Un uomo si risveglia su un'isola solo per scoprire di non avere memoria di chi sia. Senza conoscere la sua identità, si reca a Seattle e scopre che non solo è un affetto da amnesia, ma che è un sapiente, che sa letteralmente tutto. Il genio daltonico diventa presto un consulente della polizia, aiutando nel più inspiegabile dei crimini, mentre, allo stesso tempo, inizia un viaggio per scoprire chi è.

Karen viene licenziata dal suo lavoro al bar da Digger. Convince John a prenderla come sua assistente. Inoltre, John aiuta la polizia di Seattle a capire il movente di una serie di attacchi contro una famiglia di importatori.

John aiuta il tenente Avery e il tenente Hayes a risolvere una serie di raccapriccianti omicidi che coinvolgono due gemelli che sono stati dati in adozione decenni fa. Un medico con metodi non ortodossi per il recupero della memoria cerca di aiutare Doe.

Un corpo trovato in una vecchia botte di vino porta a foto di 30 anni fa del proprietario del vigneto. Il proprietario ha una notevole somiglianza con John Doe.

Un altro uomo viene trovato a Puget Sound. L'indagine di John sull'uomo porta a problemi in ospedale, problemi con la polizia, problemi per chiunque sia collegato all'uomo e pericolo per Doe.

Una costosa opera d'arte viene rubata dalla galleria e Karen è sospettata. John usa il suo talento per difendere Karen in tribunale e la polizia risolve il mistero.

Una donna si presenta con un ragazzo e afferma che si tratta di suo figlio. Faceva parte di un progetto a cui John potrebbe aver partecipato. Diversi geni hanno donato materiale genetico, ognuno di loro, incluso John, potrebbe essere il padre del ragazzo. Qualcuno sta uccidendo i donatori, la corsa è iniziata per trovare l'assassino e il padre del ragazzo.

Un rapimento e una serie di indizi mandano John Doe in Idaho dove incontra la sua apparente famiglia. Tutto ciò che sembra troppo bello per essere vero.

John Does decide di fare un viaggio a Londra. Sta lottando per calmarsi a causa della claustrofobia causata dall'essere su un aereo quando un reverendo muore. John scopre di essere stato assassinato (avvelenato). Deve trovare l'assassino, che si trova sull'aereo, con l'aiuto di alcune persone e di altri che cercano di rendere il suo lavoro più difficile.

Un serial killer psicopatico chiamato "The Mourner" ha intrappolato John in una battaglia di ingegno. Il fallimento di Giovanni significa la morte per persone innocenti, compresi i suoi amici.

La battaglia tra John e il Lutto raggiunge il suo culmine. Quanto sarà alto il numero di morti?

Rachel fa visita a John a Seattle. Nuovo alle relazioni e agli appuntamenti, John cerca consiglio da Frank. Un popolare deejay muore in circostanze particolari. John e Rachel lavorano con la polizia per capire come è successo.

È tutta una questione di famiglie. La futura ex moglie di Frank vuole la custodia esclusiva dei loro figli e vuole impedirgli di vederli. Un'adolescente viene rapita da un uomo squilibrato che vuole sostituire la sua famiglia.

Il gruppo Phoenix rapisce Karen per interrogarla su John e su un artefatto che cercano. John segue una scia di indizi e una serie di morti che lo riportano all'isola a ferro di cavallo. Riusciranno John e la polizia a trovare Karen in tempo per salvarla?

La polizia si occupa di un tragico caso di rapimento e omicidio di giovani donne. John ha un po' di concorrenza da quando la polizia ha arruolato un autoproclamato sensitivo nella ricerca di un serial killer.

Un astronauta che cade dal cielo viene colpito da campeggiatori adolescenti. L'autopsia rivela che l'astronauta sarebbe morto di asfissia se non fosse stato colpito. John, Frank e Digger indagano sul misterioso cerchio bruciato trovato vicino alla sparatoria.

La stazione di polizia viene invasa e presa in consegna da un ex poliziotto che nutre rancore nei confronti del dipartimento. Doe usa il suo ingegno e le sue abilità per fermare i cattivi.

John Doe svela un mistero che coinvolge una donna super sexy, un genio del computer morto, diversi sicari e una nuova incredibile invenzione.

Dopo essere stato colpito da un fulmine, tutto cambia per John Doe. Riesce a vedere i colori, ma non ha più la sua super intelligenza. Commette errori finanziari. Non è altrettanto efficace per la polizia. Tutto questo lo fa dubitare di se stesso.

L'Istituto Seneca ha un programma interessante che coinvolge "geni caduti, abilità psichiche e visioni remote. John Doe e Digger si imbattono in esso mentre indagano su un incidente che coinvolge il fratello di sangue di Digger.

John ha visioni che lo fanno svenire. Le visioni lo portano al cadavere di un uomo non identificato. Diversi indizi sul corpo di quest'uomo non identificato portano Doe al Phoenix Group. Ciò che scopre è sconcertante.