La tregua è finita per i ninja: il figlio di Lord Garmadon vuole ripartire da dove suo padre si è fermato. Informati che Lloyd ha occupato il villaggio dove si trova Nya, i ninja corrono in suo aiuto e trovano l'intera popolazione ipnotizzata dai serpenti.

I ninja sospendono l'allenamento per tirare fuori dai guai Zane, ma quando tornano al dojo, scoprono che è stato bruciato dai serpenti. I ninja rimangono senza casa dopo una potente mossa di Skales. L'amico falco li conduce alla nave naufragata, il Destiny's Bounty.

Esiliato dagli Hypnobrai, Lloyd libera la tribù dei Fangpyre perché lo aiutino a riprendere il controllo e a vendicarsi. I Fangpyre attaccano, forti del loro morso velenoso, e i ninja si precipitano al deposito di rottami dove vivono i genitori di Jay per salvarli.

I Fangpyre si uniscono agli Hypnobrai e Lloyd libera Pythor, l'ultimo serpente rimasto della tribù degli Anacondrai. Pythor ruba la mappa di Lloyd con l'indicazione del luogo in cui vivono le ultime due tribù, e Sensei Wu cerca di salvarlo da un imminente destino.

Pythor sveglia i Venomari e i Constrictai nella speranza di riunirli sotto il suo comando, scatenando una guerra di serpenti. I ninja rischiano la cattura mentre cercano di sventare il piano di Pythor e lo scherzo di Lloyd produce risultati inattesi. Il rischio di una sconfitta è concreto.

Pythor si autoproclama leader destinato a risvegliare il Great Devourer, antica bestia imperitura che divorerà l'intera Ninjago. Catturati dalle tribù dei serpenti, Lloyd e i ninja vengono liberati da un misterioso guerriero, mentre Kai scopre qualcosa di sconcertante sul conto di Nya.

Seguendo un misterioso falco, quattro ninja si ritrovano in un laboratorio nascosto che potrebbe svelare grandi cose per Zane. Zane scopre la verità sul suo passato e ciò l'aiuta a prendere coscienza del fatto di essere il primo ninja a liberare il suo vero potenziale.

L'arrivo delle Serpentine interrompe il primo appuntamento di Jay e Nya al Mega-Monster Luna Park, dove il ninja diventa un serpente dopo essersi punto con una zanna. Pythor e le Serpentine cercano di impadronirsi della prima Lama di Zanna, mentre Jay mette alla prova il suo potenziale, strappando Nya a morte sicura.

Travestiti da ballerini, i quattro ninja s'iscrivono a un concorso, che ha per trofeo una delle Lame di Zanna. Durante il concorso, Cole incontra il padre, leader di un noto quartetto di danza, e si mette alla prova, affrontando una rischiosa minaccia di Pythor.

Nonostante i sospetti, i ninja collaborano con Lord Garmadon per salvare dalle grinfie dei serpenti il figlio scomparso in un tempio su un vulcano. Kai salva Loyd e rivela la sua vera natura: è costretto a riconoscere che non sarà mai il ninja verde, con tutto quello che ciò comporta.

I ninja e Sensei Wu s'introducono nel santuario delle Serpentine, ma finiscono in una trappola. Soltanto una persona può salvarli ed è la più improbabile... Garmadon e l'esercito degli scheletri affrontano Pythor e le Serpentine, consentendo ai ninja di riprendere le Lame di Zanna, ma il pericolo è ancora in agguato.

Al Monte della Fiaccola, Pythor s'impossessa delle Lame di Zanna, lasciando i ninja sospesi nel vuoto. Soccorsi in extremis, i quattro iniziano una corsa contro il tempo. Tornato nella città perduta, Pythor ottiene il successo desiderato, ma si scontra con Sensei Wu, che lo costringe a rendersi conto della forza che ha liberato.

I ninja mettono a dura prova la loro forza, lottando contro l'ingordo Great Devourer per salvare Ninjago. Il destino di Ninjago è in bilico e tocca a Lord Garmadon usare le quattro armi d'oro e sconfiggere il Great Devourer.