Un'emergenza senza precedenti manda Fairbanks in lockdown. Frank raduna ogni risorsa disponibile per farle fronte.

Mentre la ricerca di Havlock si fa più pressante, Luke tenta di tornare a casa. Frank non sa se è il caso di soddisfare una serie di richieste.

La scomparsa di Sarah rende più urgente la ricerca di Frank. Un'inaspettata svolta nel piano di Havlock fa aumentare il numero degli ostaggi.

La scomparsa di un agente amplia l'indagine di Frank. La gente del posto si unisce alla caccia all'uomo. Sarah è sempre più preoccupata per Luke.

Frank si concentra sulla ricerca di Luke. La CIA aumenta gli sforzi quando il piano di Havlock entra in una nuova fase.

Fairbanks è colpita da un blackout totale. Sarah individua una persona sospetta in ospedale. Sidney vuole il controllo su un elemento di prova

Viene interrogato un nuovo, misterioso indiziato. Il segreto di Frank viene rivelato. Havlock tenta di recuperare il contenuto del proprio hard drive.

Sidney viene a conoscenza del passato del padre, del Protocollo Atwater e delle informazioni riservate contenute nell'Archivio 6.

Con un nuovo obiettivo primario, Bradford atterra a Fairbanks insieme a una task force della CIA. Sidney tenta disperatamente di divulgare la verità.

Sidney e Havlock rischiano tutto per impadronirsi dell'Archivio. Frank si lancia in una missione di salvataggio.