Nel primo caso che affrontano insieme, gli agenti speciali Mulder e Scully investigano su svariati decessi avvenuti in circostanze misteriose. Ex allievi del liceo vengono ritrovati morti nel bosco senza nessuna causa apparente. Durante le indagini gli agenti dell'F.B.I. si troveranno alle prese con fenomeni temporali e un cadavere che ha ben poco di umano....

Mulder e Scully vengono contattati da una donna che denuncia il rapimento del marito, pilota di aerei sperimentali, a opera delle forze militari. Mulder viene diffidato dal seguire il caso da un individuo che si dichiara pronto a svelargli la verità, ma solo alle sue condizioni. Mulder decide di investigare ugualmente, convinto che questo rapimento sia la chiave per svelare un segreto nascosto da 50 anni....

Scully viene contattata da un suo ex collega per investigare su un caso di organi asportati e parzialmente divorati, ma sulla scena del crimine c'è già Mulder che dimostra che questo è un x-files. Le prove portano sulle tracce di un uomo, Eugene Tooms, che vanta la capacità di entrare anche nei luoghi più inaccessibili e purtroppo la sua furia omicida lo porta alla finestra dell'agente Scully...

Una ragazza scompare vicino alla sponda del lago Okobogee, la madre e il fratellino erano con lei ma non sanno spiegare cosa è accaduto. Mulder decide di seguire il caso perchè il lago è una zona "calda" di avvistamenti U.F.O, ma soprattutto perchè si sente emotivamente coinvolto a causa della sua sorellina, Samantha, sparita anch'ella in circostanze misteriose e mai più ritrovata.

La scoperta di un corpo divorato in un Parco Statale del New Jersey, porta Mulder e Scully fino ad Atlantic City, dove la polizia locale sembra non voler approfondire le indagini. Mentre Mulder persiste e trova indizi che indicano l'esistenza di un anello mancante nell'evoluzione umana, Scully riflette sulla propria vita e si chiede se forse non stia mancando delle occasioni per colpa del lavoro

Quando vengono ritrovati due corpi in condizioni alquanto singolari, gli agenti speciali Mulder e Scully vengono chiamati a investigare. Le tracce conducono ad una segretaria che sembra avere un angelo custode che la protegge in ogni situazione, a volte fino alle estreme conseguenze.

L'ex partner di Mulder si fa vivo per una consulenza su un caso di elettrocuzione non accidentale. I sospetti cadono sul programmatore del sistema operativo che dirige e organizza la sorveglianza nell'edificio della Compagnia della vittima. L'informatore misterioso, Gola profonda, ritorna a fornire indizi per la cattura dell'assassino, che "deve essere fermato".

Nel seminterrato degli X-Files arriva una video cassetta di una strage collettiva, un omicido-suicidio di massa avvenuto in un laboratorio artico. Scully e Mulder si recano tra i ghiacci per risolvere il mistero ma scoprono che i pericoli che li attendono non arrivano solo dall'esterno ma da anche dagli abissi dell'animo umano.

Un lancio spaziale termina in un disastro e prove di un sabotaggio anomalo allo shuttle richiedono la presenza di Mulder e Scully. Nel frattempo, l'austronauta a capo della missione è ossessionato da una "presenza" che l'ha seguito sulla Terra dopo una passeggiata nello spazio....

Qualcosa è precipitato nei boschi del Wisconsin e i tentativi di copertura del governo non fanno che aumentare la determinazione di Mulder a scoprire la verità. Gola Profonda continua a sostenere il suo ruolo di prezioso informatore, ma Fox non è l'unico a caccia dell'U.F.O. Mentre tenta di smascherare i complotti del governo ombra, s'imbatterà in Max Fenning. Chi è Max? Un bugiardo patologico o la vittima di ripetuti rapimenti alieni come sostiene di essere?

Gli agenti speciali Scully e Mulder stanno investigando su un caso di omicidio e scoprono che esiste un'altra vittima, sulla costa opposta del Paese, che è stata uccisa nello stesso identico modo, nello stesso momento. Investigando sul secondo caso, scoprono che le due vittime avevano due figlie pressochè identiche. Innocenti orfanelle o clonazioni aliene? Forse la verità è ancora più inquietante...

Una vecchia fiamma di Mulder usa il suo ascendente e chiede il suo aiuto per proteggere la vita di un parlamentare inglese minacciato da un piromane. Scully mette in guardia il collega contro le bruciature, sia fisiche che sentimentali, ma forse la gelosia offusca un po' il suo giudizio professionale. Mulder si ritroverà a combattere contro la fobia del fuoco e contro i ricordi brucianti della sua gioventù.

Durante il caso di un omicidio e il rapimento di due ragazzi, Mulder e Scully ricevono l'offerta di aiuto di un galeotto nel braccio della morte. Il prigioniero dichiara di avere facoltà psichiche che lo mettono in contatto con il rapitore. I ruoli si invertono e stavolta è Mulder ad essere scettico, mentre Scully crede che esista la possibilità che il condannato riesca davvero a mettersi in contatto con l'aldilà.

Una serie di omicidi a sfondo sessuale sfociano in un x-files quando non si riesce a determinare se l'assassino è un uomo o una donna. Mulder e Scully seguono le tracce di questo killer singolare fino ad una piccola comunità Amish in Massachussets, dove le stranezze non fanno che aumentare.

Durante una trappola concepita per catturare un rapinatore di banche, un agente dell'E.B.I., amico di Scully, viene ferito a morte dal rapinatore che a sua volta è colpito da Scully. I paramedici riescono a salvare l'agente, ma sembra che a tornare in vita non sia l'amico di Dana ma il criminale da lei ucciso...

Un criminale catturato da Mulder quando era una giovane recluta dell'accademia, mette in atto la sua vendetta contro l'agente speciale degli X-Files. Mulder non è più un novellino ormai, ma riuscirà a difendersi dalla minaccia di quest'ombra del passato?

Un U.F.O. si schianta nello spazio aereo Iracheno, il suo pilota viene introdotto negli Stati Uniti. Mentre si trova a bordo di un camion nel Tennesse, viene assalito, provocando altri avvistamenti di U.F.O. Risucchiati dagli eventi Mulder e Scully si mettono sulle tracce del camion grazie all'aiuto e alla guida di Gola Profonda.

Un ragazzo possiede poteri miracolosi con i quali è in grado di curare anche i casi più disperati. Tuttavia quando le guarigioni cominciano a degenerare in omicidi Mulder e Scully si trovano a investigare sul presunto killer e sulle sue facoltà. Il novello messia si proclama innocente, ma gli ultimi avvenimenti hanno minato la sua fede. E' davvero in grado di fare miracoli o è solo frutto di un'abile montatura?

Gli agenti speciali Mulder e Scully si ritrovano sulle tracce del primo X-File, caso aperto e non risolto da J. Edgar Hoover. Le indagini li portano in una riserva di Nativi Americani dove un ragazzo è stato ucciso per difesa personale, la persona che ha sparato dichiara però che quando ha premuto il grilletto non era il ragazzo a minacciarlo ma un'animale inferocito...

Mulder riesce a farsi assegnare il caso della scomparsa di trenta taglialegna avvenuto in un bosco. I sospetti ricadono su un'organizzazione ambientalista per la salvaguardia degli alberi secolari. Avventurandosi con Scully nella foresta dove sono avvenute le sparizioni, trova il corpo di un uomo completamente disseccato in un bozzolo di tela. A questo punto gli agenti devono considerare l'idea che ci sia qualcos'altro là fuori oltre che non è umano...

Eugene Tooms, il mutante che divora fegati umani per sopravvivere, è stato rilasciato in base ad una valutazione psichiatrica e all'insufficenza di prove. La testimonianaza di Mulder non riesce ad impedire che il mostro torni in libertà a caccia della sua prossima vittima. Mulder non si arrende e sorveglia Tooms 24 ore al giorno mentre Scully cerca in ogni modo di trovare delle prove per imprigionare di nuovo Tooms, stavolta per sempre.

Due poliziotti di Buffalo vengono assassinati in circostanze anomale, circostanze legate alla presenza di una bimba di otto anni. Il caso finisce agli X-Files, dove Mulder e Scully scoprono che la bambina sembra avere un legame con un agente di polizia morto otto anni prima, agente che conosceva bene e lavorava con i poliziotti uccisi.

Mulder e Scully lavorano al caso di due scenziati brutalmente uccisi in un laboratorio di ricerche, il principale indiziato sembra essere un custode mentalmente ritardato. Tuttavia sulla scena del crimine vengono trovate delle equazioni di matematica avanzata, prova che scagionerebbe il custode almeno in apparenza....

Gola Profonda mette gli agenti Mulder e Scully sulle tracce di un caso di annegamento irrisolto. Le prove e gli indizi non indicano la presenza di un X-Files, ma il misterioso informatore insiste che gli agenti proseguano nelle indagini. Ben presto scopriranno che il presunto annegamento non era accidentale e nascondeva ben altre verità... Riusciranno ad ottenere le prove per smascherare il complotto del governo ombra? Tutto il futuro degli X-Files dipende da questo, ma ora più che mai i nostri eroi non possono fidarsi di nessuno.