Un soggetto altamente pericoloso, di sesso femminile, tenuto segregato in un centro ricerche, riesce a fuggire compiendo una strage, grazie a poteri simili alla telecinesi. Dopo un colpo alla testa cade in mare per ritrovarsi il giorno dopo su una spiaggia, nuda e apparentemente innocua e priva di memoria. Qui incontrerà Kouta e Yuka che decideranno di prendersi cura di lei...

Dopo aver rotto la conchiglia di Kouta, Nyu scappa sulla spiaggia. Qui incontra Bando e Satou, due membri del SAT che la stavano cercando...

E' la calma dopo la tempesta, ma non è destinata a durare. Kurama manda due persone alla ricerca di Lucy: uno è Bando, guarito e potenziato con un arto artificiale, l'altra è Nana, una Diclonius come Lucy...

Dopo aver avvertito i soldati e Kurama riguardo alla sua posizione, Nana decide di scontrarsi con Lucy... riuscirà la docile Nana a resistere fino all'arrivo dei rinforzi?

Il passato tragico di Mayu viene rivelato. A scuola Yuka e Kouta incontrano il professore Kakuzawa, nient'altro che il figlio del capo del Centro Ricerche, che si accorge di Nyu...

Dopo aver ucciso il professore, Lucy si da alla fuga. Yuka e Kouta, preoccupati, si danno alle ricerche, trovando il modo di capire un po' meglio i propri sentimenti...

Dopo un primo scontro, Bando e Nana capiscono di essere alleati e non nemici, così la ragazza si impegna a portare Lucy alla spiaggia, non appena trovata. Scoprendo quanto possa essere difficile la vita in un mondo fino ad allora sconosciuto, Nana avrà la fortuna di conoscere Mayu, che diverrà sua amica...

Dopo essere stata duramente colpita da Nana, Lucy si ammala e, nel sonno, ricorda la sua infanzia...

Continuano i ricordi d'infanzia di Lucy, che rivelano sempre più cose: il suo incontro con Kouta, la loro amicizia, e le circostanze che hanno portato Lucy a diventare una spietata assassina...

Lucy e Nana si scontrano ma vengono fermate da Mayu. Tornata ad essere Nyu, la ragazza dice a Kouta di piacergli. Altre informazioni vengono svelate sul passato di Kurama...

La numero 35, Mariko, viene attivata alla scopo di catturare Lucy, ma si rivela un soggetto estremamente potente e pericolo, di difficile controllo...

Mariko continua a torturare Nana, ma questa riesce a bloccare momentaneamente i suoi vettori, costringendo i soldati a ritirarla. Nyu giunta sul posto, ridiventa Lucy e ingaggia battaglia. Quale sarà la reazione di Kouta vedendo la vera personalità di Lucy?

Yuka informa Mayu sul passato di Kouta. Nel frattempo Lucy e Mariko arrivano allo scontro... Riusciranno finalmente Lucy e Kouta ad arrivare ad un chiarimento? Quali saranno i loro sentimenti? Esiste ancora la possibilità di una vita felice assieme? Ultimo episodio di questa prima serie di "Elfen Lied"