Una ragazza muore dopo un semplice ricovero in ospedale durante un frenetico turno di notte. Suo padre denuncia l'ospedale per negligenza e chiede ai detective Logan e Greevey di indagare per capire se si tratti di omicidio. Logan e Greevey sospettano di un medico che ha apportato delle modifiche alla sua cartella clinica, ma anche di un primario, che ritengono fosse ubriaco durante il turno. I procuratori Stone e Robinette si trovano perciò di fronte allo scomodo compito di condannare uno stimato primario per omicidio colposo.

Una donna spara a due ragazzi di colore in un vagone della metropolitana molto affollato. Inizialmente la sparatoria sembra essere avvenuta per autodifesa, ma con il proseguire delle indagini si profila sempre più una probabile vendetta. Logan e Greevey discutono sulla colpevolezza della donna, specialmente visto che l'uomo ucciso aveva dei precedenti, mentre il ferito non è in grado di testimoniare in tribunale. Stone ha dei problemi con il caso, sia a causa dell'avvocato difensore della donna, e sia per il fatto che l'ufficio stesso di Schiff (il procuratore distrettuale) è spaccato al suo interno riguardo all'accaduto.

Un muratore viene ucciso a colpi di arma da fuoco nel suo appartamento. Logan e Greevey indagano e scoprono che l'omicidio è collegato ad altri casi di omicidio avvenuti a Los Angeles e a San Francisco. I detective arrestano un uomo, che si scopre essere affetto da AIDS come le vittime, e quest'ultimo nega il proprio coinvolgimento, affermando che ogni uomo dovrebbe avere il diritto di mettere fine alla propria vita se è destinato a morire soffrendo in modo disumano. Stone è però preoccupato e dubbioso sul portare avanti il caso, in quanto si chiede se l'uomo abbia fatto davvero qualcosa di sbagliato; dall'altro lato però c'è il pericoloso messaggio sociale che potrebbero mandare assolvendolo.

Una ragazza muore in ospedale, dopo essere stata aggredita nel suo appartamento. Logan e Greevey indagano sul suo ragazzo, ma scoprono che i due si erano lasciati la sera stessa prima che lei venisse aggredita. I detective sospettano anche di un altro uomo, l'ex fidanzato della ragazza, e ben presto scoprono che questi ha dei precedenti di violenza, confermati quando una sua precedente vittima si fa avanti. Stone è frustrato quando non ottiene l'autorizzazione ad usare gli ex crimini dell'uomo contro di lui in tribunale.

Un milionario viene ucciso in un garage insieme alla moglie che rimane invece ferita. In ospedale, la donna identifica il presunto aggressore dalle foto segnaletiche della polizia. Un uomo interrogato nelle prime fasi delle indagini è il socio in affari della vittima. Logan e Greevey, alla fine scoprono che non si è trattato di un'aggressione casuale da parte dell'uomo identificato, ma che il tutto era stato pianificato dal socio e dalla moglie della vittima, che erano amanti. Stone cerca di convincere i sospettati a testimoniare uno contro l'altro per poterli incastrare.

Un consigliere comunale viene rapinato e gravemente ferito alla gola. Logan e Greevey indagano sul caso, e arrestano due uomini che rivelano il nome del mandante: il genero del boss mafioso Frank Masucci. Stone e Robinette scoprono quindi che il consigliere comunale era coinvolto in uno scandalo di corruzione, infatti la raccolta delle multe per violazione dei parchimetri era collegata alla criminalità organizzata. Il procuratore distrettuale Alfred Wentword, per evitare di sembrare conniventi chiede a Stone di non concedere l'immunità al genero del boss.

Due poliziotti a cavallo trovano un uomo in fin di vita a Central Park. Logan e Greevey indagano sulla sua precedente attività e sul suo locale, con una escort in una stanza d'albergo. Quando l'uomo muore, l'indagine porta al suo superiore, che afferma di gestire il suo servizio di catering, ma quando dal sangue della escort si scopre la positività da HIV, il caso prende una brusca battuta mettendo in discussione la sicurezza del settore dei servizi di escort.

Durante un arresto di droga, un poliziotto uccide un giovane afro-americano che era disarmato. L'uomo è accusato di aver pianificato la sparatoria e anche per omicidio non giustificato. Il ragazzo era uno studente universitario molto rispettato per i suoi contributi alla sua comunità in termini di tempo, energia e denaro.

Greevey e Logan indagano sulla morte di una bambina dovuta ai continui abusi, scoprono che la madre era dipendente della cocaina, e maltrattata anche dal marito drogato. Stone e Robinette adottano una nuova tattica dopo la morte della bambina.

Logan e Greevey indagano sulla strana morte di un artista bisessuale controverso, mentre si stava preparando uno strangolamento auto-erotico. Ma, scoprono che la vittima era stato coinvolto in una performance art-work e faceva parte di un trio sadomasochista che includeva il Capo del Dipartimento degli Affari Culturali di New York e la sua amante, cioè una ricca dominatrice di socialite che istigava una scena che ha portato l'artista alla morte.

Una ragazza di 16 anni afroamericana afferma che due poliziotti bianchi l'hanno stuprata. Le indagini di Logan e Greevey causano difficoltà alle accuse della ragazza, quando un membro del Congresso afroamericano sostiene con Stone e Robinette che l'inchiesta è un insabbiamento a sfondo razziale e sospetta che il caso sia una bufala. Dopo aver ammesso una burla, la famiglia evita il deputato la cui campagna è stata distrutta.

Un centro abortista viene fatto esplodere costando la vita ad una manifestante anti-aborto, Logan e Greevey sospettano prima di una ragazza, e poi di un'altra e scoprono che la vittima stava per abortire. Al processo, la donna tenta di usare la sua testimonianza per predicare contro l'aborto. Ma Stone la interrompe, chiedendo a lei se l'aborto era un omicidio.

Durante il loro giro di routine, Logan e Greevey assistono ad un omicidio di un poliziotto sul tetto, ma sospettano subito di un pregiudicato e avviano una caccia all'uomo in tutta la città. Ma, in seguito scoprono che a sparare era il suo partner, per paura che venisse denunciato per corruzione.

Una giornalista viene aggredita e stuprata. Greevey e Logan indagano, ma la donna è confusa e le sue versioni dei fatti sono discordanti. Stone deve quindi rinviare a giudizio le accuse di stupro ai tre sospettati, facendo riaprire il caso. È così che Logan scopre l'esistenza di un quarto assalitore.

Un tabaccaio viene aggredito mortalmente da alcuni sconosciuti che apparterrebbero alla famiglia mafiosa dei Masucci. Stone trova il modo di usare il caso per incastrare l'intero sindacato della criminalità organizzata. Ma Frank Masucci viene assolto, e con questa assoluzione porta all'omicidio di suo cognato. E con questo omicidio porta alla scoperta di un cimitero in cui sono state sepolte le vittime del boss mafioso Frank Masucci, che viene ucciso poche ore dopo che il suo avvocato ha pagato la cauzione.

Un tabaccaio viene aggredito mortalmente da alcuni sconosciuti che apparterrebbero alla famiglia mafiosa dei Masucci. Stone trova il modo di usare il caso per incastrare l'intero sindacato della criminalità organizzata. Ma Frank Masucci viene assolto, e con questa assoluzione porta all'omicidio di suo cognato. E con questo omicidio porta alla scoperta di un cimitero in cui sono state sepolte le vittime del boss mafioso Frank Masucci, che viene ucciso poche ore dopo che il suo avvocato ha pagato la cauzione.

Una sparatoria in una palazzina porta alla morte di un quattordicenne e di suo fratello minore. L'inchiesta rivela che il ragazzino e il suo fratellino sono vittime innocenti e l'obiettivo del killer era un'agente immobiliare. In realtà il duplice omicidio risulta essere il risultato di un adolescente che prende di mira l'indirizzo sbagliato perché sa di più sull'uso delle armi che sulla lettura di base.

Uno spacciatore viene ucciso vicino alla sua comunità, Logan e Greevey si scontrano con il silenzio degli abitanti del quartiere. Ma, scoprono che aveva stuprato la fidanzata di uno di loro e ad essere sospettato dell'omicidio è proprio il suo ragazzo che lo considera un delitto d'onore e per questo viene difeso da un legale del Texas.

Un uomo d'affari e sua moglie vengono assassinati nella loro casa, inizialmente Logan e Greevey sospettano dei due figli della coppia, ma scoprono che, per ottenere finanziamenti della sua attività, l'uomo ha assunto un killer che era collegato alla mafia russa.

Un furgone in cui trasportano tre detenuti arriva al 27º distretto, con uno dei tre morto misteriosamente. I detective scoprono che uno dei due è un membro dell'IRA che è stato detenuto negli Stati Uniti da cinque anni senza aver commesso reati. Invece, l'altro prigioniero si è impiccato nella sua cella federale. Una guardia carceraria viene scoperta di essere un membro dell'IRA e confessa l'omicidio di uno dei detenuti. Logan, Greevey, Stone e Robinette si scontrano con l'FBI mentre perseguono le accuse di omicidio contro un presunto membro dell'IRA, dopo che è stato sospettato dell'omicidio di un altro prigioniero federale.

In una vicenda di riciclaggio di denaro sporco, tre banchieri vengono assolti perché qualcuno ha manomesso delle prove. Stone, sconfitto, accusa la polizia per aver inquinato le prove e in particolare Cragen e il suo collega O'Farrell. Logan e Greevey cercano di tutto per scagionare il loro capo, scontrandosi con O'Farrell, sempre più sospettato di quel reato.

In una vicenda di riciclaggio di denaro sporco, tre banchieri vengono assolti perché qualcuno ha manomesso delle prove. Stone, sconfitto, accusa la polizia per aver inquinato le prove e in particolare Cragen e il suo collega O'Farrell. Logan e Greevey cercano di tutto per scagionare il loro capo, scontrandosi con O'Farrell, sempre più sospettato di quel reato.