La casata Atreides si trasferisce dal pianeta Caladan per prendere possesso del pianeta Arrakis, ma in tal modo cade in una trappola ordita dall'imperatore stesso e dagli Harkonnen, i nemici giurati degli Atreides.

Nella seconda parte vediamo il protagonista Paul Atreides nei panni di Muad'dib, accolto assieme alla madre Lady Jessica dal misterioso e affascinante popolo dei Fremen, comandati da Stilgar, un forte e saggio guerriero che addestrerà il protagonista alla difficile e spietata vita del deserto. Nelle profonde caverne scopriamo assieme a Paul i segreti dei Fremen e del loro sogno planetario.

La terza parte è incentrata sulla bellicosa riconquista di Dune-Arrakis attraverso il jihād comandata da Paul Muad'dib, il quale, grazie alla pericolosa Spezia, ha nel frattempo sviluppato i suoi poteri latenti, diventando il Kwisatz Haderach, l'essere supremo, vertice di un programma genetico segreto della Sorellanza delle Bene Gesserit.