Dopo che Flapjack si vanta della velocità di Bolla, viene sfidato in una corsa attraverso il pericoloso "sea of teeth", dal malvagio Inventore con la sua Balena-alfa.

Flapjack e Scrocchio se ne vanno per fare il bucato, lasciando sola Bolla. I due, osservandola, scoprono che questa spia gli abitanti di Tempestalunga dai buchi del pontile.

Capitan Scrocchio punta Flapjack ad una partita di Poker, ed i due finiscono per litigare. Scrocchio sostituisce Flapjack con un ragazzo vinto a carte: Scricchiolio, mentre Flap diventa apprendista banchiere. Il capitano finisce per rimpiangere l'amicizia di Flapjack, e sfida il banchiere per riconquistarlo.

Scrocchio e Flapjack diventano amici della donna più ricca in tutta la baia di Tempestalunga, Lady Nickelbottoms, al fine di rubare le migliaia di caramelle che compongono la sua villa. Ma i loro piani vanno in fumo, e Capitan Scrocchio si trova coinvolto in un duello all'ultimo sangue, contro Lord Nickelbottoms.

Bolla e Flapjack incontrano il fratello gemello buono del malvagio Inventore, il Professore, il quale costruisce “Il Grande Aggeggio Volante” per realizzare il sogno di Bolla, per la quale ha una cotta. Ma quando la balena afferma di non ricambiare gli stessi sentimenti, e di vederlo come un amico, questi si deprime, ed essendo l'unico a saper pilotare “Il Grande Aggeggio Volante”, mette tutti in pericolo, dato che il velivolo si trova nel mezzo di una burrasca.

Flapjack e Capitan Scrocchio si accordano con Larry Mentapiperita per trovare varie carte di caramelle in cambio di dolciumi, ma, dopo un litigio con il ragazzo, Scrocchio scopre che Larry, in realtà, stava cercando una carta speciale, con una X sopra, per comporre la mappa per l'Isola Caramellata.

Scrocchio e Flapjack si imbarcano, travestiti da sardine, su una nave che credono diretta all'Isola Caramellata. Finiscono invece sulla misteriosa Isola di Carbonel. Qui Flapjack fa amicizia col frainteso e solitario mostro dell'isola, mentre Scrocchio costruisce tre zattere: la prima fatta di pesce (viene divorata da uno squalo), la seconda fatta con banane (viene divorata da un gorilla in mare), la terza di legno.

Quando Capitan Scrocchio crede di aver trovato la mappa per l'Isola Caramellata, chiede a Flapjack di leggerla. Tuttavia il ragazzo dice di essere cieco, anche se ha solo bisogno di tagliare i capelli, così il capitano lo accompagna dal Dottor-Barbiere, il quale, dopo aver saputo della mappa, la ruba e parte con i suoi aiutanti, inseguito da Flapjack, Scrocchio e Bolla. Alla fine della loro avventura si scopre che in realtà era una mappa disegnata dal ragazzo per il capitano.

Quando Flapjack crede di essere ignorante, chiede a Scrocchio di portarlo a scuola. Il capitano scopre di essere incapace di tenere il passo con gli altri studenti, e, dato che non riceve caramelle in premio, decide di rubarle di notte. Ma scopre che la maestra Miss Teriosa e gli studenti sono marionette comandate dal mostruoso polpo Willy Otto Braccia, che in realtà si rivela essere la stessa Miss Teriosa travestita, per far imparare a Scrocchio e Flapjack la differenza tra destra e sinistra.

Flapjack e Capitan Scrocchio pensano che Bolla è stata rapita da una ciurma di terribili marinai, chiamati da tutti “Cosaski”, così si intrufolano sulla loro nave, fatta di gigantesche ossa, per trovarla. Alla fine si scopre che Bolla non è stata rapita, ed i Cosaski sono marinai carcerieri, che trasportano pericolosi criminali, liberati da Scrocchio e Flapjack poiché gli avevano scambiati per prigionieri.

Flapjack e Scrocchio, dopo aver dormito con i piedi al sole, se li bruciano. Per curarli, i due devono ottenere il “Bacio di Balena”, ma per raggiungere Bolla salgono su un tram guidato da un'autista orripilante, la quale aveva un conto in sospeso con il capitano, e si rivela lentissima, cosicché Scrocchio prende il comando, portando Flapjack in un movimentato viaggio per raggiungere Bolla.

Scrocchio viene accusato da Capitan Mancino, un pirata, di avergli rubato la mano (di legno), così il capitano racconta a Flapjack di averla persa in un tritarifiuti da giovane, ed essersi intagliato una mano di legno da un modello esposto in una bottega. Nonostante la storia sia vera, Flapjack, cercando delle prove per aiutare Scrocchio, scopre invece che questi gli ha mentito, così che la loro amicizia viene messa a dura prova, e tutti gli abitanti di Tempestalunga si riprendono parti del corpo di Scrocchio, dal quale credevano di essere stati derubati. Alla fine si scopre che il capitano, ormai composto solo dagli occhi e dal naso, non aveva rubato la mano di Capitan Mancino, ed il modello sul quale aveva costruito la sua era un grattino per la schiena.

Dopo che Scrocchio racconta a Flapjack quanto è pericoloso l'Ovest, il ragazzo convince il capitano e Bolla a partire con lui, alla ricerca dell'Isola Caramellata. I tre si inoltrano nel pericoloso Ovest, ma dopo vari giorni Bolla decide di ritornare. Flapjack, per non lasciare l'impresa, carica Scrocchio su una zattera, e prosegue ad Ovest. Il ragazzo e Scrocchio, dopo aver bevuto acqua di mare, hanno delle allucinazioni, finché vengono ritrovati da Bolla, e ritornano a Baia Tempestalunga.

Flapjack, mentre Scrocchio è partito per incontrare i suoi genitori (trasformati in gabbiani da un genio), trova un ratto in mare, e decide di chiamarlo Capitan Scrocchio II. Dopo averlo curato lo mostra ad ogni abitante di Tempestalunga. Il topo, arrabbiato, poiché i paesani scacciano lui ed il ragazzo, trasmette pulci appestate a tutti i cittadini, compreso Capitan Scrocchio. Flapjack porta il ratto sull'Isola Appestata, e dopo che Capitan Scrocchio II incontra una topolina, una nave composta dagli abitanti di Tempestalunga fa salire Flapjack. Scrocchio dice che “nessuno può vivere senza di lui” difatti il sangue del ragazzo è l'unico a non essere stato contaminato, e serve per trovare la cura per i cittadini malati di peste.

Flapjack, Bolla e Scrocchio partono per i Confini della Terra, per ritrovare il “muscolo d'appoggio" (il fondoschiena) perduto del capitano, congelato dentro un iceberg.

Scrocchio, di ritorno dal “Festival dei Nodi di Baia Tempestalunga”, si ricorda di aver promesso a Flapjack che l'avrebbe portato alla fiera. Il ragazzo tormenta il capitano, e questi, per farlo stare zitto, gli racconta la leggenda di Muto Mike, e fa finta di lanciargli una maledizione. Flapjack fa credere a Scrocchio che l'incantesimo lo ha fatto diventare muto, cosicché il capitano è costretto a portarlo al Festival dei Nodi, per farlo visitare dal Dottor-Barbiere. Dopo che il ragazzo si è divertito, Scrocchio scopre che Flapjack aveva solo finto di essere muto, tanto che inizia ad imprecare, e vince anche la coppa per “Il più Grande Maleducato di Tempestalunga". Per farsi perdonare Flapjack canta una bellissima canzone “Il Mio Amico capitano”, dedicata a Scrocchio, ed altre 200 canzoni composte da lui. Tornato da Bolla, a Flapjack manca ancora la voce, ma questa volta realmente, per aver cantato così a lungo.

Capitan Scrocchio, dopo aver detto a Flapjack che non ci si può fidare delle donne, racconta che, alcuni anni prima, era stato lasciato solo ad un “Kissing Party”, da Gertrude, la sua ex fidanzata, che era fuggita su una barca, dopo averlo fatto deridere da tutti gli invitati. Scrocchio va per la baia, a prendere in giro tutte le coppie, quando incappa in una vetrina, e si innamora perdutamente del suo stesso riflesso, credendolo una donna. Flapjack, per assecondarlo, costruisce un manichino con un vestito, una parrucca ed uno specchio. Scrocchio finisce per sposare sé stesso, e Flapjack costruisce dei piccoli specchietti, ovvero i figli del capitano.

Scrocchio racconta a Flapjack che la sua barba è talmente perfetta che è costretto a tenere il cappello, perché se i raggi del sole la illuminassero, questa accecherebbe tutti. A Tempestalunga si svolge un concorso per la barba più bella, e come premio vi è la mano della figlia di Larri Mentapiperita e Moglie Caramella. Flapjack, credendo che la ragazza sia fatta di caramelle, chiede a Scrocchio di partecipare, ma scopre che, in realtà, la sua barba è finta, così si ricopre di peli, e partecipa al concorso come barba di Scrocchio. I due stanno per vincere, ma il trucco viene svelato, e Perfidella vince, come donna più barbuta, ma alla fine si scopre che la figlia di Larry è umana, poiché è stata adottata.

Flapjack aiuta Larry Mentapiperita ad allenarsi per il Torneo di Barzellette, nel quale gareggerà contro la leggenda dei giochi di parole: Felice Milledenti. Ma dopo che questo comico ruba la scena a Larry, e si dimostra cattivo con Flapjack, Capitan Scrocchio sale sul palcoscenico per dargli una lezione, ma, con Flapjack, crea una scena talmente comica che i due si guadagnano gli applausi degli spettatori, al posto di Larry e Felice Milledenti.

L'arrivo a Baia Tempestalunga di W.D. Arruffamontone, ed il suo innovativo cinematografo, distoglie Capitan Scrocchio dalla ricerca di avventure. Flapjack impegna il tempo stando in equilibrio su un'asse di legno, e diventa la più grande star del cinema di Tempestalunga.

Flapjack e Capitan Scrocchio approdano su un'isola, dove un Genio Meccanico propone una scommessa: se i due avventurieri vincessero, il genio direbbe loro dove si trova l'Isola Caramellata, in caso contrario diventerebbero i suoi schiavi. Flapjack e Scrocchio perdono, e sono costretti a servire il Genio Meccanico in ogni sua assurda richiesta, fino a che il capitano si innervosisce a tal punto che sotterra il Genio nella sabbia. I due scoprono che questi era un giocattolo, radiocomandato da un Bebè Gigante.

Flapjack e Scrocchio sono costretti da Perfidella a pulire un'intera nave. Il capitano, per non faticare, dice al ragazzo che lavare la coperta della nave farà di lui un miglior avventuriero, così Flapjack si accolla anche il lavoro di Scrocchio. Il capitano dice al ragazzo che un vero avventuriero ha tanti nemici, così Flapjack gira tutta Baia Tempestalunga, tentando di farsi detestare da tutti, ma nessuno sembra disposto ad odiare il ragazzo. Flapjack, infine, incontra un gruppo di marinai mutanti, infuriati con lui, poiché aveva pulito così bene la loro nave, che agli uomini piaceva sudicia. Flapjack, seppur contento, sta per essere picchiato, quando Scrocchio, per farlo scappare, ferma i marinai, dicendo che il ragazzo deve fare un discorso ai suoi nemici. Flapjack, in questo discorso, ringrazia moltissimo i mutanti di odiarlo, e soprattutto Capitan Scrocchio, che facendogli pulire anche la sua parte di nave gli ha permesso di farsi dei nemici.

Scrocchio dice a Flapjack che non sarà mai un avventuriero, fino a che non saprà cosa significa occuparsi di un bambino (come il capitano fa con lui), così Flapjack si mette alla ricerca di un fratellino. Chiede a Bolla come nascono i bambini, mettendola in difficoltà, cosicché lei gli racconta che lo ha trovato in mezzo ad un grumo di alghe. Flapjack trova un'anatra tra le alghe, credendola un bebè. Il ragazzo ruba delle parti del corpo a Scrocchio, e dà all'anatra un aspetto umano. Flapjack si occupa del “fratellino” tutto il giorno, ma alla fine l'anatra riesce a volar via, lasciando il ragazzo avvilito.

Perfidella, vedendo delle marionette a forma di topo, manovrate da Larry Mentapiperita, crede che la ‘'Bottega delle Golosità'’ sia infestata, e la fa chiudere. Larry crea una nuova marionetta, che assomiglia a Flapjack: Pancake. Il ragazzo si sente umiliato, poiché lo spettacolo viene seguito da tutti gli abitanti di Tempestalunga. A Pancake si aggiungono due marionette ridicole raffiguranti Scrocchio e Bolla. Per mettere fine al tutto, Flapjack decide di lavorare per Perfidella, credendo che a nessuno sarebbe interessato uno spettacolo su di lei. Tuttavia i cittadini apprezzano il nuovo personaggio, ma la vera Perfidella arriva, facendo andar via tutti. La donna, infine, stringe un patto con Larry, restituendogli la ‘'Bottega delle Golosità'’, in cambio di un uomo fatto di cioccolato.

Bolla, credendo che Capitan Scrocchio abbia una cattiva influenza su Flapjack, dice al ragazzo di provare a condurlo, anziché seguirlo. Flap, seguendo i consigli di un addestratore, finisce per ipnotizzare Scrocchio, facendogli credere di essere una foca, cosicché il capitano scappa da Baia Tempestalunga, seguendo l'addestratore. Il ragazzo e Bolla, infine, partono alla ricerca di Scrocchio, e lo fanno ritornare in sé.

Bolla manda Flapjack e Scrocchio a comprare una mensola nella “zona malfamata” della città. Il ragazzo viene preso di mira da un gruppo di ragazzi teppisti, i quali trafugano la bocca di bolla rubando ogni cosa. Per recuperare i loro beni, Flapjack e Scrocchio si recano dai malandrini, ed il ragazzo viene sfidato ad una gara di ballo. Alla fine i “Monelli Ballerini” vengono rimproverati dai genitori, grandi ammiratori del capitano, cosicché i ragazzi e Flap fanno pace, diventando amici.

Flapjack, dopo aver conosciuto una graziosa ragazzina di nome Sally Sciroppo, si accorge che, pensando a lei, spuntano dei cuoricini sopra la sua testa, così crede di essersene innamorato, il che è, secondo il capitano, la peggior cosa che può accadere ad un avventuriero. Scrocchio e Larry avviano una vendita dei cuoricini, che diventano famosissimi in tutta Baia Tempestalunga, sino a che il Dottor-Barbiere, volendone assaggiare uno, si accorge che, in realtà, i cuoricini sono insetti succhia sangue. Flapjack, ormai dissanguato, chiede aiuto a Sally, che, estratta la regina degli insetti dall'orecchio del ragazzo, li porta via dalla Baia, salpando per l'“Isola Sanguinosa”. Scrocchio, infine, si scusa con Flapjack per averlo sfruttato, e si toglie il cappello, ma sopra la sua testa appare un cuoricino. Il capitano tenta di giustificarsi, affermando che un insetto era rimasto sotto il suo copricapo, ma andandosene si gira, guardando Moglie Caramella.

Bolla si innamora di una grossa balena di nome Harvey, che rapisce Flapjack e Capitan Scrocchio, per metterli ai lavori forzati sull'“Isola del Bucato”. Bolla, intanto, crede che i due siano ancora dentro la sua bocca, e la prendano in giro ignorandola, ma si rende ben presto conto che non ci sono. Flapjack fa accidentalmente cadere della biancheria in mare, ed Harvey arriva, infuriato. Bolla vede la biancheria finita in mare, e capisce che l'ha piegata il suo bambino, così si dirige verso l'“Isola del Bucato”, e mette K.O. Harvey.

Dopo che Flapjack trova un paio di enormi gambe alla deriva, Scrocchio le usa per terrorizzare tutta la Baia di Tempestalunga. Arriva però il busto del mostro a cui appartenevano le gambe, il quale viene a reclamarle. Così, dopo una battaglia per il loro possesso, dal quale Scrocchio esce perdente, il mostro distrugge Tempestalunga, ed il capitano viene abbandonato anche dalle sue vecchie gambe, per averle offese.

Bolla racconta a Flapjack l'origine del suo nome: la balena, dopo averlo trovato in mare, sentì un delizioso profumo, e dopo aver chiesto ad un marinaio cosa stava cucinando, lui disse “Flapjack”, e Bolla decise di dare questo nome al suo bambino. Il ragazzo, pronto per assaggiare le sue prime “speciali flapjacks”, viene fermato dal capitano, il quale afferma che il dolce va mangiato solo con lo Sciroppo d'Acero, così i due si recano all'“Isola dello Sciroppo”. Lì, dopo aver faticosamente prodotto una bottiglia di sidro, vengono fatti prigionieri dal Re, ma liberati dalle “speciali flapjacks”, ammuffite talmente tanto che hanno preso vita propria. La flapjack ammuffita diventa il nuovo Re dell'Isola, e decide di produrre lo Sciroppo d'Acero.

Flapjack scopre un frutto, il che non si vedeva da anni a Baia Tempestalunga, ma Scrocchio se lo mangia. Gli abitanti della baia vogliono tagliargli la pancia, ma il capitano promette loro di riportarne un altro, così si dirige con Flapjack su un'isola. I due hanno problemi a prendere della frutta, nonostante questa abbondi, a causa di un Uomo Pianta. Alla fine riescono ad imbrogliare la creatura, che addenta un sasso, spezzandosi i denti, così baratta della zuppa di pesce con la frutta.

Flapjack e Scrocchio sono costretti da Perfidella a raccogliere le teste di pesce che sporcano la Baia. I due vendono le teste al Dottor-Barbiere, ma questi dà vita a mostruose creature composte da capelli e teste di pesce.

Flapjack viene scambiato da tutti per una ragazza, così Scrocchio cerca di tramutarlo in un “vero uomo”, insegnandogli postura e comportamento adatti ad un rude avventuriero, e cambiandogli anche look. Purtroppo il ragazzo scopre che è la sua voce a dover essere cambiata, così si reca, all'insaputa di Bolla e Capitan Scrocchio, dal Dottor-Barbiere, per sottoporsi ad un pericoloso intervento chirurgico. La balena ed il capitano lo vengono a sapere, così Scrocchio si precipita dal medico. Flapjack è uscito indenne dalla chirurgia, ma la sua voce ora è ancor più femminile. Il Dottor-Barbiere si giustifica dicendo che, dato che il ragazzo gli aveva chiesto di modificare la voce, e la sua era da “giovane uomo”, questi gliela aveva cambiata in voce da “giovane donna”. Flapjack chiede di riavere la sua voce, ed il Dottor-Barbiere opera un altro intervento, aggiungendo dei baffi al ragazzo, per dagli un'aria da uomo.

Scrocchio riesce a fuggire dai tritoni, dopo aver rubato il cuore di una Sirena. Questo è pieno di caramelle a forma di lacrima, ognuna delle quali esaudisce un desiderio. Flapjack ed il capitano sprecano lacrime tutto il giorno, desiderando cose strambe ed inutili. Alla fine il ragazzo si accorge che la Sirena sta morendo, e si sente in colpa, così va da Scrocchio, e cerca di convincerlo a restituire il cuore. Il capitano, rimasto con due caramelle, tenta di persuadere Flapjack ad utilizzarle per raggiungere l'“Isola Caramellata”. Il ragazzo prega Scrocchio di non usare le lacrime, ma questi desidera “un cappello nuovo ed un Corn-Dog” e “andare sull'Isola Caramellata". L'ultimo desiderio, naturalmente non si realizza, poiché il cappello ed il Corn-Dog sono già due desideri. La Sirena, a questo punto, si dimena in un terribile spettacolo, ma subito dopo diventa una bellissima Vergine del Cielo, dato che quando un avventuriero ruba il cuore di una Sirena questa si libra tra le nuvole.

Flapjack and Captain K'nuckles are swindled by a mysterious man named Ben Boozle and are forced to work on his ship until Flapjack can achieve the rank of captain.

Flapjack and Captain K'nuckles sneak aboard a candy cruise ship, but accidentally anger Poseidon when they destroy the ship's figurehead.

Flapjack is dubbed Captain K'nuckles' guardian angel by Bubbie but when Flapjack annoys him with constant protection, K'nuckles fakes his own death to have peace.

When Captain K'nuckles and Bubbie read Flapjack's secret diary, Flapjack decides to live like a hermit on a remote island to keep his secrets safe.

Taunted by a rich boy for being poor, Flapjack and Captain K'nuckles search for diamonds that the rich boy claims are in the sewers of Upper Stormalong Harbor.

Flapjack learns from Captain K'Nuckles about a strange man who trades combs in exchange for candy. After finding the man's family is in a similar situation to his, Flapjack helps the man (Tee Hee Tummy Tums) sell his combs.