Bishop ricompare con un unico scopo: trovare i mutanti e distruggerli. Leonardo si trova da solo ad affrontare i robot e ne esce indenne anche grazie all'aiuto di April. È la prima volta che si trova a combattere un nemico senza i suoi fratelli.

Miki vuole salvare i suoi fratelli dalla furia di Bishop e Rod vuole diventare un mutante. Per questo decidono di aiutarsi a vicenda stringendo un patto: Miki gli darà il suo sangue e Rod chiamerà il padre, che finanzia Bishop, per fermarla.

Raffaello si ritrova rinchiuso in una fabbrica abbandonata. Quando arriva il Mechazoid di Bishop, Raff deve liberarsi e seguendo il suggerimento di Michelangelo, comincia a raccontare barzellette. Una volta libero, sconfigge il robot.

I robot di Bishop continuano a dare la caccia alle Tartarughe. Ora è Donatello che deve affrontarne uno particolarmente tenace. Per sfuggirgli, entra nella metropolitana e si rende conto che Bishop ha preso il controllo del sistema informatico.

Bishop per continuare il suo lavoro ha bisogno di denaro e lo ottiene da Rod Senior, ma in cambio deve dare un lavoro al figlio, Rod Junior. Il progetto di Bishop è di costruire dei robot in grado di dare la caccia ed eliminare i mutanti.

Bishop ha creato i Mechazoid per distruggere ogni mutante presente sulla Terra, ma non poteva prevedere che si sarebbero scagliati anche contro gli umani. Per combatterli, Bishop è obbligata ad allearsi con le Tartarughe.

Le Tartarughe e i Mutanimali vengono sorpresi dalla tempesta del secolo! E quando un nuovo gruppo di mutanti marini minaccia la città... Raff sarà costretto a usare i suoi metodi per salvare la situazione.

Miki e Gengis Frog escono durante la tempesta per andare a prendere le provviste in un piccolo supermercato, dove incontrano l'anguilla elettrica Lee. Miki deve prendere l'iniziativa e diventare un leader.

Quando il rifugio delle Tartarughe si allaga, April va a salvare Splinter, che però non ha nessuna intenzione di lasciare le fogne. Il pesce rosso mutante di nome Goldfin porta un avvertimento: meglio stare alla larga da lui o saranno guai!

Donnie e Wingnut vanno nel rifugio per ripristinare l'energia elettrica, ma vengono intercettati dai Tre di East River! L'acqua si sta alzando e non sono soli... c'è un mostro laggiù con loro!

Il cavalluccio marino mutante di nome Mustang Sally sta per allagare la città... e gli unici ostacoli sulla sua strada sono Leo e il piccione Pete. Essere il leader non è poi tutta 'sta gran cosa!

I Tre di East River stanno per aggiudicarsi la vittoria! Le Tartarughe e i Mutanimali devono allearsi per fermarli, ma non tutto è come sembra. Che cos'è la perla e perché Goldfin la vuole?