In 2019, Bruce Wayne, the original Batman, retires due to failing health when his rescue of a kidnapped woman nearly goes wrong and he must resort to almost using a gun—the ultimate sin in his eyes. Twenty years later in 2039, Terrence "Terry" McGinnis discovers Batman's identity after the aging Bruce Wayne helps him fight off a gang of Jokerz (street punks enamored by the original Clown Prince of Crime). After Terry's father is murdered, Terry seeks Bruce's help to avenge him.

Terry steals the Batsuit to pursue his father's killer, a professional bodyguard named Mr. Fixx (George Takei), whose employer, Derek Powers (Sherman Howard), the current CEO of Wayne-Powers, is secretly using the company's resources to develop a biological weapon. Bruce Wayne, discovering the theft, deactivates the suit, but when seeing the now-helpless Terry being punched out reactivates it so he can continue pursuing Fixx, and in the end Wayne appears at Terry's house to hire him as a "special assistant."

Terry discovers how hard his new job as Batman is when he squares off against his first super-powered foe, Inque -- a shape-shifting woman sabotaging Foxteca for Derek Powers. Things go from bad to worse when he accidentally leads her right into the Batcave. Stockard Channing and Shannon Kenny make their first appearances as Commissioner Barbara Gordon and Inque.

Willie Watt, un nerd del liceo deriso da tutti, ruba un robot di costruzione di suo padre per spaventare il capo dei bulli, Nelson Nash. Quando poi Batman cerca di fermare il robot, esso diventa legato a Willie mentalmente, donandogli più potere di quanto ha sempre sognato di avere.

Alla ricerca di una cura per la sua mutazione radioattiva, Derek Powers prova una procedura sperimentale per creare un nuovo corpo clonato in cui trasferire la sua mente. Il suo soggetto per l'esperimento è nientemeno che Mister Freeze, ancora vivo dopo quarant'anni. La sua testa viene così trasferita in un nuovo corpo organico, e il rinato Victor Fries giura di espiare tutte le azioni malvagie del suo passato criminale; ma il dottore in realtà non è cambiato.

Il formidabile Trio, un gruppo di scienziati divenuti supereroi dopo aver acquisito poteri in un esperimento andato male, si fanno strada a Gotham City e diventano gli idoli mediatici del futuro. Magma, Freon e l'Uomo 2-D scoprono però che l'incidente che ha dato loro i poteri non è stato esattamente un incidente.

Derek Powers ingaggia Shriek, un ex ingegnere del suono, diventato un supercriminale, come parte di uno schema elaborato per tenere Bruce Wayne fuori dagli affari della Wayne Powers e prendere il completo controllo dell'azienda. Tocca a Batman (Terry) investigare su questo nuovo mostro.

Terry viene mollato dalla sua fidanzata, Dana, e deve fare i conti con un gruppo di vecchi nemici di Batman (Bruce Wayne), la Gang della Scala Reale, una famiglia criminale travestita da carta da gioco. Terry è molto stressato, fin quando non incontra una ragazza di nome Melanie che sembra condividere i suoi problemi.

Terry scopre che gli atleti della sua scuola fanno uso di steroidi illegali per vincere le partite, e Bruce Wayne sospetta che uno dei suoi vecchi nemici, Bane, possa essere coinvolto nel traffico di sostanze stupefacenti illegali. Batman indaga, ma scopre che Bane è ormai un relitto umano a causa dell'assunzione prolungata di sostanze chimiche nel suo corpo.

Un criminale noto come Spellbinder utilizza una particolare tecnologia ipnotica per orchestrare una serie di rapine, trasformando le sue vittime in suoi complici inconsapevoli. Terry scopre che dietro la maschera si nasconde lo psicanalista della sua scuola.

China viene liberata da un lavoratore malato d'amore, presso lo stabilimento di criogenia dove era detenuta. Intrappolata nella sua forma mutata, China cerca di raggiungere le sostanze chimiche che le permettono di ritrovare ancora una volta la sua forma umana e vendicarsi di Batman e del "misterioso vecchio" che lo aiuta.

Una misteriosa e letale assassina denominata Curaro viene inviata ad uccidere Sam Young, marito del Commissario Barbara Gordon (ex Batgirl). I tentativi di Batman di proteggere Sam, portano conflitti con Barbara e alcune sorprendenti rivelazioni sul passato.

Derek Powers continua la sua mutazione in Blight, distruggendo lentamente quello che era rimasto della sua vita normale, e chiede aiuto a suo figlio affinché prenda il suo posto a capo della Wayne-Powers. Paxton Powers sembra inizialmente disposto ad aiutare Batman per riportare suo padre alla normalità, ma lo sta solo ingannando per poter eliminare Blight.