Dopo una collisione con il Paradox Prism, Sonic finisce in un mondo parallelo chiamato New Yoke City, la cui atmosfera cupa sembra stranamente familiare.

Un'interruzione di corrente consente a due ribelli di entrare nel laboratorio dove il Consiglio del Caos sta studiando lo strano legame tra la sua fonte di energia e Sonic.

I ribelli combattono contro il Consiglio del Caos per ottenere il Frammento del Prisma, poi Sonic fa una scoperta sorprendente sugli eventi che hanno mandato in pezzi il suo mondo.

In una dimensione chiamata Bosco-Labirinto, Sonic incontra alter ego dei suoi amici che vivono sugli alberi e lo avvertono di un mostro che abita nella giungla.

Per ritrovare la strada verso la giusta dimensione, Sonic deve affrontare la creatura della giungla che è in guerra contro i suoi amici e catturare il frammento del prisma.

Rientrato a New Yoke, Sonic prova disperatamente a convincere Nine a unirsi alla Resistenza, ma lui pensa solo a trovarsi una nuova casa.

Nella località tropicale di Nessunposto, Sonic incontra una banda di pirati amichevoli e il loro misterioso capitano che adora far festa.

La squadra di Sonic vuole raggiungere il frammento, ma si accorge fin da subito che anche qualcun altro lo sta cercando. L'unico modo per vincere: andare veloce!