Avery Ryan, psicologa ed agente speciale di una sezione dell F.B.I specializzata in crimini informatici, si trova alle prese con un caso di sequestro nel quale, per rapire la vittima, un bambino di pochi mesi, è stata usata una baby camera.

In un parco divertimenti a Richmond, in Virginia, un convoglio dell'otto volante deraglia uccidendo sul colpo una ragazza di nome Sarah Miller e ferendo decine di persone: il rapporto dell'incidente rivela che qualcuno ha disattivato i controlli di sicurezza del computer che controlla la giostra. Poiché il computer è isolato in quanto privo di connessione internet la squadra conclude che il responsabile doveva necessariamente trovarsi sul posto al momento del fatto. Il sospettato principale è il fidanzato di Sarah Miller, Alex Davis, un tecnico informatico licenziato due mesi prima che risulta avere tentato di accedere alla sala controllo diverse volte dopo l'allontanamento; l'uomo, però, si rivela innocente perché il vero colpevole ha in realtà clonato il tesserino magnetico di Davis senza sapere che l'uomo non è più un dipendente della struttura.

La polizia di Boston si rivolge alla squadra dell'agente Avery Ryan per risolvere un omicidio di un cliente di servizio di taxi privato. Sulla scena del crimine trovano l'uomo strangolato e pieno di escoriazioni provocate da un taser e inoltre nella bocca trovano un dado con il numero 2. Il team scopre che l'assassino ha perso il figlio in un incidente, causato da un tassista privato della "Zogo", una società creatrice di un'applicazione per la ricerca di corse di taxi privati. Dopo un inseguimento per le strade di Boston riescono a bloccare l'assassino prima che compia il terzo omicidio.

Una notte gli elettrodomestici di una casa iniziano improvvisamente a funzionare autonomamente per alcuni minuti e poco dopo un rogo si sviluppa a partire dalla stampante. La squadra identifica nel software della macchina una vulnerabilità 0-day in grado di rendere ogni esemplare di quel modello una potenziale arma controllabile in remoto. Quella che sembra una colossale disattenzione nel codice maligno conduce direttamente al piromane che ha innescato l'incendio, ma poco dopo il suo arresto i roghi si susseguono. Mentre Brody nota qualcosa di familiare nel codice scritto dall'hacker Elijah non sa come affrontare la scelta della sua ex moglie, intenzionata a trasferirsi a San Diego con la loro bambina.

Una bomba esplode fuori da un cinema, provocando la morte di molte persone. L'attentatore ha fatto in modo che il procedere del conto alla rovescia venisse regolato dai dispositivi elettronici presenti sulla scena in una sorta di crowdsourcing, al fine di imputare una qualche responsabilità dell'atto alle ignare persone che stazionavano nella zona. Il criminale pubblica in rete un filmato degli eventi, avvertendo che la milionesima visualizzazione innescherà un'altra bomba nascosta in città. Mentre il resto della squadra tenta di rallentare il contatore e localizzare il terrorista Avery incontra in prigione l'autore del sofisticato firewall che protegge il video, un black hat che un tempo faceva parte della sua divisione.

In un albergo di New York, situato presso le Nazioni Unite, viene violato il wi-fi interno. Si teme che l'intrusione punti all'acquisizione di dati sensibili, perciò viene chiamata la squadra di Avery, la quale scopre un delitto nascosto da giorni.

La diciassettenne Zoey Tan sparisce senza lasciare traccia. La ragazza era vittima di cyberbullismo e il suo cellulare e il suo computer erano stati infettati da un programma che ha permesso a qualcuno di attuare un'azione di spoofing, ovvero di manipolare i suoi dispositivi. La stessa persona ha inoltre creato un sito dove la ragazza è bersaglio di insulti e minacce. La squadra rintraccia un ragazzo di nome Owen Campbell, con cui Zoey aveva una relazione virtuale da qualche mese e che sembrerebbe averla incoraggiata a scappare di casa, ma si scopre che anche Owen è stato vittima di spoofing: il vero colpevole, infatti, si è spacciato per lui per adescare Zoey. Raven identifica alcuni ragazzi particolarmente attivi sul sito che prende di mira Zoey e poco dopo la stessa Zoey pubblica in rete un video in cui annuncia che troverà e ucciderà il misterioso cyberbullo.

La squadra è chiamata a indagare sull'omicidio di una ragazza le cui pagine sui social media continuano a essere aggiornate nonostante la morte risalga a oltre un mese prima. La vittima si chiamava Elizabeth Marks ed era stata rapita due anni prima, ma la sua scomparsa non è mai stata denunciata a causa del depistaggio operato dal rapitore, che, continuando ad aggiornare la pagina di Elizabeth, ha fatto credere alla famiglia che la ragazza fosse ancora viva. L'autopsia rivela che Elizabeth è stata tenuta segregata per circa un anno e Avery ipotizza che il sequestratore si sia infine stancato di lei e l'abbia uccisa per potere passare alla vittima successiva. Esaminando i casi di sparizione risalenti allo stesso periodo del rapimento di Elizabeth la squadra risale a Missy Bowers, una ragazza sulle cui pagine sono postati aggiornamenti fasulli molto simili a quelli di Elizabeth.

Alcuni aerei, tutti decollati da Miami, vengono colpiti da un attacco che blocca il Wi-Fi di bordo. La squadra individua i dispositivi da cui è partita la violazione e i relativi proprietari, ma tutti si dichiarano ignari dell'accaduto. Subito dopo qualcuno ruba i dati dei passeggeri in attesa all'aeroporto e la squadra capisce che l'attacco al Wi-Fi è stato in realtà un diversivo per coprire il furto. Krumitz, esaminando il codice utilizzato dal responsabile, scopre che si tratta di L0m1s, un leggendario e inafferrabile hacker la cui identità è completamente sconosciuta.

Un uomo cardiopatico, Carl Bruno, muore nonostante assumesse farmaci adatti, in realtà alterati, che aveva acquistato tramite un sito apparentemente sicuro.

Un adolescente rimane incidentalmente ucciso da un'arma nascosta in un trapano elettrico che doveva consegnare. Si scopre che era stato contattato da un hacker nelle sue sessioni di gioco multiplayer.

Durante una rapina a una gioielleria il figlio dei proprietari viene ucciso da un colpo di pistola. Il team della Avery, giunto sul luogo del delitto, scopre che il rapinatore ha trafugato, da un portatile, l'intero ammontare dei bitcoin, una moneta virtuale, circa 500.000 dollari. Durante le indagini il team scopre che per potere prelevare i bitcoin è necessario possedere due distinte password e alla fine riescono a bloccare i delinquenti, prima che recuperino la seconda password.

Mentre Avery si confronta, venendo poi rapita, con l'hacker che ha pubblicato i dati dei suoi pazienti di quando era psicologa a New York, Krumitz si trova di fronte all'uomo che ha ucciso i suoi genitori, appena ritrovato morto in un vicolo.