Lo scienziato kryptoniano Jor-El scopre che il pianeta Krypton è sull'orlo della distruzione. Tuttavia, il supercomputer del pianeta Brainiac nega che questo sia il caso al consiglio del pianeta e lo definisce un criminale, poiché pianifica la fuga dopo aver raccolto tutti i dati di Krypton. Senza scelta, Jor-El e sua moglie Lara preparano a mandare il loro unico figlio, Kal-El, in un mondo lontano, prima dell'inevitabile distruzione di Krypton.

L'astronave di Kal-El si schianta sulla Terra dopo il suo viaggio intersellare, dove viene trovato e adottato da Jonathan e Martha Kent, che lo chiamano Clark. Pochi anni dopo, un adolescente Clark, che vive a Smallville, Kansas, scopre presto di avere dei superpoteri, che usa per salvare la vita della sua ragazza. Lana Lang, e gli presto viene raccontata la verità sulle sue origini dai suoi genitori adottivi.

Pochi anni dopo aver appreso delle sue origini, Clark Kent vive nella città di Metropoli come giornalista per "The Daily Planet" e usa i suoi superpoteri per il bene della comunità. Mentre Clark si avvicina alla sua collega Lois Lane, nei panni di Superman, si ritrova anche ad avere a che fare con terroristi e con John Corben, che semina il caos con una tuta robotica rubata al miliardario Lex Luthor. Nel frattempo, una nave aliena incontra un satellite kryptoniano, ignara del fatto che Brainiac sia nascosto all'interno del suo mainframe.

Il gangster Bruno Mannheim ha dei problemi con il misterioso Toyman, che usa giocattoli e giochi per bambini per provocare violenza. Dopo essere stato rapito da Toyman, Lois scopre le sue motivazioni: suo padre aveva chiesto un prestito da Mannheim ed era stato incaricato di prendersi la colpa quando la polizia ha sgominato una delle imprese criminali di Mannheim.

Durante l'inaugurazione di un museo, Superman cerca di fermare due rapinatori. Fallisce quando cade vittima degli effetti dell'avvelenamento da Kryptonite. Lex Luthor vede il nastro di sorveglianza dell'evento e determina che questa deve essere l'unica e unica debolezza di Superman, così orchestra un piano per intrappolare Superman, metterlo vicino alla roccia e finirlo una volta per tutte.

Il bidello Rudy Jones cade vittima di un incidente con scorie nucleari e diventa Parassita. Si nutre dell'energia degli altri e la sua scelta numero uno cade su Superman.

Grazie alle orchestrazioni di Luthor, il terrorista John Corben diventa Metallo, un cyborg ricoperto di pelle con un cuore di kryptonite. Luthor quindi impone al supercriminale una missione per uccidere Superman.

Brainiac, un tempo il computer planetario onnisciente di Krypton, arriva sulla Terra come parte del suo viaggio di raccolta di informazioni attraverso la galassia e collabora con Lex Luthor sulla base del progresso tecnologico dell'umanità.

Il cacciatore di taglie intergalattico Lobo viene ingaggiato da un alieno chiamato "Preserver" per catturare Superman e aggiungerlo alla sua collezione di specie rare in via di estinzione.

Superman e Lobo uniscono le forze per sfuggire al Preserver.

La fidanzata del liceo di Clark, Lana Lang, che ora è una famosa stilista di moda, arriva a Metropolis dove lei e Lex Luthor diventano una coppia. Lana, però, prova ancora forti sentimenti per Clark.

La Intergang di Bruno Mannheim terrorizza Metropolis con armi hi-tech ottenute da un misterioso finanziatore.

Lo scienziato Earl Garver entra in coma prima di poter rivelare la posizione di una bomba. Superman rischia tutto e arruola il Parassita per carpire informazioni dalla mente di Garver.