Il capitano Christopher Pike mette fine all'esilio autoimposto per poter salvare un ufficiale disperso durante una missione segreta.

Un'antica reliquia aliena impedisce all'equipaggio dell'Enterprise di deviare una cometa in rotta di collisione con un pianeta.

A fronte di un terribile contagio che devasta la nave ed inabilita l'equipaggio, Una (Numero Uno) deve affrontare un terribile segreto che sta nascondendo.

Pike deve ricorrere a metodi non convenzionali della Flotta Stellare per affrontare una forza malevola che attacca l'Enterprise.

Un'inaspettata visita personale causa una serie di situazioni al limite del comico durante i negoziati cruciali di Spock e Pike con un'insolita specie aliena.

Mentre è in viaggio verso il pianeta Majalis, l'Enterprise riceve una chiamata di soccorso da una navetta sotto attacco da una nave da guerra. L'Enterprise distrugge la nave da guerra e il personale della navetta viene teletrasportato a bordo.

Il Consigliere della Flotta Stellare Aspen viaggia con l'Enterprise verso una colonia lontana sotto l'attacco dei pirati spaziali a bordo della nave canaglia Serene Squall.

L'Enterprise sta esaminando una nebulosa quando il suo motore a curvatura si guasta, causando il blackout dell'equipaggio. M'Benga si risveglia e trova l'interno dell'Enterprise vestito come l'ambientazione fantasy del libro preferito di Rukiya.

L'Enterprise è in viaggio verso Deep Space K-7 quando riceve un altro incarico prioritario per indagare sulla scomparsa della USS Peregrine.

Quando l'Enterprise e la USS Cayuga forniscono rifornimenti a un avamposto vicino alla Zona Neutrale Romulana, Pike incontra accidentalmente uno dei cadetti per i quali si sacrificherà in futuro.