Quando la tredicenne Binny si trasferisce con i genitori in una vecchia villa a Berlin-Pankow, fa una scoperta improvvisa: si ritrova a dover condividere la propria stanza con il fantasma di un ragazzo di quattordici anni. Per sbarazzarsi di Melchior, il suo indesiderato compagno di stanza, c'è una sola soluzione: aiutarlo a far luce su piccoli crimini e altre ingiustizie. Solo così lui potrà finalmente liberarsi dalla sua condizione di fantasma, e lei da lui. È così che questa bizzarra convivenza forzata trasforma i due in un brillante duo di detective che si ritrova a risolvere un caso dopo l'altro, finendo per divertirsi molto più di quanto nessuno dei due sia disposto ad ammettere.

Il primo giorno di scuola di Binny è alle porte e Melchior, da vero rompiscatole, non rende di certo le cose più facili. Il ragazzo fantasma decide infatti di seguirla fin tra i banchi. Nonostante la sua ingombrante presenza, Binny cerca di concentrarsi sulla lezione di chimica, ma accade l'imprevisto: innesca per sbaglio una deflagrazione e l'intero edificio scolastico deve essere evacuato. Proprio durante la confusione dell'evacuazione, dalla biblioteca viene rubata la cassa delle donazioni. Binny e Melchior devono scoprire il prima possibile chi sia il ladro!

Per scoprire qualcosa di più sul passato di Melchior, i due si mettono sulle tracce di un suo parente ancora in vita: il cugino di secondo grado Albert, che vive in una residenza per anziani. Una volta arrivata sul posto, Binny si rende conto che Melchior non è l'unico fantasma nei paraggi. Insieme, i due scoprono nuovi dettagli sul misterioso potere dell'orologio da taschino di Melchior. Come se non bastasse, c'è di mezzo anche una strana medium che, a quanto pare, non promette nulla di buono.

Binny e Melchior trovano in soffitta un cofanetto per orologi con una chiave nascosta sul fondo: che sia proprio questa la chiave per svelare i segreti sul passato di Melchior? Poco dopo s'imbattono in Oskar, il fantasma di un bambino alla ricerca del suo cane Caspar. Il cucciolo sembra essere svanito nel nulla e Binny e Melchior non ci mettono molto a scoprire che non è l'unico cane scomparso nei paraggi.

Binny va ad assistere alla partita della squadra di calcio della scuola insieme alla sua amica Luca, tra le cui fila gioca anche Jonas, il cugino di quest'ultima. Ad un certo punto, però, Binny stenta a credere ai propri occhi: vede un altro calciatore "scivolare" letteralmente all'interno di Jonas. Può trattarsi solo di un fantasma, visto che Luca non si è accorta di nulla. Subito dopo la partita, il fantasma in maglietta da gioco esce da Jonas e scompare nel nulla. Binny e Melchior decidono di vederci chiaro e si mettono sulle tracce dello strano spirito.

Mark, un compagno di scuola di Binny, ha un motorino nuovo e finisce subito per fare un piccolo incidente. A lui non succede nulla, ma il motorino sembra rimasto parecchio danneggiato e l'auto contro cui si è scontrato sfoggia una bella ammaccatura. Come se non bastasse, si scopre che il motorino di Mark è completamente da rottamare e che la riparazione dell'altra macchina costerà molto più del previsto. La cosa insospettisce Binny, che decide di andare all'officina insieme a Melchior: è lì che i due fanno un'interessante scoperta.

La classe di Binny è in gita al museo, dove tra l'altro Wanda, la mamma di Binny, affronta il suo primo giorno di lavoro come restauratrice. All'improvviso scatta l'allarme di sicurezza: i preziosi gioielli dello zar sono svaniti nel nulla insieme a tre dipinti, e purtroppo Wanda è stata l'ultima persona a essere vista in quella sala. Il direttore del museo la sospende immediatamente dal lavoro in attesa che il caso venga risolto. Binny e Melchior si mettono subito a indagare e fanno una serie di entusiasmanti scoperte, mentre il losco Hubertus resta sempre alle loro costole.

Binny e Melchior si trovano all'ippodromo, dove sperano di scovare un indizio nascosto dai genitori del ragazzo. Purtroppo, negli ultimi cent'anni l'area è cambiata parecchio e Melchior si sente un po' disorientato nella ricerca. Binny decide così di farsi ingaggiare come stalliera. Di lì a poco fa la conoscenza del simpatico Niklas, che lavora anche lui nella scuderia, e tutto sembra andare a gonfie vele.

Quando Binny arriva a scuola, trova tutti gli studenti con gli occhi incollati allo smartphone intenti a guardare un video apparentemente divertente. Un misterioso "Big X" ha inviato una clip in cui Matze, un loro compagno, fa una figura piuttosto indegna. Poco dopo, anche Luca riceve da Big X una foto imbarazzante che la riguarda: lo sconosciuto pretende dei soldi per non diffonderla a tutta la scuola. Insieme a Melchior, Binny decide di prendersi in carico il caso per scoprire chi si nasconda dietro queste perfide estorsioni.

Binny e Melchior sono diretti all'ex residenza estiva della famiglia von und zu Panke, dove il ragazzo spera di trovare il prossimo indizio lasciato dai genitori per risalire all'orologio nascosto. All'improvviso Binny fa una scoperta da brividi: proprio dietro la meridiana si trova una fossa piena di vecchi fusti industriali e liquido torbido. Si tratta di un vero e proprio disastro ambientale. Persino l'ispettrice dell'ufficio per l'ambiente non sa che pesci pigliare: l'unico modo per agire sarebbe cogliere gli inquinatori sul fatto. Riusciranno Binny e Melchior a fermare i responsabili?

Binny e Melchior vogliono intrufolarsi nel "Castello delle Rose", dove sperano di scovare l'indizio successivo lasciato dai genitori del ragazzo. Nel frattempo, Luca è occupata a organizzare l'annuale ballo della scuola. All'improvviso, però, nella palestra scatta l'impianto antincendio e Binny si mette subito alla ricerca del responsabile. Alla fine i due riescono a trovare l'ultimo indizio e sperano di recuperare l'orologio proprio la sera del ballo, ma purtroppo non sono i soli a volerlo.

Luca, che ha avvistato Binny, Hubertus e Bodo nel giardino del Castello delle Rose, vuole sapere a tutti i costi cosa sia successo davvero durante il ballo della scuola. Binny e Melchior si trovano così davanti a un bivio: rivelarle o meno il loro grande segreto? Poco dopo, i due s'imbattono nelle tracce di un furto di gioielli rimasto irrisolto e decidono di riaprire il caso... senza sapere che anche Hubertus e Bodo hanno un piano in serbo.

È il compleanno di Binny. Mentre i suoi genitori le stanno preparando una sorpresa, lei dovrebbe andare al cinema con Luca, che le invia l'indirizzo via messaggio. La via indicata, però, si trova proprio di fronte al cimitero... ma di Luca non c'è nessuna traccia. All'improvviso Binny riceve una videochiamata da Hubertus, che la mette di fronte a un ricatto: libererà Luca soltanto se lei e Melchior gli consegneranno i due orologi. Preoccupati per la sorte dell'amica, Binny e Melchior cedono al ricatto e consegnano le refurtive. A quel punto Melchior scompare dalla vista di Binny, ma non ha alcuna intenzione di arrendersi: deciso a riprendersi gli orologi, si lancia in un'impresa che lo esporrà al più grave dei pericoli.