Il dottor Jonathan Michael "J.D." Dorian inizia il suo primo giorno da specializzando all'ospedale Sacro Cuore. Anche per Chris Turk (detto semplicemente Turk), specializzando in chirurgia, è il primo giorno. J.D. e Turk sono migliori amici, hanno legato fin dal college. I due conoscono la dottoressa Elliot Reid, anche lei specializzanda in medicina, l'infermiera Carla Espinosa, il sarcastico medico Percival "Perry" Cox e il primario dell'ospedale, Robert "Bob" Kelso. Fin dal primo giorno, l'ospedale spaventa il giovane J.D. che si trova ad affrontare una realtà che finora aveva solo mitizzato.

J.D. tries to persuade a smoker patient to quit smoking in order to impress Dr. Cox, who is just feeling lonely in his opinion. Elliot's attitude towards Carla annoys her, thus Turk is able to go on a date with Carla, when he convinces her to forgive Elliot.

J.D. crede che Turk abbia commesso un errore nell'operare un paziente che è poi passato sotto le sue cure. Dopo aver notato i continui peggioramenti del paziente, pensa subito ad una possibile infezione causata dall'intervento chirurgico del suo amico. Intanto un tentativo di bacio con Elliot andato male lo spinge a cercare di fare tutto il possibile per non rischiare di essere relegato nella friend zone. Elliot invece ha una discussione con il dottor Kelso per via dell'appellativo che lui usa verso le giovani dottoresse e che la infastidisce. J.D., distratto da Elliot e convinto dell'errore di Turk, si renderà conto solo grazie a Carla che in realtà l'errore è stato suo e che il paziente è salvo proprio grazie all'attenzione del suo amico Turk.

The three interns are each assigned patients with various illnesses. Statistically speaking, one of the three is going to die. J.D.'s patient is 86 year old Mrs. Tanner, who is in renal failure. 20 year old David Morrison is Turk's hernia patient and Elliot's patient Mrs. Guerrero only speaks Spanish and might have lupus.

J.D. points out what seems to be a technical mistake to Dr. Kelso, but it was really an attempt of Dr. Cox to save a woman without insurance using a dead guy's insurance. Dr. Kelso and Dr. Cox show J.D. their different ways of looking at medicine. Meanwhile, the Janitor intimidates J.D., Elliot discovers the healing powers of her boobs and Turk gives Carla a pen he thought he took from the Lost and Found box.

Kelso affida a J.D. per delle analisi una paziente, Jordan Sullivan, che è un importante membro del consiglio d'amministrazione dell'ospedale. J.D. ci finisce a letto per poi scoprire che lei è l'ex moglie del dottor Cox. Nel frattempo Turk è alle prese con la madre di Carla, che si infuria dopo aver scoperto che lui e la figlia hanno passato la notte assieme a casa di lei, che non vuole lasciare sola la madre di salute cagionevole. Quando invece Turk e Carla dormono da lui, la madre di Carla si rompe una gamba e Carla si arrabbia con Turk ritenendolo il responsabile. Elliot invece ha un paziente analista che non può parlare e si sfoga con lui parlandogli dei suoi problemi. Cox si rifiuta di chiedere l'aiuto di Jordan nella riunione che deciderà della sua sospensione e così è J.D. a farlo al posto suo. Sebbene in un primo momento Jordan sembri rifiutare, alla fine decide di aiutare l'ex marito, che riesce a mantenere il posto di lavoro.

J.D. has finally earned the spot as brightest student, but he's got competition: Nick Murdoch, who seems to be nicer, friendlier and has a better butt than him. But even J.D. can't hate the guy. Turk is having problems at the operation table and doesn't tell Carla, who keeps bothering Dr. Cox about it.

J.D. and Turk become heroes after saving a cameraman's life on TV. J.D. worries about his evaluation. Carla blows off a night at the bar with Elliot.

È la settimana del Giorno del ringraziamento e J.D. ha un forte dolore dalle parti della milza. Si trova quindi in ospedale, questa volta come paziente, dove gli viene prescritta un'appendicectomia. J.D. ha così l'occasione di vedere per un giorno cosa si prova a essere un paziente invece che un medico. Elliot lo visita e J.D. si lamenta delle sue maniere. Lei si offende e si fa dire la verità da tutti gli altri suoi pazienti, che la ritengono brava ma molto manesca. J.D. inoltre scopre che deve essere Turk ad operarlo, ma non vuole che sia lui. Quella notte J.D. si sveglia di soprassalto con la febbre alta e così i medici decidono di operarlo subito. Il chirurgo di turno che effettua l'operazione è Turk. Al mattino dopo J.D. si sveglia e capisce di aver sbagliato quando pensava di non voler essere operato da Turk. Elliot intanto ha imparato che deve essere più delicata e gentile con i pazienti.

J.D. gains a new nickname - "Scooter" - and Dr. Cox gives Elliot the evil eye when she won't discharge a troublesome patient.

It's Christmas, and Dr. Cox has J.D. videotape the birth of the child of one of his friends.

Afraid a woman might sue the hospital, Dr. Kelso asks J.D. to stand by her and be friendly, so she won't sue them. Elliot is desperate for attention from Dr. Cox and Turk snaps at Carla when she steals fries from his plate.

J.D. is frustrated when his budding romance is constantly interrupted by emergency calls. Dr. Cox informs the interns how to avoid Dr. Kelso's bite. Carla and Turk deal with their first sexual intimacy complication.

Alex and Elliot argue over missing medication, and J.D. needs to choose sides. Dr. Kelso gives Carla a ride to work and she sees a totally different side of him. Turk finds out that Dr. Cox has secret feelings for Carla.

Elliot e J.D., dopo aver passato insieme la notte, sono imbarazzati ma poi passano insieme l'intera giornata a letto. I due decidono di non dire nulla circa la loro relazione ai colleghi ma tutti se ne accorgono. Lo staff dell'ospedale parla con uno psicologo, e così si conoscono le ragioni di alcuni comportamenti dei protagonisti. Alla fine J.D. e Elliot capiscono di non essere adatti come coppia e si lasciano. Alla fine dell'episodio si vede un dialogo avvenuto dopo il loro primo giorno di coppia, in cui J.D. si dice sicuro del fatto che la loro relazione andrà bene.

Dr. Cox shows up at J.D.'s door. Turk and Elliot partner on a research project and Carla struggles to fulfill a comatose patient's final request.

J.D., Turk ed Elliot arrivano al punto in cui anche loro saranno degli insegnanti per i nuovi arrivati. A J.D tocca Josh, un ragazzo strambo con cui il ragazzo non si trova a suo agio; a Elliot un maschilista e arrogante ragazzo di nome Philipp il cui padre è il proprietario dell'ospedale, e a Turk Christine, una ragazza bella e dal carattere forte. Cox si infatua di Christine e Turk lo aiuta a conquistarla, ma lui le rivela che la usa solo per dimenticare Carla. Christina però accetta comunque di andare a letto con lui. J.D si sfoga con il suo studente, dicendogli che non è portato per fare il medico, ma vedendo che il giorno dopo se ne sta per andare, lo convince a restare e a continuare a credere di potercela fare. Kelso parla con Elliot per dirle che deve farsi rispettare da Philipp, nonostante il lavoro di suo padre.

J.D.'s rude patient dies from cancer. Elliot is convinced Dr. Kelso is a singer and Dr. Cox finds himself trapped in a love square.

An assortment of moms and dads descend on their offspring at home and in the workplace.

Turk's competitiveness is starting to annoy J.D. and Dr. Kelso fires the only nurse that makes good coffee. Elliot meets a very attractive patient.

J.D. fears being contaminated with Hepatitis B. Elliot has a hard time making time for her new relationship. Turk obsesses about getting in shape.

Dopo essersi bucato la mano con una sparachiodi arriva all'ospedale Ben, fratello di Jordan e grande amico di Perry. Intanto, mentre sia Elliot che Turk commettono degli errori dovuti a degli scambi fortuiti di cartelle, la mano di Ben non smette di sanguinare e degli esami consigliati da J.D. rivelano che la causa della continua emorragia è la leucemia.

Ben, fratello di Jordan, si sottopone alla chemioterapia per combattere la leucemia ma Cox non assiste alla prima seduta poiché ha paura per la sorte del suo amico. Fortunatamente il tumore di Ben regredisce ma J.D., che ha sempre visto Cox come un eroe, lo vede per la prima volta come una persona vera anche se per lui resterà sempre il "suo eroe".

Dopo aver passato un anno all'ospedale Jd, Turk e Elliot capiscono di non essere più emozionati dal loro lavoro e decidono quindi di curare un loro paziente in modo rischioso. Intanto, dopo che Cox la aveva criticata per la sua prevedibilità, Jordan rivela a tutti i protagonisti dei segreti imbarazzanti che si tenevano nascosti l'un l'altro.