L'agente dell'FBI Audrey Parker si reca nella città di Haven per indagare sulla morte di un ex criminale locale. Parker scopre fin da subito che il decesso non è che l'inizio di una scoperta riguardo a un incredibile fenomeno paranormale.

Audrey rimane a Haven per indagare sul legame tra sua madre e Colorado Kid, ma nel frattempo da' una mano a Nathan per scoprire la causa di una misteriosa piaga che sta colpendo i raccolti e gli animali.

Audry si sta abituando al suo nuovo lavoro come agente di polizia di Haven e durante le indagini sulla distruzione di un bar, lei e Nathan scoprono una serie di incidenti mirati a colpire lei e altre persone.

Haven è colpita da una misteriosa piaga che colpisce sia animali che piante e non si riesce a scoprire la fonte dell'infezione.

Uno strano virus ha colpito l'ospedale cittadino, facendo impazzire i dottori e rendendo sani i pazienti. Audrey e Nathan devono indagare sulla faccenda prima che il contagio si diffonda.

Una serie di animali morti per aggressione porta Emily e Nathan a indagare su una donna che si batte per i diritti degli animali. Tuttavia presto scoprono che la persona responsabile è un'altra e che la sua prossima vittima è il Capo Wournos.

Due misteriose aggressioni ai danni di uomini d'affari con pochi scrupoli sono collegate dallo stesso disegno lasciato sulle scene dei crimini. Tuttavia il ragazzo sospettato presto diventa la terza vittima.

Delle morti inspiegabili in una clinica locale portano Nathan e Audry a indagare su un misterioso Uomo Nero.

La festa a sorpresa per il compleanno di Audrey si trasforma in un incubo quando un mutaforme si imbuca, lasciando gli ospiti nella paura.

Nathan e Audrey indagano su una serie di omicidi ma la sospettata principale insiste che sta cercando soltanto di fermare la catena di omicidi. Intanto dopo le rivelazioni di Duke, Audrey continua a indagare sul mistero di Colorado Kid.

Audrey sta giocando a poker a bordo della barca di Duke, ma due dei nuovi giocatori prendono in ostaggio gli altri per cercare una cassa che Duke sta contrabbandando. Intanto il capo di Audrey arriva in città e pretende delle risposte.

Un'entità simile a un poltergeist comincia ad attaccare delle persone in visita a una famiglia del luogo e Audrey e Nathan indagano sulla casa in questione.

Una misteriosa 'frattura' si espande attraverso Haven in maniera esponenziale, mentre un misterioso criminale torna in città e Audrey scopre i segreti del suo passato e di quello di sua madre.