, non riuscendo però a sparare per uccidere il ragazzo, che in tal modo riesce a fuggire. Nel frattempo Trowa, dopo esser stato ospitato per un breve periodo nella sua base in mezzo al deserto, lascia Quatre Rarerba per continuare da solo la propria missione. Heero infine ripara il proprio Gundam danneggiato e portato al sicuro nell'officina di Duo, rubando i componenti di ricambio dal robot del collega, e si dirige immediatamente a distruggere uno dei maggiori aerei militari da trasporto di OZ.

Relena accompagna il padre in un viaggio diplomatico nelle colonie; è in programma infatti un incontro che dovrebbe chiarire la situazione di tensione venutasi a creare con la madrepatria. Il vice ministro è fiducioso e cerca con tutti i mezzi di trovare una soluzione pacifica alla questione. La colonnella Lady Une provoca tuttavia un attentato, facendo esplodere la sala, e fa poi ricadere la colpa sui terroristi delle colonie: ma Relena ha visto tutto. Lei e suo padre, gravemente ferito, vengono portati via da un gruppo di uomini armati al comando del Dottor J., lo stesso scienziato che ha progettato il Gundam di Heero e addestrato il ragazzo. Poco prima di morire il vice ministro Darlian rivela a Relena la sua vera identità: lui in realtà l'ha solamente adottata anni prima; muore quindi tra le sue braccia non prima d'averla avvisata di guardarsi bene da OZ. Relena apprende inoltre dal Dottor J. il compito di guerriglia che è stato affidato ad Heero nella sua missione sulla Terra.

Relena ritorna sulla Terra appena in tempo per una serata di danza organizzata dal collegio esclusivo che frequenta; nonostante la tragedia che gli è appena accaduta cerca di farsi forza ed affrontare la situazione. Viene subito a sapere però che Heero si sta per trasferire; allora si precipita nella sua stanza, sfidandolo ad ucciderla in quanto è venuta a conoscenza dello scopo della sua missione. Intanto Lady Une viene mandata da Treize, al comando d'una squadriglia di mobile suit, direttamente alla scuola di Relena per uccidere la giovane, oramai venuta a conoscenza dei loro piani. Heero utilizza il proprio Gundam per respingere l'attacco, inizialmente credendo che i nemici fossero venuti per prendere lui; finisce invece così per salvare la vita a Relena. Proprio in quel momento Treize emana un contrordine e fa ritirare Lady Une; questo a seguito d'una richiesta pervenutagli direttamente da Zack, che ha chiesto ed ottenuto dal suo superiore di risparmiare la ragazza.

I cinque Gundam si dirigono in direzione della base militare di New Edwards dove sembra si stia per svolgere un incontro dei capi di OZ; il compito affidato ai ragazzi è quindi quello di ucciderli tutti. Essi scoprono troppo tardi di essere stati ingannati da Treize: il colonnello a capo di OZ ha fatto diffondere notizie false, in realtà alla base si stava trattando l'apertura di trattative pacifiche con le colonie. A causa dell'attacco sferrato di sorpresa ad essere decapitati sono stati i vertici delle Federazione degli stati terrestri, quegli stessi che volevano concludere senza più alcuno spargimento di sangue il conflitto apertosi. Heero ha eliminato i leader pacifisti a bordo dell'aereo messo a disposizione di OZ, mentre Lady Une e Treize prima manipolano e poi uccidono l'unico generale sopravvissuto. Le forze fedeli ad OZ attuano intanto, contemporaneamente in tutto il mondo, un golpe ed assumono così il ruolo di comando assoluto dell'intero pianeta.

I cinque Gundam si trovano ancora all'interno della base di New Edwards e stanno combattendo contro i mobile suit del nemico. Lady Une prende l'iniziativa e prova a fare in modo di disintegrare l'intera base, attivando il dispositivo d'autodistruzione del deposito missilistico: solo grazie a Heero si riesce a sventare la catastrofe. Wufei viene sfidato da Treize e tra i due si ingaggia un duello con la spada, che vede il colonnello di OZ vittorioso; nonostante sia il ragazzo stesso a chiedergli di ucciderlo, il capo militare di OZ, ammirato dal valore e dal senso dell'onore del giovane, gli risparmia la vita lasciandolo andare via sano e salvo. Lo stesso Treize infine fa capire a Lady Une di non condividere affatto le tattiche ineleganti e brutali, senza alcun rispetto della vita umana, dimostrate dalla donna.

Zack torna nella sua terra natale dopo più di dieci anni e si dirige al castello di Sanc Kingdom: si scopre così che egli è in realtà il figlio del sovrano di Peacecraft, quindi legittimo erede al trono della dinastia sterminata a suo tempo dalla Federazione, in quanto si opponeva alla sua brama di dominio e conquista. Zack però, arruolatosi con le truppe di OZ per vendicare il misfatto perpetrato ai danni della propria famiglia, non si sente oramai più degno di aspirare al titolo in quanto non ha seguito i dettami volti al conseguimento della pace impartitegli dal padre; pensa pertanto che la figura più degna ad ereditare il titolo possa esser invece la sorella minore Relena, anche lei scampata miracolosamente al massacro quand'era ancora una bimba per merito di Darlian. Intanto il prototipo Talgeese "Pioggia di fuoco" viene approntato per poter esser guidato e pilotato al meglio, proprio da Zack.

Lady Une briefs her troops on another strategy to try and wipe out the Gundams. Heero and Zechs face each other again, but this time it's the Wing Gundam versus the Tallgeese.

The Gundams have been defeated. With the colonies used as shields, the pilots don't have a chance. No one knows whether Heero is dead or alive. On the trail of her father's killer, Relena heads to Moscow. Duo and Quatre take refuge with the Maguanac Corps.

Heero si risveglia fasciato dalla testa ai piedi all'interno di una delle roulotte appartenenti al circo itinerante in cui ha lavorato fino ad allora Trowa sotto copertura; è stato portato lì dall'amico immediatamente dopo l'esplosione che ha distrutto il Gundam Wing, curato amorevolmente da Catherine, una compagna d'acrobazie di Trowa. Nel frattempo un Wufei ancora molto depresso a seguito della sconfitta nel duello contro Zack incontra Sally, un ex-maggiore della Federazione ed ora leader della guerriglia che combatte contro il proprio generale collaborazionista nei confronti di OZ. Grazie all'aiuto della giovane donna e dei suoi amici il ragazzo riesce in parte a superare il proprio senso d'inutilità e indegnità, aiutandoli in una delle loro battaglie.

Zack ritorna nei pressi della base africana di OZ situata al Lago Vittoria, dove incontra due tra i migliori studenti di Noin quando questa ancora faceva l'istruttrice militare: Alex e Muller. L'ufficiale inizialmente accetta di unirsi a loro in un'offensiva militare di OZ contro i reparti rimasti fedeli all'esercito federale ma, viste le scorribande effettuate in stile banditesco e gli atteggiamenti spietati che dimostrano, è costretto a sopprimerli. Intanto Trowa progetta di autodistruggersi col proprio Gundam dopo aver annientato un intero reparto di OZ venuto ad assistere ad uno spettacolo circense, ma Catherine lo convince a desistere. Infine assieme ad Heero, parzialmente ristabilitosi seppur col braccio sinistro ancora invalido, lascia il circo a bordo di un camion che trasporta il Gundam mimetizzato sotto un telone.

To try and make up for his mistake of killing the honorable pacifist leader Noventa, Heero confronts his granddaughter, Sylvia Noventa. Meanwhile, Zechs is handed an order from the Romefeller Foundation...

Noin, che è riuscita a rintracciare per conto di Zack Heero e Trowa, li convince a seguirla fino in Antartide ove, in una base segreta di OZ, li attende Zack il quale, in procinto oramai di completare le riparazioni del Gundam Wing, ha intenzione di sfidarne nuovamente il pilota. L'ispettore Acht, che non crede nella lealtà di Zack, riesce a rintracciare l'aereo in cui volano Noin e i due ragazzi e li segue, sicuro di poter così trovare le prove del tradimento dell'alto ufficiale: ma il coraggio di Noin, supportato dall'aiuto datole col Gundam da Trowa, riesce a sventare la minaccia.

Heero e Trowa giungono alla base antartica di Zack, dove trova il Gundam Wing ormai riparato; Heero sceglie però di utilizzare il Gundam dell'amico nel duello contro l'oramai ex tenente colonnello di OZ. Il mattino dopo inizia lo scontro tra i due, che continua per ore fino all'arrivo in aereo di Relena accompagnata dal fido maggiordomo, la quale intima ad entrambi d'interrompere immediatamente la battaglia. In questo frangente Noin arriva a rivelare alla ragazza che Zack è in realtà il fratello maggiore: Milliardo Peacecraft. Quando le truppe aeree di OZ sopraggiungono con l'intento di arrestarli tutti, Zack decide di coprire la fuga degli altri, consentendo così a Noin di mettere in salvo la principessa; mentre Trowa salito a bordo del Gundam Wing aiuta lo stesso Heero a fuggire.

Lady Une ha intanto scalato le gerarchie, diventando il capo diplomatico di OZ presso le colonie spaziali. Coi suoi modi subdoli cerca di abbindolare i vari rappresentanti dei coloni facendo credere nella buona fede di OZ e nei suoi intenti pacificatori. Duo e Rarerba hanno bisogno di contattare gli altri tre piloti e tentano di catturarne l'attenzione attaccando la base aeroportuale di OZ a Singapore, mentre Lady Une cattura uno dopo l'altro tutti e cinque gli ingegneri che hanno progettato i Gundam. Infine i ragazzi riescono a decollare impossessandosi di cinque navicelle, grazie anche al Gundam di Rarerba che si è lanciato contro i nemici facendosi auto-esplodere. L'opinione pubblica delle colonie comincia a credere, come voleva Lady Une, che i nemici della pace siano a questo punto proprio i Gundam.

Zack, dopo aver combattuto una durissima battaglia col suo "Pioggia di fuoco" contro gli "Aries" e i "Lion" di OZ, viene catturato; Treize sembra però non volersi rassegnare all'idea di avere di colpo perduto un alleato prezioso. Nel mentre, nello spazio Lady Une ricatta gli ingegneri tenuti prigionieri, obbligandoli a costruire dei mobile suit ancora più potenti e superiori nelle prestazioni dello stesso prototipo "Pioggia di fuoco", che possano affiancare i mobile suit di nuova generazione automatizzati e senza alcuna guida umana al loro interno; ciò a seguito della minaccia di far distruggere la navicella in avvicinamento appena intercettata dalle truppe fedeli a OZ con Rarerba, partito per ultimo dalla Terra, all'interno.

Dopo una cruenta battaglia contro i "Mobile Dolls", robot telecomandati dal computer, Duo viene sconfitto e catturato, a causa anche della carenza di mobilità del Gundam da lui guidato nello spazio esterno. Heero, messosi precedentemente in salvo all'interno di una delle colonie, assiste alla notizia in TV e decide di intervenire, riuscendo a liberare il compagno e a farlo fuggire. Mentre Lady Une continua la sua opera sviante in qualità di sostenitrice della pace, Wufei attacca una delle fortezze spaziali di OZ ma, proprio come quello di Duo, anche il suo Gundam si dimostra non adatto a muoversi e combattere nello spazio ed è costretto a una ritirata precipitosa prima che Nichol, sottoposto di Lady Une, lo riduca in brandelli.

Sally, infiltratasi in una delle basi di OZ al fine di distruggere i resti del Gundam di Rarerba catturato, viene convinta a desistere da un gruppo di Maganac appena andati a recuperarlo. Nel frattempo il Gundam di Duo viene completamente distrutto in mondovisione nello spazio da parte di reclute di OZ. Trowa, entrato in incognito tra questo gruppo di reclute ha dovuto, per sventare ogni possibile dubbio sulla propria identità, colpire senza alcuna esitazione il Gundam dell'amico; Nichol però continua nonostante tutto a sospettare di lui. Heero, intrufolatosi nella base lunare con l'intento di eliminare i due nuovi Gundam appena costruiti per OZ, viene catturato proprio da Trowa.

A wild Mobile Suit approaches the colonies at high speed; Lady Une orders test pilots Heero and Trowa to stop it. Meanwhile, Quatre, exhausted from the pressure of his missions, returns home for a visit. But what he finds there is not comfort, only more chaos and tragedy.

Zack, ripresa ora la sua identità di rampollo dei Peacecraft, incontra nello spazio le truppe rimaste fedeli alla Federazione e poi la stessa Lady Une; ciò nella sua nuova qualifica d'ambasciatore del Regno di Sanc Kingdom. Quando nel frattempo si rende necessario l'intervento dell'ufficiale di OZ a bordo d'un mobile suit durante uno scontro, ecco che Nichol, fraintendendo i desideri della donna dà l'ordine di far fuoco col super cannone col rischio di coinvolgere anche i civili se ne attira gli strali. Al suo ritorno alla base lei lo dichiara agli arresti. Contemporaneamente giunge alle colonie spaziali anche l'ingegnere capo della Fondazione Romefeller, Turbarov, il quale riesce a far catturare Wufei a bordo del Gundam Ninja privo ormai d'energia.

Duo e una giovane ufficiale di OZ da poco arruolata, Hilde, si scontrano per far valere i propri rispettivi ideali, ma il loro modo di pensare diverge solo superficialmente; molto presto la ragazza comprende che entrambi vogliono il bene delle colonie e lo aiuta in una missione di sabotaggio alla base lunare dove i cinque ingegneri nelle mani di Lady Une stanno intanto lavorando alla messa a punto dei nuovi Gundam aggiornati. Il ragazzo si fa catturare appositamente e finisce in cella assieme a Wufei e Heero. Nel frattempo Sally riesce ad individuare il Gundam Wing che Heero aveva abbandonato sul fondo del mare prima di lasciare la Terra.

Rarerba, dopo aver assistito coi propri occhi alla tragica fine del padre, si trova ora in uno stato mentalmente instabile e, a bordo della versione di Gundam che è riuscito ad assemblare dai progetti ritrovati, il Wing Zero, comincia a scagliarsi contro le colonie distruggendole una dietro l'altra; non perdonando loro il fatto d'averlo tradito schierandosi con OZ e permettendo in tal modo la morte del padre. Lady Une invia allora Heero e Trowa a bordo dei loro due nuovi Gundam nel tentativo di bloccarlo. Ma Turbarov, giudicando il comportamento della donna un po' troppo indulgente ed incerto, mentre lei si trova all'esterno della base lunare, attua un sabotaggio; prende in mano la situazione nel nome del capo stesso di Romefeller e interrompe l'alimentazione dell'aria nelle cella dei ragazzi e in quella degli ingegneri. Non sopporta che i propri Mobile Dolls privi d'ausilio di pilota vengano così sottovalutati e quasi snobbati dalle alte gerarchie di OZ.

Trowa and Heero must battle their crazed friend; but they find themselves losing against this new Gundam. Treize, meanwhile, disapproves of the Romefeller Foundation's plan to use Mobile Dolls-automated Mobile Suits without pilots. His dissension results in his arrest by OZ.

Heero e Quatre, appena tornati alla base lunare, vengono presi sotto custodia dalla fazione di OZ rimasta fedele a Treize e che sta anche proteggendo i cinque ingegneri; le forze però sono troppo impari e vengono presto costretti tutti alla resa. Trant, sottoposto di Turbarov, fa testare di nascosto a Heero il Gundam Zero, il quale aumenta enormemente le abilità reattive del pilota ma togliendone al contempo in parte la libertà di coscienza; può quindi facilmente condurre chi lo guida ad uno stato temporaneo di follia. Ma Heero, riuscendo a mantenere l'autocontrollo fugge seguito da Rarerba: la coppia abbandona la base semidistrutta e si dirige velocemente di nuovo verso la Terra.

Un riassunto delle vicende svoltesi fino ad ora dal punto di vista di Relena e Heero.

Un riassunto delle vicende fin qui svoltasi dal punto di vista di Treize e Lady Une.

Romefeller is gaining ground on Earth very quickly and Treize and his troops seem to be losing the battle. When Heero realizes that Treize is now fighting Romefeller, he joins his army as a mercenary and finds himself working alongside Sally Po and Lucrezia Noin.

Mentre Heero combatte come mercenario a fianco della fazione di Treize e quindi contro la Fondazione, Rarerba medita di avviarsi in direzione di Sanc Kingdom. Noin, informata del loro arrivo, nel bel mezzo della battaglia giunge in volo e lancia in aiuto di Heero il fucile Buster in dotazione del Gundam Wing; conduce infine i due ragazzi nel Regno di Sanc, ove trovano in attesa del loro sbarco dalla scaletta dell'aereo Relena. La principessa ha anche saputo però che è stata approntata di nascosto una difesa armata per cercare di contrastare le mire espansionistiche della Fondazione.

Heero sembra aver tutta l'intenzione di lasciare al più presto il luogo paradisiaco in cui vive Relena a bordo del proprio Gundam appena ritrovato, ma Rareba riesce a convincerlo a rimanere insieme a lui per difendere la principessa. Più tardi, quando OZ attacca una delle unità fuggitive rimaste fedeli a Treize rifugiatasi all'interno dei confini del regno, come pretesto per poter così invadere anche la nazione pacifista, ecco che Heero scende in campo col suo Gundam e respinge con successo l'attacco. La stessa Relena ha assistito allo scontro, accompagnata in auto da Dorothy in prima linea; a seguito di ciò, pur continuando a sostenere imperterrita e senza riserva alcuna la causa del pacifismo, la principessa dà il via libera a Noin ed Heero di formare una piccola forza di mobile suit col compito di opporsi a qualsiasi attacco contro il suolo del Paese.

Mentre si sta dando un gran daffare per il recupero dei pezzi necessari a rimettere in funzione il proprio Gundam, Duo viene catturato e costretto dal tenente tecnico Trant a testare il "Sistema Zero" del Gundam in suo possesso. Appena messosi alla sua guida ha però delle tremende allucinazioni che lo conducono quasi alla follia. A questo punto, non volendo demordere e darsi per vinto, Trant decide di provare a mettersi lui stesso alla guida del robot; tuttavia il terribile Sistema Zero lo porta presto ai limiti della pazzia e finisce per morire in un delirio autodistruttivo.

Relena viene invitata ad esporre le sue idee sulla pace nel gran salone del castello di Dermail. Qui ella, davanti a tutti i generali che per principio le si dimostrano ostili, tiene testa all'accusa che la dichiara ipocrita in quanto Zack continua a combattere pur essendosi precedentemente qualificato come ambasciatore del regno. Il fratello ha difatti autonomamente deciso, per il bene e la salvezza del monto intero, di tornare ad indossare la maschera e prendere parte alla lotta contro la Fondazione. I due piloti di Gundam salvano, avvisati da una telefonata anonima, la stessa vita di Relena, la quale scampa così all'attentato che era stato predisposto contro di lei al suo ritorno dall'incontro coi vertici della Fondazione capitanati da Dermail. In seguito, appena saputo che il palazzo in cui si trova confinato Treize in Lussemburgo è preso di mira dai mobil suit "Virgin" della Fondazione, Heero si dirige in aiuto dei ribelli rimasti fedeli a Sua Altezza.

Nel bel mezzo della battaglia Heero entra nel palazzo dove risiede Treize. Qui, l'ex comandante di OZ presenta al ragazzo una nuova versione di Gundam appositamente approntata dallo stesso Treize e chiamato "Navigatore": è equipaggiato anch'esso col Sistema Zero. Contemporaneamente propone al ragazzo, appena ritornato dalla battaglia, di uccidersi a vicenda in una specie di rituale collettivo. Frattanto nello spazio, le truppe di OZ hanno nelle loro mani il Gundam Zero e s'apprestano a distruggerlo; il tentativo viene però sventato dal provvidenziale intervento di Zack, che sacrifica il suo Tallgeese al fine di acquisire l'altro e più potente Gundam.

Wanting to join the Gundam pilots in their fight, Zechs goes to meet Wufei, But Wufei, pilot of the new Altron Gundam, believes him to be the enemy.

Duo and Trowa are reunited and team up against the enemy once more. Meanwhile, the Romefeller Foundation has mounted a final assault against the Sanc Kingdom, forcing Relena to surrender to prevent a battle.

Relena, now a prisoner of the Romefeller Foundation, is faced with a very difficult choice. Meanwhile Heero and Zechs engage in battle once again-this time on the grounds of the Sanc Kingdom.

A group of rebel colony citizens calling themselves the "White Fang" starts attacking OZ bases. Quatre and Noin search for the other Gundam pilots. The Romefeller Foundation names Queen Relena as their representative.

Zack accetta l'offerta giuntagli da Quinze di diventare leader dei White Fang. Mentre Dermail intende continuare ad usare Relena come facciata per l'opinione pubblica mondiale, il marchese Weiridge e la stessa Dorothy cospirano assieme ad altri membri della Fondazione per far diventare il potere della regina mondiale da solo nominativo a effettivo. Nel frattempo altri membri di White Fang cercano di convincere Duo a schierarsi con loro; anche se questo comporta l'abbandono della colonia dove hanno vissuto fino ad allora insieme, Hilde spinge il ragazzo ad impegnarsi nella lotta. Trowa, Rareba e Noin a bordo della loro navicella si trovano in mezzo ad una battaglia tra truppe della Fondazione e altre di White Fang. Sconvolti, escono coi loro Gundam e decidono le sorti dello scontro. Infine anche Duo li contatta accettando di unirsi al loro gruppo.

Howard, alleato sia dei piloti di Gundam che di Zack, offre la sua collaborazione ai ragazzi; la sua intera astronave, la Peacemillion, diviene così la loro nuova base di partenza e supporto logistico. Relena, in un discorso ufficiale davanti a tutti i governanti mondiali, afferma che la Fondazione attuerà un completo disarmo; chiede infine di cercare di realizzare la possibilità di una coesistenza pacifica tra la Terra e le colonie. Heero, che è giunto davanti a lei travestito da soldato della Fondazione con l'intenzione di ucciderla per porre fine a una pace ipocrita sotto la tirannia della Fondazione, la risparmia. Dermail, nel tentativo di riconquistare potere e ascendente tra le truppe dislocate nello spazio, viene attaccato ed ucciso dai ribelli mentre si trova in viaggio a bordo della propria astronave. Come ultimo atto il nuovo leader di White Fang, il ritrovato principe Milliardo Peacecraft, dichiara ufficialmente guerra alla Terra.

Con la morte di Dermail torna in campo Treize il quale, con un gruppo di soldati scelti, fa arrestare l'intera assemblea della Fondazione; poi, fatta irruzione al castello dove risiede Relena, la invita gentilmente ma con fermezza a dimettersi. Mentre Dorothy parte alla volta dello spazio, Sally riesce ad incontrare Heero e gli consegna il Gundam di Trowa da lei recuperato, riparato e tenuto nascosto fino a quel momento. Quando Duo, Trowa, Rareba e Noin intervengono durante un attacco di White Fang contro la piattaforma spaziale Libra, nella speranza di scoprire perché Zack abbia così radicalmente dichiarato la propria mortale ed eterna inimicizia contro la Terra, comprendono finalmente con chiarezza le sue intenzioni quando egli a bordo di Ephyon fa a pezzi una piattaforma della Fondazione dopo che essa, aperto il fuoco con tutti i propri cannone laser, ha polverizzato un'intera colonia spaziale.

Treize va a fare visita a una Lady Une in coma appena recuperata gravemente ferita dalla base lunare e ricondotta sulla Terra. Egli le rivela che ha preso lui in mano le redini della situazione da quando s'è accorto che l'onere sarebbe stato troppo gravoso sulle sole spalle di Relena. Wufei, che sta combattendo per conto suo contro White Fang, inizia ad andare alla deriva dopo che il proprio Gundam esaurisce tutta l'energia; viene raccolto da Heero e portato nell'astronave pilotata da Sally. Alla guida di "Uccello di fuoco", durante la battaglia successiva, lo Zero System convince il ragazzo cinese a unire le sue forze con quelle degli altri piloti di Gundam per sconfiggere sia Treize che Zack. Dorothy si fa accogliere a bordo della corazzata Libra comandata da Zack, dopo che White Fang è riuscita a completarla; anche Relena vi si dirige.

I ragazzi piloti di Gundam sono finalmente tutti e cinque riuniti a bordo delle Peacemillion. Trowa prende in prestito lo Zero al fine di andare a liberare gli abitanti della colonia, in cui si trova ancora Catherine, da un'unità di occupazione di OZ; in tal modo stanno cercando di ricattare White Fang in modo da farsi restituire Libra. Ma a causa dello Zero System, quasi giunge a distruggere tutto fino a che Rareba non lo ferma; lo shock psicologico sopportato ha permesso la restituzione della memoria perduta a Trowa. Relena cerca di far ragionare il fratello e ricondurlo a più miti consigli mentre a bordo di uno shuttle si sta avvicinando a Libra, ma Milliardo ordina di caricare il super-cannone e far fuoco contro la Terra; questo come sfida diretta rivolta a Treize.

Relena, fatta salire a bordo della corazzata Libra, tenta ancora disperatamente di parlare a quattr'occhi col fratello per cercare di convincerlo a desistere e ad imboccare invece la via di salvezza data dall'ideale pacifista che era già di loro padre; come risultato non ottiene altro che quello di farsi imprigionare nella sua cabina. Heero intanto ha fatto installare lo Zero System a bordo del Sandrock di Rareba, mentre Zack esce ad affrontarli a bordo di Navigatore; il comando di guida e controllo dei Mobile Dolls è lasciato interamente nelle mani di Dorothy. I mobile suit automatici dimostrano di avere il sopravvento sui piloti di Gundam, almeno fino a quando Rareba non attiva lo Zero System.

Hilde riesce a intrufolarsi di nascosto a bordo di Libra nel tentativo di sottrarre i dischetti con inseriti i progetti della corazzata, e qui si imbatte in Relena. Riuscita a fuggire a bordo di un Taurus, rischia di farsi uccidere fino a che Duo non giunge in suo soccorso annientando i Mercure che la stavano inseguendo e subito dopo anche contro i due nuovi Gundam costruiti dagli ingegneri e già utilizzati da Heero e Trowa; questi hanno memorizzato al loro interno le abilità di combattimento dei due ragazzi. Lo scontro non è facile ma la bravura umana di Duo alla fine ha il sopravvento e riesce abbatterli entrambi. Tornato a bordo della Peacemillion rivela a Heero che Hilde ha visto Relena all'interno di Libra.

Heero decide di salire anch'egli a bordo di Libra nel tentativo di portare in salvo Relena; trovatala, entrambi vanno ancora una volta a confrontarsi con Milliardo, ma non riescono a convincerlo a porre fine alla guerra. Nel frattempo Treize, pilotando il suo nuovo Tallgeese, guida le forze dell'intera nazione mondiale in battaglia nello spazio e offre a Zack un duello, uno contro uno, che dovrebbe decidere le sorti della guerra e il destino del mondo intero; questi però rifiuta e gli fa sparare contro col super-cannone. Treize viene salvato da morte certa grazie al tempestivo intervento di Lady Une a bordo del Gundam Wing, che Heero aveva lasciato in Lussemburgo: infine Sua Eccellenza ordina a tutte le sue truppe di lanciarsi all'attacco contro le forze di Libra.

I piloti di Gundam rifiutano di aderire alle forze di Treize, ma ancora credono di potercela fare da soli a bloccare la corazzata Libra e Zack. Sally e Howard si rendono conto che l'unico modo per fermare definitivamente il terrificante potere offensivo di Libra sia quello di scagliare contro il super-cannone l'intera Peacemillion; la fanno pertanto evacuare e poi si preparano alla collisione. Noin decide che preferisce rimanere a fianco di Zack piuttosto che combattere contro di lui.

Wufei si trova di fronte come avversario proprio Treize, e i due ingaggiano un duello all'ultimo sangue a bordo dei loro robot; Sua Eccellenza soccombe per mano del giovane pilota di Gundam. intanto Duo, che ha trovato e liberato i cinque ingegneri dei Gundam, li aiuta nella loro opera di sabotaggio finale. Dorothy, ancora a bordo di Libra e in divisa militare, sfida con la spada Rareba cercando di dimostrargli che proprio la forza e la violenza sono l'unico modo per far capire all'umanità il valore e l'importanza della pace. Heero e Relena hanno intanto già fatto ritorno sulla Peacemillion, dove il ragazzo poi sale immediatamente a bordo del Gundam Zero per andare alla ricerca di Zack.

As Heero and Zechs come to the end of their final duel, the battleship Libra and Peacemillion descend upon the earth threatening to engulf the world in a never ending winter.... Meanwhile Trowa helps out the wounded Quatre, and Duo delivers the "lords of plague" to peacemillion, in the hopes of averting the tradgedy of the battleships plunge.