Per diventare papa, il cardinale Rodrigo Borgia si destreggia abilmente tra regni in lotta e famiglie influenti. Raccoglie attorno a sé i figli illegittimi: Juan, Cesare e Lucrezia. Come Juan, anche Cesare vuole intraprendere la carriera militare, ma Rodrigo lo ha destinato a un incarico ecclesiastico. Cerca per Lucrezia un marito di famiglia influente.

Durante la festa di fidanzamento di Lucrezia, Juan e Cesare Borgia scoprono un complotto contro l'anziano papa Innocenzo e riconoscono come mente il figlio illegittimo Franceschetto.

Rodrigo manda Juan in Spagna e Cesare a Pisa a studiare. Lucrezia, gravemente malata di febbre, è assistita dalla madre Vannozza.

Quando Lucrezia ha superato la febbre, la sua decisione è presa: vuole farsi suora. Per assicurarsi la sua elezione, Rodrigo promette agli altri cardinali terre e uffici.

Dopo la sua elezione a Papa, Rodrigo torna con una scopa di ferro per ricoprire incarichi presso i suoi confidenti. Appena fidanzato, Juan torna a Roma, ma il re spagnolo si è rifiutato di dargli la benedizione per il suo matrimonio con Maria Enriques.

Tornato a Roma, Cesare avverte il padre di un complotto. Rodrigo stringe un'alleanza con le città-stato italiane e assicura la pace con Napoli fidanzando suo figlio Goffredo con la principessa ereditaria Sancia.

Gli Orsini si rivelano essere le menti dell'aggressione a Giulia. Rodrigo prende le armi. Juan va contro il consiglio dei suoi ufficiali e fallisce miseramente.

Rodrigo vuole avvelenare Giovanni Sforza, il marito impotente di Lucrezia, poichè lei si rifiuta di divorziare. Quando i Colonna conquistano Ostia e issano la bandiera francese, Rodrigo fa scomunicare il loro condottiero Marcantonio.

Lucrezia è divorziata dall'impotente Giovanni Sforza. Quando Rodrigo concede il passaggio sicuro ai francesi, Cesare viene rilasciato. Media tra il Papa e Carlo VIII. Dopo la sua sconfitta, Juan torna segretamente a Roma.

La forza francese è bloccata sulla strada per Napoli. Il principe ottomano Cem, che aveva iniziato il viaggio con Cesare, si ammala e muore nell'accampamento. Juan vuole vendicarsi di Lucrezia, ma lei lo prende in giro.

Lucrezia vuole farsi suora, ma il soldato Pedro, per conto di Rodrigo, la convince a non rinunciare alla vita mondana. Quando Juan confessa, Cesare si siede in confessionale e viene a conoscenza dei misfatti di Juan.

Ubriaco, Cesare tende un'imboscata a Juan e scoppia una discussione. Quando il giorno dopo viene ritrovato il corpo di Juan, Cesare teme di aver ucciso suo fratello. Rodrigo sprofonda nel dolore e rompe con Giulia.