Dietro suggerimento della saggia nonna Yan Lin, l'adolescente nipote Hay Lin invita a casa le care, giovani amiche Irma Lair, Taranee Cook, Cornelia Hale e la nuova arrivata Will Vandom. L'anziana signora rivela alle ragazze che loro sono le Guardiane della Muraglia che protegge la Terra da Meridian, e che devono difenderne l'equilibrio con il potere del Cuore di Kandrakar, che viene affidato a Will, e dei quattro elementi della natura: Acqua, Fuoco, Terra e Aria. Mentre si allenano con la magia, un Portale nella Muraglia si apre facendo arrivare sulla Terra un ragazzo affascinante, alla cui cattura da parte di un feroce mostro-serpente le giovani assistono impotenti. Raccontatolo a Yan Lin, la donna spiega che il ragazzo è Caleb, capo della resistenza di Meridian, mentre il feroce mostro è Lord Cedric, braccio destro del malvagio tiranno Phobos.

Caleb viene imprigionato, ammanettato, nella prigione di Meridian, insieme a un contrabbandiere combinaguai di nome Blunk. Vathek, un ribelle che si finge dalla parte di Phobos, riesce a far ottenere a Caleb la chiave delle sue manette. Intanto, Cedric rapisce Will poiché il principe vuole sapere dove si trova il Cuore di Kandrakar. La ragazza non l'ha con sé e viene perciò rinchiusa insieme a Caleb e Blunk: le Guardiane giungono a salvarla, liberandoli tutti e tre e portandoli sulla Terra.

Vathek è nei guai perché la chiave data a Caleb non si trova e Cedric sospetta che lui li tradisca. Caleb scopre che l'oggetto è stato rubato da Blunk e, con l'aiuto delle Guardiane, lo riporta su Meridian, facendo inoltre cadere la colpa della sua sparizione su un ufficiale dell'esercito del principe.

Cornelia, Taranee e Hay Lin organizzano, a casa di Irma, una festa di compleanno a sorpresa per Will. Le ragazze sono però obbligate a lasciare la festa quando scoprono che è stato avvistato un mostro nel municipio: si tratta di Cedric, che Phobos ha inviato all'anagrafe per scoprire dove sia finita sua sorella. All'arrivo delle Guardiane, però, Cedric è già scomparso.

Allo Sheffield Institute arriva un nuovo professore, Philip Collins, che anticipa la "giornata dedicata al servizio del prossimo": Irma e Taranee vanno a sigillare buste al municipio, Cornelia a intrattenere i bambini dell'asilo, Hay Lin e Will a cancellare i graffiti della stazione abbandonata. Qui, le due ragazze trovano una scritta nella lingua di Meridian e vanno perciò oltre la Muraglia per sapere che cosa significa. Grazie all'aiuto dell'Antica Maga che sostiene i ribelli, scoprono che è un messaggio di Phobos a un suo adepto inviato a Heatherfield: sospettando che si tratti di Collins, lo attaccano con i loro poteri, scoprendo però che lui non c'entra. Infatti, a essere stato mandato sulla Terra, con il compito di avvicinare la sorella di Phobos, è Cedric, che si finge un libraio.

Irma, Taranee, Cornelia e Hay Lin, insieme all'amica Elyon, si recano alla nuova libreria di Heatherfield. Qui, le quattro Guardiane toccano un libro recante una scritta nella lingua di Meridian e si ritrovano in un labirinto, che le conduce nelle cucine del castello di Phobos, dove vengono soccorse dalla cuoca, che le porta al sicuro da alcuni amici contadini. Will e Caleb, avvisati da Blunk, che ha assistito alla sparizione delle ragazze, vanno in libreria e toccano anche loro il libro, venendo catapultati nel labirinto e poi nel castello: qui, i due incontrano per caso Phobos, che manda loro contro il Segugio. Riunitesi a Will, le Guardiane affrontano e sconfiggono il Segugio, riuscendo inoltre a scoprire che il principe sta cercando la propria sorella.

Una nuova studentessa elvetica, Sondra, arriva allo Sheffield Institute, attirando su di sé le attenzioni di tutti i ragazzi, compreso Matt. Will, ingelosita, sfida Sondra in una gara di sci durante la gita scolastica in montagna, per ottenere il diritto di sedersi di fianco a Matt sull'autobus del ritorno. Non sapendo, però, sciare, la Guardiana viene aiutata da Hay Lin e dai suoi poteri dell'Aria per restare in piedi. Intanto, Cedric, che le ha seguite, provoca una valanga che sommerge Irma, Taranee, Cornelia, Caleb e Yan Lin. Riuscite a liberarsi con l'aiuto di Blunk, le W.I.T.C.H. si battono contro Cedric, ma il mostro riesce a fuggire.

Mentre le Guardiane organizzano una recita scolastica in cui mettono in scena la leggenda dei Quattro Draghi, che racconta l'origine dei loro poteri, Phobos sospetta che ci sia un traditore tra le sue file, che rivela informazioni delicate ai ribelli. Per scoprirlo, inventa che il Sigillo di Phobos è stato ritrovato: la notizia giunge a Caleb, che torna su Meridian per recuperarlo prima del principe. Il ragazzo cade, però, in una trappola di Cedric. Le W.I.T.C.H. abbandonano la recita per salvarlo, lasciando al loro posto le Gocce Astrali, copie perfette di loro stesse, che tuttavia rovinano lo spettacolo, non conoscendo la parte.

Phobos invia sulla Terra il Segugio per trovare il capo dei ribelli, Caleb: il ragazzo e Blunk cominciano così a scappare per le vie della città, aiutati dalle Guardiane, che sono costrette a rinunciare alla loro serata al cinema per scacciare il Segugio.

Will organizza una festa di carnevale scolastica in stile medievale e, per prendere ispirazione, va a osservare un quadro al museo insieme a Cornelia, Taranee e Hay Lin. Le quattro ragazze, però, vengono assorbite dentro al dipinto, dove incontrano il suo autore, Elias Van Dahl, originario di Meridian: l'uomo racconta che fu Phobos a farlo imprigionare nella sua opera. Intanto il principe, che possiede una copia del quadro nel suo palazzo, nota la presenza delle Guardiane in esso e manda Cedric, Frost e un manipolo di guardie contro di loro per prendere il Cuore di Kandrakar. I poteri delle W.I.T.C.H. non funzionano, così sono costrette a dipingere oggetti che le aiutino nella fuga. A Heatherfield, Irma e Caleb, accortisi che le amiche sono nei guai, entrano anch'essi nel quadro. Le Guardiane riescono a scappare e a liberare Elias dalla tela.

Nelle miniere di Meridian viene ritrovata la Stella di Threbe, un gioiello magico che ha il potere di attirare a sé l'erede al trono per riportarla a casa: Phobos scopre così che sua sorella è Elyon, la migliore amica di Cornelia. La ragazza, attratta dalla forza magica dell'oggetto, va nella libreria di Cedric e la ruba. A causa della Stella, intanto, le W.I.T.C.H. si ritrovano improvvisamente senza poteri. Solo quando Elyon si toglie la Stella dal collo e la restituisce a Cedric, le Guardiane riottengono i loro poteri e possono combattere contro una pianta carnivora di Meridian che Phobos ha inviato contro di loro.

Cedric scopre che Vathek è un traditore e cerca di impedirgli di andare sulla Terra e rivelare alle Guardiane il nome della principessa. Vathek, però, riesce a sfuggirgli e a parlare con le W.I.T.C.H.: Cornelia è sconvolta dalla notizia e vorrebbe dire tutto a Elyon per metterla in guardia, ma le altre sono contrarie e sostengono che l'amica non ci crederebbe. Poi, sospettando che il nuovo ragazzo di Elyon, Brian, sia un mostro di Meridian in incognito, seguono la coppia al lunapark: Brian, infastidito dal comportamento degli amici di Elyon, la lascia, così la giovane va a confidarsi con Cedric, che nel frattempo è riuscito a guadagnarsi la sua fiducia.

Phobos vuole realizzare al più presto la cerimonia di fusione che gli permetterà di impossessarsi dei poteri della sorella: per fare ciò, gli servono tre oggetti appartenenti a Elyon che ne simboleggino la mente, il corpo e lo spirito. Cedric riesce a procurarseli tutti, rispettivamente sotto forma di un compito scolastico, un capello e un palloncino contenente il respiro della principessa. Intanto, a Blunk viene affidato il compito di sorvegliare Elyon, mentre le Guardiane combattono contro un'Ermeneuta Belva che ha attraversato la Muraglia, mettendo a soqquadro la scuola.

Allo Sheffield Institute viene organizzata una serata con i genitori, in cui ogni studente mostra agli altri il proprio albero genealogico: Elyon si sente molto frustrata perché il suo è quasi completamente vuoto e non conosce niente della sua famiglia. Cedric approfitta del suo stato d'animo per rivelarle che lei non proviene dalla Terra, ma è la principessa di Meridian: la giovane, che si fida di lui ciecamente, gli crede. Le Guardiane provano a impedire a Elyon di partire con Cedric, ma l'amica non le ascolta perché le hanno mentito non raccontandole la verità sulle sue origini.

Elyon vive felice su Meridian, che Phobos ha modificato con i propri poteri per farle credere che sia un mondo bello e in pace; inoltre le mostra delle false visioni che ritraggono le sue amiche che si divertono senza di lei. Cornelia abbandona le W.I.T.C.H., incolpando Will della decisione di Elyon, perché non ha voluto raccontarle tutta la verità come lei suggeriva. Phobos, intanto, utilizzando le ciocche di capelli delle Guardiane contenute nel "medaglione dell'amicizia" di Elyon, invia contro le W.I.T.C.H. dei mostri vermiformi, i Mudslugs, che cercano di mangiarle. A causa dell'assenza di Cornelia, le Guardiane sono più deboli, ma riescono a convincere la ragazza a tornare da loro e, fatta la pace, rimandano i Mudslugs su Meridian.

Le Guardiane cercano di avvicinare Elyon per parlare con lei, ma la ragazza crea dei propri fantasmi per confonderle e allontanarle dal castello. Scoprendo che Elyon vorrebbe riavere l'album da disegno che ha lasciato sulla Terra, le W.I.T.C.H. decidono di recuperarlo da casa sua per utilizzarlo come esca, ma i Lurden mandati da Phobos arrivano prima di loro e le Guardiane riescono a ottenere solo la metà inferiore di un ritratto di Cornelia. Decise però ad avere l'album, vanno su Meridian e si introducono nella camera di Elyon, ma vengono sorprese dalle guardie e costrette ad andarsene, abbandonando anche la metà del disegno in loro possesso.

Per convincere definitivamente Elyon che le Guardiane sono loro nemiche, Phobos ordina ai Mogriff, mostri in grado di mutare forma, di assumere le sembianze delle W.I.T.C.H. e scatenare il panico. Cornelia è ancora convinta che Elyon sia la stessa di prima e decide di andare su Meridian per parlare con lei: per farlo, ruba il Cuore di Kandakar, che utilizza per creare una Goccia Astrale e individuare un Portale. La ragazza riesce a infiltrarsi nel castello e a raggiungere Elyon, che però la imprigiona. Nel frattempo, Caleb scopre che sulla Terra è rimasta una falsa Cornelia e con le Guardiane va su Meridian per aiutarla: liberatala e riottenuto il Cuore di Kandrakar, le W.I.T.C.H. neutralizzano i Mogriff e riescono anche a entrare in possesso, per un caso fortuito, del Libro dei Segreti, il diario di Phobos.

Grazie al Corno di Hypnos, Lord Cedric trasforma tutti i ribelli in "camminatori in trance" devoti ai suoi ordini. Mentre Caleb cerca di capire come invertire il processo chiedendo aiuto all'Antica Maga, il Corno, rubato da Blunk, finisce nelle mani della banda dello Sheffield Institute e poi di Cedric, così in poco tempo tutti gli abitanti di Heatherfield, compresa Hay Lin,vengono ipnotizzati e ricevono l'ordine di distruggere le Guardiane. Grazie a una melodia fattagli ascoltare dall'Antica Maga, Caleb riporta la situazione alla normalità, distruggendo il Corno.

Caleb scopre che suo padre è ancora vivo, ma imprigionato nella miniera subacquea, dove è costretto ai lavori forzati. Insieme alle Guardiane, va a liberarlo.

Le W.I.T.C.H. scoprono che la professoressa Rudolph, insegnante di matematica, è la balia di Meridian che salvò Elyon: la donna racconta loro del Sigillo di Phobos, che perse nel portare al sicuro la bambina. Blunk trova, nelle fogne di Meridian, un ciondolo d'oro e se ne impossessa, senza sapere che è proprio il Sigillo, con cui apre involontariamente molti Portali. Il Cuore di Kandrakar assorbe il Sigillo, diventando capace di aprire i Portali e trasformandosi in chiave per il Libro dei Segreti. Le Guardiane scoprono così che, cinque giorni dopo, durante l'incoronazione, Phobos assorbirà i poteri di Elyon trasformandola in una rosa nera.

Le Guardiane decidono di salvare i genitori terrestri di Elyon, rinchiusi nel carcere impenetrabile di Cavigor. Per farlo, però, devono scontrarsi con Cedric, venuto anch'egli a prelevare i signori Portrait perché Elyon ha espresso il desiderio di rivederli.

Durante un'incursione dei ribelli nel granaio di Meridian, Aldarn viene catturato e ipnotizzato da Elyon, che lo convince a firmare un trattato di pace. Caleb, però, non è d'accordo, così l'amico lo sfida per portargli via il comando, riuscendo alla fine a tornare in sé. Le Guardiane, intanto, scoprono che il trattato è solo una trappola: Phobos ha comunicato ai ribelli un luogo e a Elyon un altro, in modo che i primi vengano mangiati dai Larvek e la seconda, non vedendoli arrivare, creda che non vogliano la pace.

Mentre Hay Lin continua a sognare che Elyon, dopo l'incoronazione, si indebolirà, Cedric priva gli abitanti di Meridian dell'acqua per costringerli a rivelare il nascondiglio dei ribelli. Le Guardiane, pertanto, decidono di portare l'acqua di un lago alla gente, ma prima devono sconfiggere il Kaithim che vive nel bacino. Seguendo uno dei ribelli, Cedric scopre l'ubicazione della Città Infinita e la assedia con tutto l'esercito: approfittando della penuria di soldati al castello, i ribelli lo attaccano ma, durante una dura battaglia, vengono fermati da Elyon, che li imprigiona nel carcere con i propri poteri.

Caleb, Blunk e le Guardiane cercano di salvare i ribelli, ma la missione viene interrotta a causa del morso di uno scorpione che addormenta Taranee per un giorno intero. Le W.I.T.C.H., inoltre, soccorrono un soldato di Phobos ferito, lo curano e lo nutrono, portandolo dalla loro parte. Tornati su Meridian, riescono a liberare i ribelli e li portano a Heatherfield. Prima che il Portale si chiuda, anche Jeek, un passling al servizio di Phobos, li segue.

Jeek ruba il Cuore di Kandrakar a Will, ma la ragazza lo scambia per Blunk. Senza poteri, le W.I.T.C.H. e Caleb vanno a Meridian per fermare la creatura, che vuole consegnare il Cuore a Phobos. Anche Blunk, che vuole scagionarsi, e Matt, che ha visto le ragazze entrare nel Portale, li seguono. Recuperato il cristallo, Will racconta il suo segreto a Matt.

Phobos anticipa l'incoronazione di Elyon. Cornelia, avendo il presentimento che qualcosa di brutto stia capitando all'amica, convince le amiche e Caleb ad anticipare l'attacco dei ribelli. Arrivati al castello e ingaggiata la battaglia, Cornelia salva Elyon e questa, avendo compreso la malvagità del fratello, aiuta le W.I.T.C.H. a sconfiggere Phobos, che viene imprigionato. Elyon viene incoronata regina e Meridian torna allo splendore di un tempo grazie all'energia magica ritrovata.