Echika e Harold hanno appena finito di fare compere con Bigga, quando la polizia londinese arresta Harold col sospetto che sia l'artefice di varie aggressioni in città da parte di amicus identificati come del modello RF. Darya corre a visitarlo, ma cadendo essa stessa vittima delle aggressioni, involontariamente lo scagiona dalle accuse.

Mentre Echika discute con la dottoressa Lexi viene ritrovato il corpo di Marvin, facendo ricadere i sospetti su Harold. Poi, mentre Echika e Harold escono da un pub, lei viene rapita per estorcere informazioni da Harold in cambio del suo rilascio. Echika riesce però a liberarsi e a svelare l'identità del vero colpevole e le sue motivazioni attraverso un brain dive.

Echika viene svegliata dalla notizia della fuga di Furman, così parte al suo inseguimento assieme ad Harold in un'area dell'Inghilterra tagliata fuori dalla connessione globale. Faticano a rintracciarlo, solo per poi trovarsi vittime di un agguato da parte di Marvin e dello stesso Furman.

Echika raggiunge Furman al laboratorio dove ha estratto il codice sorgente di Harold e tiene prigioniera la dottoressa Lexi. I due svelano all'ispettrice i retroscena della creazione dei modelli RF e la verità sugli avvenimenti recenti. Echika decide però di allearsi con Lexi e fermare Furman al fine di salvare Harold dalla disattivazione forzata.

Mentre si prepara a effettuare un brain dive, Echika perde i sensi e le viene diagnosticato un calo nella capacità di processare informazioni, rendendole impossibile proseguire il proprio lavoro come cyberispettrice. È costretta così a separarsi da Harold e viene riassegnata all'unità di supporto che sta indagando sul misterioso attivista E.

Echika è a Oslo con Bigga alla ricerca dei seguaci di E, e li trovano in un bar dove però Bigga scorge il padre che si identifica come un apostolo di E. Dopo un inseguimento fino all'aeroporto, Danel viene arrestato ma perde conoscenza volontariamente. Le indagini su E proseguono a Lione, dove Echika si ricongiunge a Harold e Raissa, dove quest'ultima è stata aggredita da dei seguaci dell'hacker.

Dopo l'incendio a casa di Totoki, Echika viene aggredita da un seguace di E che le fa capire che il prossimo bersaglio potrebbe essere la sede del dipartimento. Va così a ispezionarlo con Harold, ma i due si trovano intrappolati dall'esplosione nella centrale elettrica. Questo fa capire loro chi possa essere E e quali macchinazioni si siano svolte nell'ombra.

Harold accompagna Raissa a visitare il fratello, dove le svela di aver scoperto cosa sia E e di sapere che è lei a postarne i messaggi online. Con l'arrivo di Echika scoppia lo scontro con Raissa che prende Harold ostaggio, ma viene fermata dal fratello in stato catatonico. Raissa decide così di arrendersi e svelare tutti i retroscena riguardanti E.

Uno sguardo al passato, quando Harold ha incontrato Sozon e Darya, ai casi indagati assieme e alla prematura scomparsa dell'investigatore davanti allo sguardo impotente di Harold.

Harold viene chiamato dalla polizia di San Pietroburgo dopo che sono state ricevute delle telefonate dal defunto ispettore Sozon, e mentre è là si riapre in maniera anomala il caso dell'Incubo di Pietroburgo. Poi, mentre proseguono le indagini sull'IA Tosti, Harold ha un'intuizione su come possa essere stato usato un clone digitale nel caso.

Mentre prosegue l'indagine sull'emulatore dell'Incubo di Pietroburgo, il vero colpevole si fa vivo uccidendo Abayev, che si rivela essere stato l'emulatore, e poi rapendo prima Nicolai e poi Echika.

Harold e Bigga scoprono che la persona che ha attirato Echika con la voce falsa è nient'altri che l'agente Szubin e corrono a salvare lei e Nicolai. Quando però Harold parte all'inseguimento di Szobin in fuga, Echika sale in auto con Napolov che la rapisce, svelando di essere lui il vero Incubo di Pietroburgo.

Echika spara ad Harold per fermarlo dell'uccidere Napolov, ma dopo una discussione accesa ed emotiva, i due scendono a termini e si allontanano dallo scantinato. Mentre viene arrestato Napolov tenta il suicidio, senza però riuscirci, finendo in coma. Echika e Harold sono così obbligati a effettuare un brain dive, con il quale scoprono che a uccidere Sozon è stato un altro imitatore dell'Incubo.