Nils è disubbidiente e pestifero e, invece di aiutare i genitori nella conduzione della fattoria, si diverte a fare brutti scherzi agli animali che non possono difendersi. Un giorno riesce perfino a catturare uno gnomo utilizzando un retino per farfalle; invece di liberarlo in cambio di una moneta d'oro, come propostogli, il ragazzo avidamente gliene chiede una seconda ma il baffuto gnomo, arrabbiato, con una magia lo trasforma facendolo rimpicciolire alla sua stessa altezza: assieme al giovane subisce la stessa sorte anche il criceto Carrot che Nils teneva con sé. Contemporaneamente però scopre di poter comprendere il linguaggio degli animali e addirittura parlare con loro.

Tutti gli animali della fattoria, dal cane alle galline dell'aia alle mucche della stalla, appena saputa la novità riguardante il loro antico torturatore, non si trattengono dal vendicarsi di lui (ora che è diventato come Pollicino) inseguendolo dappertutto a facendogli patire un po' di quello da loro subìto in precedenza; Nils spaventato cerca una via di scampo. Nel frattempo l'oca Martin ha una disputa con un gruppetto di oche selvatiche appena sopraggiunte ed afferma che anche lui può volare come loro fino in Lapponia, dove si stanno dirigendo per costruire i propri nidi: nel momento in cui Martin prende il volo per seguire lo stormo Nils, in cerca di salvezza assieme al criceto Carrot, riesce ad afferrare la corda che l'oca porta al collo e librarsi in aria assieme a lei.

Fa la sua prima comparsa la volpe Smirre, che sarà l'antagonista principale di Nils lungo tutto il corso della serie; il ragazzino riesce a liberare l'oca Ingrid che era stata catturata dalla volpe e a riportarla in salvo dallo stormo conquistando la fiducia di Akka che consente al ragazzo di proseguire il viaggio verso la Lapponia con loro.

Durante la sosta nei pressi di una fattoria, Nils e Carrot scorgono una mamma scoiattolo catturata e messa in una gabbia dagli umani; ella è preoccupata perché è stata catturata mentre cercava il cibo per i suoi piccoli e ora loro sono soli ad attenderla nel bosco perciò il giovane Nils riesce a rintracciare i piccoli e a condurli nel luogo in cui si trova ora la loro mamma. Il mattino seguente, i proprietari della fattoria decidono di lasciarli liberi.

Lo stormo giunge al castello di Vittskövle. Martin, dopo una serie di peripezie, viene catturato dalla cuoca e portato in cucina; ella ha tutta l'intenzione di cuocerlo nella pentola. Così spetta a Nils il compito d'introdursi furtivamente nel castello per liberare l'amico.

Gunnar, il vice di Akka, capo stormo delle oche selvatiche in viaggio, mette a punto una serie di tre prove per poter appurare se davvero Martin è in grado di sottoporsi a tutti i rigori del tragitto in programma: l'oca domestica riesce a risolvere i difficili compiti, seppur con notevoli difficoltà.

Al castello di Kullaberg a Glimmingehus, lungo la costa danese, un esercito di ratti neri provenienti dalla vicina Svezia cerca d'infestare i locali, attaccando i topi grigi che vi abitano per entrare in possesso delle scorte di cereali contenuti nelle cantine; all'arrivo delle oche sui tetti toccherà a Nils cercare di porre rimedio alla pericolosa situazione. In difesa del castello il piccolo Nils, alla maniera de Il pifferaio di Hamelin, suonando un corno magico, trascina lontano da lì i ratti ipnotizzati.

Si svolge la grande festa di primavera nella penisola di Tulamberg (Kullen); in mezzo ai folti gruppi di animali ivi convenuti giunge anche, non invitata, la volpe Smirre a crear scompiglio.

Durante una giornata di pioggia Nils si nasconde nel cestino della bicicletta di un ragazzo che abita in campagna, finendo con l'intrufolarsi all'interno della casa colonica di famiglia; in cerca di qualcosa da mangiare, nella stanza del giovane, comincia a pasticciare con l'inchiostro che si trova sulla scrivania.

Si trascorre la notte lungo il fiume Ronnebyån. Le oche selvatiche si appostano in una stretta vallata, ma Nils scopre che la volpe Smirre, la lontra e la martora sono nei paraggi ed hanno delle brutte intenzioni.

Lo stormo arriva a Karlskrona, la prima vera città che Nils vede in vita sua. Per questo motivo, euforico e curioso, decide di girovagare per le strade di notte seguito da Carrot; ma la statua in bronzo del re Carlo XI di Svezia, dileggiato dal giovane inconsapevole delle conseguenze, comincia a muoversi e ad inseguirli. Nel frattempo la figura in legno del "vecchio Rosenbom" deve aiutare il re nella ricerca di Nils che, insieme a Carrot, si rifugia in un museo navale: qui il modellino di una nave prende vita.

Martin si comporta in modo tanto insolito da attirare su di sé l'attenzione dei compagni; si verrà a sapere che sta curando una bella oca ferita di nome Dolce Piuma portandole da mangiare di nascosto dagli altri. Nel momento in cui le sue ali guariscono, la nuova amica si accoda allo stormo.

Nel corso di una terribile tempesta Akka conduce i suoi ad un rifugio posto su di un isolotto roccioso. All'interno della grotta incontrano un gregge di pecore lì rifugiatesi, incapaci come sono di difendersi da sole contro gli attacchi sempre più frequenti delle volpi. Qui Nils insegna alle pecore come contrattaccare.

La cicogna Ermenric, abitante sui tetti della fattoria dei genitori di Nils, va a trovarlo e gli racconta la storia della leggendaria cittadina di Vineta la quale riemerge dal fondo marino solo per un'ora ogni cento anni; in una notte di luna piena il ragazzo in compagnia di Carrot attraversa le porte della città incantata nel tentativo di salvarla dalla maledizione che ha preso i suoi abitanti, ma per farlo avrebbe bisogno almeno di una moneta che egli purtroppo non porta con sé.

Il capo delle cornacchie vorrebbe tenere tutto per sé un vaso pieno di monete d'oro appena trovate e, assieme alla sua fidanzata, escogita un piano per ingannare i sottoposti senza però riuscire ad aprirlo. La volpe Smirre allora, comparsa nelle vicinanze, fa un patto con loro: le cornacchie dovranno rapire Nils e costringerlo ad aprire il tappo che serra il vaso ma, una volta aperto, dovranno consegnare il piccolo come ricompensa proprio a Smirre.

Dopo che Nils ha aperto il vaso di monete d'oro tutti i corvi balzano lesti sopra il tesoro, cosicché il ragazzo può sfuggir loro nascondendosi in una casupola abbandonata dei dintorni; ma la volpe vuole costringere i corvi a mettersi sulle tracce della sua preda.

Messosi in salvo e al sicuro tra le oche selvatiche Nils, sorvolando un lago, incontra l'uccello Jarrow, messo lì dagli uomini come esca e richiamo per attirare i suoi simili, di modo che i cacciatori nascosti lì vicino possano poi sparare agli sprovveduti accorsi. Nils vuole aiutare la sua nuova conoscenza a fuggire.

Un bambino tanto caro a Jarrow rimane intrappolato dentro una barchetta bucata e malconcia che prende presto il largo; le oche selvatiche gli prestano soccorso riuscendo a spingere l'imbarcazione verso la riva. In segno di gratitudine nei confronti degli animali, i genitori del bambino s'impegnano a convincere gli abitanti del luogo a non far prosciugare il lago per i loro interessi.

Casualmente Nils incontra un alce che ha perduto il proprio piccolo; gli uomini lo hanno catturato ed ora lo tengono rinchiuso in un recinto. Nils convince il cucciolo a tentare la fuga per riacquistare la libertà e poter così tornare dalla madre.

Senza volerlo il piccolo alce calpesta la regina delle bisce. Una sua sottoposta, tramando vendetta, mette in pericolo l'intera foresta.

Nils con la sua sfrontatezza riesce ad irritare la strega della pioggia al punto che questa scatena contro tutto lo stormo in viaggio una tremenda tempesta. Ciò causa problemi a due bambini a cui Nils, con l'aiuto della strega della pioggia, presta soccorso.

Nils, durante una sessione di volo, cade dalla groppa di Martin e finisce tra una famiglia di orsi; i cuccioli immediatamente cominciano a divertirsi con il loro nuovo "giocattolo", ma il padre orso continua a non fidarsi del piccolo Nils, rimanendo questi nient'altro che un uomo. Nel tentativo di farlo ricredere, il ragazzo prova ad aiutarlo a risolvere un problema che ha proprio con gli uomini.

Smirre inganna l'ambasciatrice Agar che si reca dalle oche selvatiche per chiedere di aiutare gli avversi cigni in crisi a causa dell'alluvione.

La cicogna si mette in contatto con lo gnomo che insiste sull'idea di non voler perdonare Nils nonostante sia cambiato. Intanto Smirre è ancora sulle tracce di Nils che, grazie all'amicizia con un grosso cane, riesce a sventare il suo agguato.

Durante il sorvolo sopra Uppsala Lasse scopre uno studente che nutre gli uccelli fuori dalla sua finestra; sperando di ottenere un po' di cibo entra nella stanza assieme a Nils e così conoscono il suo inquilino che frequenta l'università. Questi dovrà ben presto richiedere l'aiuto di tutte le oche; ha difatti perduto il prezioso manoscritto consegnatogli da un amico, quando un improvviso colpo di vento ne ha sparpagliato via i fogli che sono così stati dispersi per le strade della città. Tutto lo stormo si mette in movimento per aiutare lo studente.

A causa di un nubifragio, lo stormo effettua un atterraggio d'emergenza e, nel mentre, un uomo cerca riparo per sé e per il suo bestiame, ma quest'ultimo viene relegato in una stalla all'aperto così il cavallo decide di andare a cercare Nils per chiedere il suo aiuto e quello di un vecchio amico.

Mentre Nils ha nostalgia di casa, Dolce Piuma chiede ad Akka di poter fare una deviazione e andare a salutare i suoi genitori così da presentargli Martin e ricevere la loro approvazione. Tuttavia, mentre le sorelle di Dolce Piuma cercano di corteggiarlo, il padre non approva l'oca domestica né tantomeno la loro unione. Arriva un'aquila e Martin decide di mostrar loro il suo coraggio.

Un cacciatore su una piccola barca prende di mira lo stormo e, quando Martin prova a schivare i suoi proiettili, Nils perde la presa e cade in acqua dove viene recuperato proprio dal pescatore che, credendolo uno gnomo, lo vende per poche monete ad un vecchio violinista, Clemence Larson, il quale prova a sfruttare la situazione. In seguito all'insuccesso, il violinista si redime liberando Nils e Carrot.

Lo stormo non riesce a trovare Nils e Carrot: la maggior parte di loro è del parere di andare in Lapponia senza perdere altro tempo, sicuri del fatto che si potranno incontrare nuovamente, ma Martin si oppone. Intanto, sperando che qualcuno possa avere notizie di Akka, Nils e Carrot entrano nel giardino zoologico; qui fanno la conoscenza di un'aquila di nome Gorgo che racconta la sua storia e di come Akka si sia preso cura di lui come se fosse suo padre. Poco dopo lo stormo scopre che Nils e Carrot si trovano in compagnia di Gorgo e sono diretti in Lapponia.

Ci volle un po' di tempo affinché Gorgo si abituasse alla riacquistata libertà: le sue acrobazie nell'aria erano a dir poco spettacolari ma i suoi atterraggi lasciavano alquanto a desiderare. Nils cerca di aiutarlo come può finché non si scontra nuovamente con la volpe Smirre.

Gorgo e Nils vanno in giro per i boschi a chiedere informazioni sullo stormo con grande stupore dei suoi piccoli abitanti timorosi dell'aquila. Durante il viaggio incontrano una loro vecchia conoscenza, il violinista Clemence Larson, che propone di narrare la storia di Nils per vincere il premio come miglior racconto.

Carrot lascia Nils per inoltrarsi nel bosco dove conosce il piccolo Max e i suoi genitori. Nel mentre lo stormo riposa in un lago lì vicino e, dopo essere stato importunato da due oche impiccione, nota che il bosco sta andando a fuoco. Carrot, preoccupandosi per Nils, torna da lui trovandolo appisolato su un albero ignaro dell'incendio. Quando tutti sembrano essere al sicuro, scoprono che il piccolo Max è rimasto bloccato nel bosco perciò Nils corre in suo aiuto.

In una zona nascosta del bosco si tiene una riunione di uccelli di varie specie per decidere dove nidificare dato che lì sono in sovrannumero, ma ognuno ha una sua idea e una propria esigenza. Dopo aver ascoltato i loro discorsi, Gorgo consiglia la Lapponia in quanto luogo ideale per le esigenze di tutti. Nonostante ciò, alcuni uccelli continuano a discutere tra loro finché non sopraggiunge la volpe Smirre che, con l'intento di catturare Nils, prende in ostaggio il piccolo Carrot. Intanto lo stormo è arrivato in Lapponia.

Anche Gorgo, Nils e Carrot giungono in Lapponia ma il piccolo ragazzo è troppo stanco per godersi il lieto evento perciò Gorgo lo lascia addormentato sul prato. Qui Nils incontra il Sole, il quale simboleggia la primavera, che lo invita a seguirlo nella battaglia contro il Principe del Gelo, il quale simboleggia invece l'inverno. La battaglia si conclude con il Sole sconfitto e, quando Nils è stretto nella morsa di un lupo, gli basta semplicemente svegliarsi per scoprire che tutto ciò era frutto di un sogno. Quindi i tre si rimettono in viaggio, superano la montagna e si ritrovano su una vasta distesa d'erba dove riposa lo stormo di Akka: finalmente Nils e Carrot possono ricongiungersi con Martin.

Akka avvista degli umani in lontananza e manda Nils ad allontanarli dal luogo di nidificazione; una volta lì, Nils scopre che i due sono bambini della sua città natale e che sono stati abbandonati dal padre in seguito alla morte della madre e della sorella e, per questo motivo, hanno deciso di intraprendere questo lungo viaggio che li ha portati in Lapponia, ultimo posto in cui è stato avvistato. Nils decide quindi di aiutarli a ritrovare il padre.

Gorgo porta Carrot e Nils a visitare "casa" sua, ovvero il nido in cui è nato, ma questo rattrista Nils che ha nostalgia di casa. Per cercare di distrarsi, va ad osservare le oche mentre fanno il nido; tuttavia, Martin e Gunner sono di cattivo umore e cominciano a litigare per un ramoscello quindi Akka caccia via Nils e Carrot. Questi, risentiti, incontrano Lasse che rivela di provare interesse nei confronti di Siri ma che probabilmente non può essere ricambiato dato che Guster è il suo rivale e crede possa avere più possibilità. Alla fine Siri sceglie Lasse come suo compagno con immenso dispiacere di Guster che viene chiamato da Akka insieme a Nils e Carrot per festeggiare il lieto evento: le prime covate di Dolce Piuma e Ingrid.

Le uova di Martin e Dolce Piuma si schiudono e nascono tre pulcini mentre il quarto, in ritardo, si schiude dinanzi a Nils; il pulcino, vedendo lui per primo, lo scambia per la sua figura di riferimento decidendo di seguirlo ovunque vada. Andando in avanscoperta però, il piccolo Nilson fa la conoscenza di Smirre che, in seguito, lo cattura per poter attirare Nils nel suo nascondiglio.

Nils e Carrot si allontanano dallo stormo per giocare insieme e assistere alla nascita di una piccola renna e di alcuni conigli. D'un tratto arriva un lupo che mette in allarme i due che cadono in un fiume allontanandosi molto dal luogo di nidificazione delle oche selvatiche; Akka, preoccupato per i due , va a cercarli insieme a Gorgo e Guster. Intanto Nils e Carrot incontrano dei castori che hanno un figlio, Filippo, il quale si sente trascurato dato che passa molte ore da solo a guardarli mentre costruiscono; inoltre scoprono che quella è la notte di mezza estate in cui il sole è sempre in cielo e non arriva mai la notte. Stanchi, decidono di addormentarsi ma il fiume esonda e tutto il lavoro fatto fino a quel momento va in fumo; Akka, arrivato in soccorso di Nils che aveva destato le ire dei castori, gli spiega che i genitori del piccolo castoro erano intenti a costruire il nido del piccolo perciò i due combinaguai, per redimersi, cercano di rimediare.

La stagione estiva sta per concludersi perciò Akka informa lo stormo che è tempo di migrare verso Sud e Gorgo vorrebbe andare via con loro anche se il suo posto è proprio lì in Lapponia. Mentre i piccoli imparano a volare, Akka acconsente un po' titubante a portar con sé Gorgo anche se quest'ultimo informa Nils e Carrot di aver assaggiato per la prima volta carne di coniglio e di sentirsi come rinato. La notte prima della partenza, Akka saluta Gorgo addormentato confermando il suo intento di partire con lo stormo senza svegliarlo; tuttavia Gorgo si desta e, notando lo stormo allontanarsi sempre più, capisce che deve separarsi dal suo padre adottivo diventando una vera aquila perciò, con immenso dispiacere, saluta lo stormo e Nils promettendo di vedersi l'estate successiva.

Lo stormo si allontana per la pioggia intensa lasciando Nils e Carrot appisolati sull'erba; i due, offesi per essere stati dimenticati da Martin e lo stormo, si rifugiano in una grotta dove vengono raggiunti da Bataki, il corvo, desideroso del loro aiuto. Infatti una donna che accudisce degli animali è derisa dagli abitanti del paese lì vicino che la considerano una pazza per il suo interesse spassionato verso queste creature. Alla fine dell'episodio, Nils e Carrot si ricongiungono a Martin e lo stormo.

Lo stormo è giunto nella città di Dalarna; qui Akka li avverte che gli umani, in questa notte detta di Walpurga, festeggiano accendendo un grosso falò dinanzi al quale tutti i bambini girano, tenendosi per mano, ridendo e ballando. Nils vuole assistere alla festa ma Akka glielo proibisce così il piccolo sgattaiola via ma viene scoperto da Gunner e Guster che però lo lasciano lì a guardare. Alla fine della festa però, Nils si rattrista per il fatto di non aver potuto partecipare come tutti i bambini lì presenti quindi decide di inscenare una notte di Walpurga per sé e gli animali della foresta. Tuttavia la faccenda causa scompiglio e due piccoli gufi sono persi di vista dalla loro madre che si rivolge a Nils e Martin.

Mentre lo stormo discute sull'educazione dei pulcini dei vari membri, Nils e Carrot si allontanano da loro per raggiungere una torre di controllo fatta in legno ma sono costretti a nascondersi per l'arrivo di tre ragazzi accorsi per ripararsi anch'essi dalla pioggia. Per passare il tempo, uno dei tre decide di raccontare una storia su Asator e due giganti; una volta conclusa, i tre si rimettono in viaggio mentre Nils e Carrot son recuperati da Akka e Guster che li stavano cercando.

Nel sorvolare una distesa d'erba, Nils e Martin notano un piccolo bambino di nome Olaf lasciato solo dalla sua famiglia troppo occupata a badare al bestiame; preoccupati per lui, decidono di prendersene cura anche se crea loro molti problemi a causa dei continui piagnistei. Comincia a piovere e decidono di portar il piccolo in una caverna al caldo per poi allontanarsi in cerca dei familiari ma Smirre passa proprio da quelle parti. Per fortuna Nils e Martin arrivano in tempo per scacciare la volpe così Olaf può riabbracciare i suoi cari.

Lo stormo sorvola una città abbandonata mentre Bataki il corvo la sta ammirando sotto lo sguardo perplesso e rassegnato di un piccione. Inizia a piovigginare ed il corvo scorge una casetta la cui porta continua costantemente a sbattere; incuriosito, entra al suo interno e scopre che in realtà è un forno, la porta si chiude e Bataki rimane lì bloccato. Il piccione cerca aiuto da Nils che giunge sul posto accompagnato da Akka e, mentre aiuta il corvo, quest'ultimo gli narra la storia dell'oro del gigante.

Akka decide di far sostare lo stormo in prossimità della villa abbandonata del conte Giulio consigliando a Nils di non andare per nessun motivo lì proprio in quella notte di luna piena. Il ragazzo disubbidisce e si reca insieme a Carrot nella tenuta dove incontra proprio il conte, il quale gli chiede insistentemente di aiutarlo a curare le sue piante con una vanga; Nils non può impugnare la vanga essendo troppo grande per lui ma, per pigrizia, non impugna nemmeno quella più piccola sicché il conte Giulio si infuria rivelando loro che se Nils avesse preso la vanga sarebbe stato liberato dalla maledizione che lo affligge. Tornati dallo stormo, Akka informa loro che quello non è altro che il fantasma del conte Giulio.

Martin e Nils continuano a discutere a lungo sullo strano conte Giulio e, alla fine, non sanno più se sia stato un sogno, realtà o frutto dell'immaginazione del piccolo ragazzo. Tuttavia sono subito coinvolti in un'altra avventura diversa da quella del fantasma: infatti Nils conosce una bambina e la sua storia lo rende molto triste.

Lo stormo si trova ancora nella regione di Dalarna quando Nils avvista in lontananza delle persone intente a festeggiare. Incuriosito, chiede ad Akka di poter partecipare così lo conduce da un corvo amico di Bataki che gli permette di assistervi. Approfittando della sua presenza, il corvo chiede aiuto per dei cavalli che necessitano di qualcuno che si prenda per bene cura di loro senza ferirli o maltrattarli, perciò Nils fa in modo da far vincere il più buono e generoso dei concorrenti in gara.

Mentre Smirre è in cerca di cibo, lo stormo sosta nei pressi di un lago ma Nils e Carrot vogliono cercare da mangiare così Martin, riluttante, li lascia nel bosco a cercare bacche; qui i due subiscono l'agguato di Smirre che vuole vendicarsi del ragazzo. In seguito al fallimento, Smirre fa la conoscenza di una volpe femmina, Tulipano, che gli fa dimenticare della sua vendetta trasformandolo in una volpe docile e vanitosa. Dopo un combattimento furioso con un lupo aggressivo, tra i due nasce il sentimento che porta Smirre lontano per sempre da Nils.

Ormai la casa di Nils è vicina ma l'idea di separarsi dalle oche selvatiche lo rattrista molto. La situazione peggiora quando nota per caso Akka e Bataki discutere riguardo la riluttanza dello gnomo nel voler riportare Nils ad essere un bambino. In seguito ad un litigio con Martin, Nils si spinge lontano dallo stormo e si ritrova in una casa disabitata dove sta per essere ucciso da due gufi; l'intervento di Martin riesce però a salvare il piccolo. A fine episodio, Akka rivela a Nils che potrà tornare ad essere un bambino normale solo riportando a casa Martin il giorno di San Martino, ovvero il giorno in cui le oche vengono uccise e questo vuol dire soltanto una cosa: il giorno in cui tornerà normale corrisponde al giorno in cui Martin morirà.

Nils continua a disperarsi mentre Martin, ignaro del pericolo, rimane fermo sulla sua idea di voler ritornare a casa finché il giovane ragazzo non gli insinua il dubbio sul fatto che Dolce Piuma e i suoi figli non abbiano intenzione di vivere alla fattoria. Ermenric trova Akka e lo aggiorna sulla situazione disastrosa della fattoria di Nils, vorrebbero informarlo ma quest'ultimo non vuole saperne nulla quindi Akka decide di portarlo su un isolotto dove afferma ci siano delle monete d'oro. Nils rifiuta di prenderle e, tornando dallo stormo, Martin conferma al ragazzo l'intenzione sua e della sua famiglia di vivere tutti insieme alla fattoria; tuttavia Nils ha preso la sua decisione: non tornerà a casa.