Tom Jackman è afflitto da una strana trasformazione di se stesso che lo vede comportarsi in modo animalesco. Per risolvere la situazione ingaggia un'assistente che provveda alle sue necessità e del suo alter ego. Intanto la sua ex Claire ha messo sotto contratto un detective, Miranda Calender, per scoprire perchè l'ha lasciata, venendo a conoscenza che Tom discende dal celebre Henry Jekyll.

Durante una visita allo zoo, il team capeggiato da Benjamin intento a studiare in segreto le mutazioni di Tom da quarant'anni, prova a generare una sua trasformazione, gettando Eddie, figlio di Tom nella tana del leone. Benjamin cerca anche la collaborazione di Hyde che rifiuta. Nel frattempo Tom scopre che una donna lo aveva lasciato quarant'anni prima in una stazione ferroviaria con una lettera e una foto che confermano la sua discendenza diretta con il Dottor Henry Jekyll.

Tom scopre che l'organizzazione che lo studia appartiene ai Klein & Utterson e decide di confrontarsi con Peter che lo droga temendo un attacco del suo alter-ego. Il coinvolgimento di Claire intanto si fa sempre più profondo, tanto da assistere a una trasformazione di suo marito in Hyde.

Tom viene rinchiuso dall'organizzazione in una scatola misteriosa, in compagnia di sua moglie che è riuscita a scoprire i segreti e le motivazioni da Peter. Un salto nel passato rivela il primo incontro tra tom e Claire, la nascita del loro primo figlio e la prima manifestazione di Hyde.

Nella casa del Dottor Henry Jekyll, nel 1886, si scopre che Jekyll morì perchè non poteva più controllare i mutamenti ma gli ultmi segreti si persero con un manoscritto andato bruciato. Nel presente Tom sembra essere morto, sovrastato fa Hyde dopo la permanenza nella scatola. Dalle memorie recondite di Hyde si scopre che Jekyll contrariamente alle credenze non usò mai una pozione per i suoi mutamenti.

Claire si sveglia dal sonno artificiale e si mette alla ricerca della figlia, che le era stata coercitivamente sotratta. Sophia però le rivela una verità sconcertante sul suo ruolo nell'esperimento sulla personalità di Tom. Nel frattempo al rinomato mercenario Carver viene offerta una cifra illimitata per la cattura di Hyde.