La Voyager viene inviata nella regione delle Badlands per indagare su una nave Maquis. Durante la ricerca, la Voyager e la nave Maquis vengono scagliati a 70.000 anni luce dalle Badlands nel quadrante Delta. Ripresosi dai danni subiti, l'equipaggio della Voyager deve affrontare una misteriosa stazione spaziale che invia periodicamente impulsi di energia su un pianeta la cui superficie è abitata da alcuni Kazon.

Data stellare 48439.7. Chakotay sta cercando di convincere Janeway che B'Elanna Torres può essere un ottimo Capo Ingegnere sulla Voyager; per farlo, però, deve lottare non solo con lo scetticismo del capitano, ma anche con l'impetuoso carattere della Klingon-Umana. I problemi di riassetto del personale sulla nave vengono messi momentaneamente da parte quando la Voyager incontra una grave distorsione gravimetrica causata da una singolarità quantica di tipo quattro all'interno della quale sembra intrappolata una nave. I tentativi di contattarla cadono nel vuoto, ma quando la Voyager riceve una chiamata di soccorso inintelligibile proveniente dalla nave, Janeway decide di tentare il tutto per tutto per tirarla fuori dalla singolarità...

La Voyager viene sballottata da una fortissima onda d'urto proveniente da un pianeta di un vicino sistema stellare: sul pianeta sembra vi sia stata una enorme esplosione che apparentemente ha spazzato via tutta la vita, lasciando quasi intatte le vestigia di una civiltà piuttosto avanzata. Kes si sveglia di soprassalto e va in plancia in tempo per avere la conferma di ciò che ha 'visto': la morte di tutte quelle persone, bruciate in un battibaleno. Janeway si teletrasporta con una squadra di ricognizione e scopre che l'esplosione è stata causata da un guasto in un sistema di distribuzione di energia polarica, un tipo di energia pericolosissima e instabile che apparentemente era usata come energia comune sull'intero pianeta. Janeway e gli altri non hanno il tempo di riprendersi dallo shock che uno strano fenomeno porta Paris e Janeway indietro nel tempo, intrappolati da bolle di subspazio che circolano come iceberg sulla superficie del pianeta.

Neelix ha indicato a Janeway un planetoide vagabondo su cui si dice ci siano numerosi e ricchi giacimenti di dilitio, che potrebbero finalmente rimpiazzare le riserve ormai quasi a secco della Voyager. Dalle analisi preliminari del planetoide si rilevano diversi grossi giacimenti di dilitio e quindi Chakotay, Kim e Neelix scendono nelle caverne interne per esplorare accuratamente il luogo prima di cominciare l'estrazione. Durante l'esplorazione, però, Neelix viene aggredito e viene teletrasportato d'emergenza sulla nave, appena in tempo per salvargli la vita e scoprire che qualcuno gli ha asportato i polmoni. Il dottore olografico non può replicare gli organi perduti, ma può sostituirli temporaneamente con una simulazione olografica. Senza degli organi veri e propri, però, Neelix potrà sopravvivere solo in infermeria, immobilizzato su un lettino diagnostico per il resto della vita...

Janeway sta cercando un po' di caffè per la sua colazione all'interno della improvvisata cucina di Neelix, ma non ne trova e sta per accettare l'offerta del 'cuoco di bordo' quando arriva una chiamata dalla plancia: i sensori a lungo raggio hanno rilevato una strana nebulosa lungo la rotta. La nube interstellare ha livelli piuttosto alti di particelle omicron che potrebbero essere accumulate dalla Voyager come riserva d'energia. Janeway ordina quindi di avvicinarsi e di entrare nella nube. Una volta dentro, l'equipaggio si rende conto che la navigazione si presenta più complicata del previsto, ma apparentemente senza problemi gravi. Ad un certo punto però la Voyager si scontra con una barriera d'energia piuttosto forte: per penetrarla e andare a raccogliere le particelle omicron devono romperla. Ma una volta dall'altra parte la barriera si richiude, intrappolandoli all'interno di quella che non sembra più una nebulosa...

Buone notizie a bordo della Voyager: Harry Kim ha trovato un fenomeno che potrebbe essere un tunnel spaziale, e cioè una via veloce per arrivare dall'altra parte della galassia, per giungere forse a casa! Janeway ordina il cambiamento di rotta per l'intercettazione, ma quando la nave giunge sul posto l'equipaggio scopre con sconforto che il fenomeno è sì un tunnel spaziale, apparentemente stabile, ma di piccolissime dimensioni: pochi centimetri, sicuramente troppo piccolo per farci passare la Voyager. Ma ci sono altre opzioni, per esempio farci passare un messaggio che raggiunga l'atra parte. Per essere sicuri che il tunnel sbocchi nel quadrante giusto la Voyager lancia una microsonda che, nonostante alcune difficoltà, riesce a rilevare qualcuno dall'altra parte!

Tom Paris è nei guai: è stato condannato per omicidio sul pianeta su cui lui e Kim erano ospiti. La sentenza è definitiva: Paris dovrà rivivere il momento della morte della vittima attraverso gli occhi della vittima stessa ogni quattordici ore, per il resto della sua vita. Tutto è cominciato quando i due ufficiali erano giunti sul pianeta con una navetta (per non entrare con la Voyager in una zona considerata di guerra tra i due maggiori pianeti del sistema) per lavorare con un fisico ingegnere del pianeta, per riuscire a risolvere alcuni problemi tecnici ed energetici della nave. Appena arrivati i due ufficiali Federali avevano cominciato il lavoro, ma Tom Paris si era lasciato distrarre dalla presenza affascinante e un po' malinconica della moglie dell'ingegnere...

L'equipaggio della Voyager, nel suo lungo viaggio verso casa, ha appena fatto una scoperta eccezionale: un elemento transuranico stabile che si trova naturalmente all'interno di moltissimi degli asteroidi orbitanti negli anelli di un pianeta. Approfittando del fatto che molti asteroidi sono di classe M, B'Elanna, Kim e Chakotay scendono in una delle caverne per una prima esplorazione e scoprono quella che sembra una camera sepolcrale. Un centinaio di cadaveri umanoidi a differenti stadi di decomposizione sono sparsi dappertutto e sono ricoperti da una specie di massa gelatinosa che sembra un sottoprodotto della decomposizione: quella massa è l'elemento scoperto dalla Voyager. Mentre si trovano ancora nella caverna, si forma una distorsione subspaziale e Chakotay chiama la nave per il teletrasporto d'emergenza; ma solo lui e B'Elanna tornano a bordo: al posto di Kim si materializza... uno degli umanoidi!

Un vascello alieno, con cinque umanoidi a bordo, contatta la Voyager con uno strano invito: Sakares, il pianeta da cui provengono, è pronto a ricevere degli ospiti per una meritata licenza di sbarco. Janeway, seppur sorpresa dalla gentilezza dell'offerta, accetta e spedisce a gruppi l'equipaggio sul pianeta. Kim fa subito amicizia con una ragazza del luogo che, ansiosa di ascoltare le sue storie, lo porta, con una specie di teletrasporto, in un meraviglioso bosco al tramonto. Là Kim scopre non solo che gli abitanti di Sakares darebbero qualsiasi cosa per ascoltare delle storie nuove, ma che il teletrasporto ha istantaneamente portato lui e la ragazza a migliaia di anni luce: il bosco al tramonto si trova infatti su un altro pianeta, lontanissimo da Sakares...

Neelix ha portato Janeway e il suo equipaggio su un pianeta pieno di radici e piante commestibili per riempire i magazzini di cibo della nave, e ora Chakotay con diverse squadre di ricognizione si trova sulla superficie. La Voyager non è però l'unica nave in orbita: una nave Kazon sembra sia in visita allo stesso pianeta e si è resa invisibile con una specie di dispositivo di occultamento. Appena scoperta la cosa, Janeway richiama tutte le squadre, ma Chakotay è costretto a rimanere sul pianeta a cercare Seska, la guardiamarina Bajoriana. Mentre tutti si teletrasportano a bordo, Chakotay trova Seska, ma i Kazon trovano loro!

B'Elanna Torres ha preparato un paio di campi di contenimento per teletrasportare a bordo dei campioni di plasma di una vicina stella che potrebbero rivelarsi utili come riserva d'energia della nave. Il capitano Janeway, sapendo che il guardiamarina Kim potrebbe dare una mano alla Klingon, lo chiama, scoprendo che Harry non si trova più a bordo della Voyager! Non manca nessuna navetta e non ci sono stati teletrasporti... Harry Kim potrebbe trovarsi all'interno del ponte ologrammi, che per una strana interferenza non viene penetrato dai sensori e non può essere spento. Chakotay e Tuvok decidono di entrare nella simulazione per scoprire se Harry si trova proprio nel ponte ologrammi, forse nei panni di un eroe letterario del passato di nome Beowulf!

Chakotay e Tuvok vengono teletrasportati in infermeria in tutta fretta a causa delle loro pessime condizioni fisiche: Tuvok sembra avere avuto solo un colpo in testa, mentre dal cervello di Chakotay manca del tutto qualsiasi energia sinaptica, come se qualcuno o qualcosa gli avesse prosciugato la mente. Tuvok racconta che, di ritorno dalla loro missione, hanno incontrato una nebulosa oscura da cui è sbucata una nave sconosciuta che li ha attaccati con una scarica di energia mai riscontrata prima. Poco prima di perdere i sensi Tuvok è riuscito a inserire il pilota automatico, ma non sa dire altro. E purtroppo per salvare Chakotay bisognerebbe scoprire chi erano gli assalitori...

Data stellare 48784.2, la Voyager sta tornando sul terzo pianeta del sistema che sta esplorando per riprendere Torres, Paris e Dist, rimasti in superficie per studiare le componenti di magnesite lì presenti. Purtroppo, una volta in orbita, non vengono più rilevate le tracce energetiche dei tre, e la rete dei tunnel geologici presenti sembra del tutto diversa da quella rilevata in precedenza. Chakotay prende una squadra di ricognizione e va a cercare i tre ufficiali scomparsi. Nel frattempo, in un laboratorio sotterraneo del pianeta, una B'Elanna completamente Klingon viene sottoposta a degli esperimenti...

Una nave Alkoniana si sta avvicinando alla Voyager e il suo capitano vuole parlare con Neelix. Gli Alkoniani avevano conquistato e occupato il pianeta dei Talaxiani più di quindici anni prima, ma neppure Neelix ha idea di cosa possano volere adesso da lui. Con enorme sorpresa scopre che l'Alkoniano a bordo ha bisogno di Neelix per una questione di vita o di morte. La sua sorpresa si trasforma in profondo orrore quando scopre il nome dell'alieno: Mabo Jetrel, lo scienziato che concepì una delle armi più terribili usate dagli Alkoniani contro i Talaxiani durante la guerra.

Uno dei biocircuiti della Voyager è stato danneggiato e non si conosce ancora la causa del guasto. Purtroppo, non essendo possibile sintetizzarne di nuovi, una volta esauriti i pochi biocircuiti disponibili come ricambio, la Voyager non potrà sopravvivere. A questo problema se ne aggiunge un altro: gli ufficiali Maquis a bordo non rispettano le procedure della Flotta e questo rende difficile mantenere la disciplina e l'ordine. In accordo con Chakotay, quindi, Janeway decide di sottoporre i Maquis più turbolenti ad un addestramento uguale a quello che si riceve nella Flotta... E mentre B'Elanna Torres cercherà di salvare i biocircuiti, Tuvok tornerà ad essere istruttore di cadetti e dovrà vedersela con quattro indisciplinati Maquis!