Benvenuti al Liceo Gintama. Il professore in camice bianco Sakata Ginpachi ha il disperato compito di far quadrare i voti della classe 3a Z, un coacervo assortito di casi umani e disadattati. Tra tentativi di corruzione, bizzarri metodi di studio e l'intervento di studenti che sembrano remare intenzionalmente contro, la vita accademica inizia all'insegna del caos totale.

La classe di Ginpachi è in balia delle peggiori crisi adolescenziali... e mutazioni genetiche! Gli studenti subiscono stravaganti e incomprensibili trasformazioni fisiche proprio a ridosso delle verifiche. Quando la situazione sfugge di mano, l'unica soluzione per gli alunni è chiedere un consulto privato con lo sfaticato professore, portando a sessioni tragicomiche.

La tensione sale tra le strade attorno alla scuola. Una misteriosa e aggressiva gang di strada inizia ad attaccare i passanti, costringendo con la violenza le malcapitate vittime ad acquistare dei ridicoli adesivi. Quando il caos lambisce gli studenti della 3a Z, iniziano a emergere inaspettati (e letali) talenti comici da chi non ha mai proferito parola.

Rimanere chiusi in un istituto superiore vuoto dopo il tramonto non è mai una buona idea. Shinpachi, Kagura e il professor Ginpachi si ritrovano di notte nei corridoi della scuola nel tentativo di recuperare degli oggetti dimenticati. Tuttavia, l'edificio buio cela inquietanti e spettrali sorprese, trasformando la missione in un demenziale horror scolastico tra equivoci e urla disperate.

I responsabili di una massiccia rapina in banca sono in fuga da due settimane con una ricchissima taglia di un milione di yen sulle loro teste. A scuola, mentre tutti si preparano per l'imminente gita, inizia a serpeggiare una voce inquietante: i tre ricercati si nascondono proprio nel locale caldaie del Liceo Gintama. Tra panico e goffi tentativi di cattura, la caccia all'uomo ha inizio.

Il dramma si abbatte sulla 3a Z: a causa del trasferimento di lavoro del padre, Shinpachi e sua sorella Tae annunciano in lacrime di dover cambiare scuola e abbandonare il Liceo Gintama. Messa di fronte a questo inaspettato addio, l'intera e sgangherata classe si mobilita per organizzare un saluto indimenticabile, sfociando però nelle solite assurdità fuori controllo.

Le noiose pulizie periodiche dei vecchi magazzini e delle aule del Liceo Gintama portano alla luce ritrovamenti a dir poco compromettenti. Tra vecchi numeri di Jump logorati e oggetti misteriosi, la situazione sfugge rapidamente di mano. Per risolvere il mistero e smaltire il materiale scottante, il gruppo ha bisogno del supporto di un "vero esperto hard-boiled".

La turbolenta 3a Z parte finalmente in viaggio d'istruzione verso Kyoto! Mentre gli studenti ignorano le regole per darsi alla pazza gioia e causare scompiglio negli alberghi e per le strade, Hijikata – lo stoico e ossessivo vicepresidente del comitato disciplinare – si trasforma in un cecchino dell'ordine, pronto a stanare chiunque sgarri con punizioni grottesche.

È il tanto atteso giorno del Festival Culturale, il palcoscenico perfetto per le follie del Liceo Gintama. Nonostante l'apparente svogliatezza, gli alunni della 3a Z si lanciano anima e corpo nell'allestimento di attrazioni surreali e competitive. Tra stand disastrosi, esibizioni canore al limite della stonatura ("In amore fai decisamente schifo") e rivalità accese, il festival degenera in puro delirio.

Una serie di violenti episodi attribuiti al fantomatico "Bontan Hunter" inizia a diffondersi a macchia d'olio tra i delinquenti locali. I sospetti ricadono sul gruppo di Takasugi, l'allievo più ribelle della scuola. Per scongiurare una guerra totale tra gang, Hijikata ordina di sorvegliarlo. Con una mossa disperata, tocca a Shinpachi improvvisarsi spia e tentare di infiltrarsi nella pericolosissima fazione.

Le scintille tra bande rivali si trasformano in un incendio. Un banale scontro in strada innesca una feroce faida interscolastica tra gli studenti del Liceo Gintama e l'Istituto Yato, covo dei peggiori e più letali teppisti. Infastidito dalla banalità delle lotte studentesche, il feroce leader Kamui decide di alzare bruscamente la posta in gioco, dichiarando una vera e propria guerra aperta contro la classe 3a Z.

Sono passati ben otto anni dall'epico (e devastante) diploma al Liceo Gintama. Sfogliare il vecchio annuario fa riemergere un forte senso di nostalgia, spingendo Ginpachi e gli ex studenti a organizzare una clamorosa rimpatriata. Tra i tavoli di un classico Izakaya, i vecchi amici iniziano a raccontare le loro vite da adulti, portando alla luce segreti, carriere fallite e destini inaspettati. Riusciranno i legami nati nella caotica e assurda 3a Z a sopravvivere al peso del mondo reale e alle rivelazioni di questa surreale nottata alcolica, o il passato è destinato a restare solo un ricordo lontano?