Sonny e i suoi amici amano giocare a calcio, ma sulla loro piccola isola non hanno la possibilità di confrontarsi con nessuno. Un giorno Frank, il direttore della scuola, avvisa i ragazzi che la squadra verrà sciolta per mancanza di fondi, l'unico modo per continuare a giocare è di trasferirsi a Tokyo alla Raimon, una prestigiosa scuola del continente, e partecipare al Football Frontier (un torneo studentesco per decretare la migliore squadra di calcio del Giappone) vincendo almeno una partita. I ragazzi partono per inseguire i loro sogni e si ritrovano a giocare il loro primo incontro con la favorita del torneo: la squadra dell'Accademia Stella.

Continua la partita tra la Raimon Junior High e l'Accademia Stella. Nonostante il primo goal, la squadra di Sonny si trova in enormi difficoltà e finisce con il perdere l'incontro. Ma proprio quando Sonny e i suoi amici credono che sia tutto finito, entra in scena Biagio, presidente di una grande compagnia di turismo chiamata Island Tour. Quest'ultimo, rimasto impressionato dallo spirito combattivo dei ragazzi, diverrà il loro sponsor, permettendo ai giovani calciatori di continuare la loro avventura.

La Raimon ha una seconda possibilità! Grazie ai ripescaggi, potrebbero rientrare nel Football Frontier, ma per riuscirci dovranno vincere abbastanza partite. Il loro prossimo avversario è decisi, il Liceo Bastioni, famoso per la sua difesa impenetrabile. Mister Yi ha già un programma di allenamento in mente, i ragazzi si alleneranno sulla loro difesa!

La partita contro il Liceo Bastioni si dimostra davvero difficile per la Raimon. Gli avversari sono infatti famosi per la loro difesa invalicabile, paragonata a una fortezza, e la Raimon deve assolutamente vincere per poter accedere alla fase finale del torneo. Ma pare non esservi modo di superare i tenaci difensori del Bastioni. Mister Yi, l'unico che sembra non preoccuparsi, continua a dare indicazioni ai suoi sulla necessità di continuare a difendersi. Adriano scalpita per partire invece all'attacco, ma sarà Basile, che ha capito le intenzioni dell'allenatore, a trattenerlo e a segnare il primo goal, negli ultimi minuti della partita. Il raddoppio quasi immediato di Valentin suggella il trionfo della Raimon, che si qualifica così alla tanto sospirata fase finale del Football Frontier.

Elliot Ember si rifiuta di presentarsi agli allenamenti di squadra, cosa che infastidisce molto i suoi compagni. Più tardi Sonny, in città per fare acquisti, incontra Elliot in una sala giochi intento a cercare di prendere un orsetto di peluche ad un gioco. Si scopre in seguito che l'orsetto è per Gloria Bianchi, amica di infanzia di Elliot, da cui si è separata per entrare nel nuovo programma educativo "Il Giudizio di Ares". Gloria torna cambiata dal programma: è apatica e praticamente invalida. Elliot inizia quindi a giocare a calcio per vendicarsi del Giudizio di Ares e sconfiggerne la squadra di calcio. Quando viene sfidato in TV da Axel Blaze, attaccante della squadra avversaria nella prossima partita, la Kirkwood, Elliot decide di presentarsi al briefing pre-partita, pur avendo annunciato di non avere intenzione di giocare. Apparentemente per punizione, ma in realtà per una tattica dell'allenatore, Elliot viene schierato come portiere.

In questo episodio, si confrontano sul campo l'Accademia Stella e la Kirkwood: l'asso della Stella, Elliot Ember, viene costretto a giocare buona parte del match come portiere, ruolo che non gli appartiene. La squadra subisce il gioco dell'avversaria, e Elliot colpevolizza Axel, che lo ha privato della possibilità di attaccare; ma prima della fine della partita, Elliot capirà il senso della scelta del suo capitano e imparerà il vero gioco di squadra.

Continua la partita tra l'Accademia Stella e la Kirkwood, senza esclusione di colpi. Elliot è in porta e impara finalmente a fare affidamento anche sui suoi compagni di squadra. Percival lo riporta dunque in attacco. La Stella vince così la partita nei minuti di recupero. Dopo la partita, Sonny e Acker provano a parlare con Elliot, senza grande successo. Il ragazzo misterioso si mostra freddo, ma uscito dallo spogliatoio e recatosi in ospedale, si rivolge con dolcezza alla sua amica d'infanzia Gloria. La ragazza è ancora in stato catatonico e non mostra alcuna reazione, quindi Elliot la saluta, promettendo di tornare presto. Qui entra in scena Heath, che scopriamo avere anche lui dei legami con Gloria. Nel frattempo, la Raimon deve preparasi alla loro prossima partita, ma un problema è sorto. Mister Yi, il loro allenatore, è finito in prigione!

Mister Yi viene arrestato e i ragazzi della Raimon sono costretti a disputare la partita contro l'Anima Sana Academy contando solo sulle loro forze. O almeno così credono, fortunatamente il Mister ha molte risorse e anche dalla prigione riesce ad aiutare i ragazzi rubando un cellulare e inviando indicazioni tramite la Fascia Inazuma. Durante la partita, Sandra, Kiko e Sonny useranno una nuova tecnica a testa, riuscendo così a vincere l'incontro.

Si gioca la partita fra la Raimon e la Royal Academy, per la fase eliminatoria del Football Frontier. L'attenzione di tutti è catalizzata dal ritorno, sulla panchina della Royal, di Ray Dark, misterioso e inquietante allenatore dai metodi molto poco ortodossi. La forza della Royal, anche grazie al suo mister, è indiscutibile.

In questo episodio vediamo il secondo tempo della partita tra Raimon Jr. High e Royal Academy. Si parte da una situazione di 3-2 per la Royal, che viene però recuperata dalla Raimon grazie al Tornado di fuoco di Basile, divenuto possibile grazie al nuovo Schema Monolinea ideato da Mister Yi. Le scarpe sono inoltre dotate di un sistema elettronico che ottimizza l'ultilizzo di energie nella corsa, facendo così prevalere la Royal, che però non riesce ad andare a segno. I giocatori della Raimon decidono quindi di mettere in pratica ciò che hanno imparato nel nuovo allenamento intensivo, sfoderando nuove tecniche.

Siamo alle fasi finali delle eliminatorie per il Football Frontier. Ben due squadre, che avrebbero dovuto essere le ultime avversarie rispettivamente della Raimon e della Stella, si ritirano dal girone: perché le squadre giochino tutte lo stesso numero di partite, non resta che far scontrare nuovamente proprio Raimon e Stella.

Raimon e Stella si scontrano in una nuova partita. Si ricorderà del perché lui sta usando il calcio come vendetta e di come, prima di incontrare la sua amica Gloria, lui fosse sempre solo. Nel secondo tempo la Raimon contrattacca grazie ai «Misteri di Mister Yi», riuscendo a recuperare lo svantaggio subito.

La partita fra la Raimon e l'Accademia Stella si sta avvicinando alle sue battute finali, sul punteggio di 3 a 3. Sia Elliot che Jude trovano alquanto strano il comportamento della Raimon, ma non riescono a decifrarlo. Rimesso in sesto dall'abile Mister Yi, Sonny riesce a segnare il goal del definitivo 5 a 4 a pochi istanti dalla fischio finale. La Raimon è prima nel suo girone e si qualifica per la fase finale del Football Frontier .

Tre giorni prima vediamo Heath che mentre si fa la doccia riflette su Elliot e Sonny. Questo porta alla mente di Heath l'incontro con Regina e, con questo pensiero in mente, si reca al campo d'allenamento della Raimon, dove però viene cacciato in quanto accusato di cercare di spiare l'allenamento degli avversari. La scena passa al campo d'allenamento dell'Accademia Stella. dove Elliot, diverso da come l'abbiamo conosciuto, si allena con la squadra e parla con Acker dei suoi obiettivi.

Assistiamo allo svolgimento di due partite contemporaneamente. Sul primo campo gioca il Liceo Altaluna contro l'Accademia Stella: vince l'Altaluna, ricorrendo a una grave scorrettezza. Sul secondo campo, invece, si confrontano la Zeus e la Raimon. I ricordi di Duske e di Heath permettono di comprendere meglio la controversa personalità di quest'ultimo, ragazzo dal passato molto difficile, e su cui pesa una diagnosi nefasta.

Nella loro seconda partita dei nazionali, la Raimon dovrà affrontare l'Alpine. Gli avversari sembrano molto forti, in particolare Kevin, Shawn e Aiden. Durante la partita, quest'ultimo giocherà "sporco" cercando di deconcentrare i ragazzi, ma dopo un diverbio iniziale, Sonny riesce a far ritrovare la grinta ai suoi amici. L'incontro è in parità, ma nella squadra dell'Alpine sta per entrare in campo Bunny, il nuovo attaccante. Chi vincerà la partita?

Continua la partita tra la Raimon e l'Alpine e quest'ultima sembra inarrestabile. Ma fortunatamente, Nino riesce a capire la strategia degli avversari, basata totalmente su Bunny ed i suoi fan, e così la Raimon riesce a contrastare la squadra. Con una nuova tecnica di parata da parte di Sandra e un ottimo contrasto di Sonny e Basile, è la Raimon a uscirne vincitrice e a proseguire nel torneo.

La Raimon si prepara ad affrontare l'Accademia Alia, squadra composta di orfani cresciuti nell'istituto chiamato Sunshine Academy, sotto il patrocinio del potente Astram B. Le incomprensioni fra i due, fratellastri e compagni di squadra, fanno sì che Xavier si rifiuti di scendere in campo contro la Raimon.

Hunter è infortunato, ma continua a giocare finché riesce. Quando sembra che la situazione sia ormai irrecuperabile, Xavier decide di entrare in campo e giocando praticamente da solo riesce a segnare 2 goal facendo tornare la situazione in parità. Questo genera in Xavier una forte gelosia e un fortissimo desiderio di entrare nelle grazie del padre. Proprio mentre gioca incontra Hunter, il quale gli propone in un futuro di vincere insieme il Football Frontier.

Tutta la puntata è dedicata all'incontro tra la Raimon e l'Accademia Alia. Conosciamo un po' meglio Hunter e Xavier, le due colonne portanti della Alia. Hunter riesce a trainare il fratello che, pur essendo un attaccante di livello superiore, non finalizza perché concentrato esclusivamente su se stesso: gli fa quindi capire l'importanza del gioco di squadra. Raimon e Alia si confrontano in un match senza esclusione di colpi, che si conclude con la vittoria della Raimon, senza amarezza per la squadra avversaria.

La squadra si ritrova davanti alla prospettiva di affrontare la semifinale. Gli avversari sono tutti dei debuttanti, ma sono guidati da Mark, capitano e portiere leggendario che solo l'anno prima aveva portato la Raimon alla vittoria. Mister Yi fa credere di partire per un viaggio e la fiducia dei ragazzi in loro stessi comincia a barcollare, in particolare quella di Maxime, capitano della nuova Raimon, che non si sente all'altezza del suo ruolo.

Inizia per la Raimon la decisiva semifinale contro il Liceo Simplicio, squadra in cui ora milita nientemeno che Mark Evans, il fortissimo portiere che condusse la vecchia Raimon alla conquista del suo primo Football Frontier. Insieme a lui, sono ora al Liceo Simplicio anche Seymour Hillman e Silvia Woods, rispettivamente allenatore e manager della squadra nella prima stagione della serie. Spicca l'assenza, sulla panchina dell'attuale Raimon, del suo allenatore Mister Yi, ma ben presto scopriamo che in realtà è presente allo stadio, benché irriconoscibile, accompagnato dal fedele Li. La Raimon parte all'attacco ma non riesce a sorprendere Mark, che para tutto e non sembra temere nessuna tecnica micidiale.

La Raimon è in svantaggio contro il Liceo Simplicio. Motivato da Marx, Maxime prende in mano le redini della partita e, sfruttando una nuova tecnica combinata di Basile, Adriano e Sonny porta la situazione in parità. Nel secondo tempo la Raimon riuscirà a segnare e vincere la partita.

Si avvicina la finale tra Raimon e Altaluna. Scopriamo qualcosa in più della personalità di Heath, che chiede a Pietro di restituire la libertà ai membri della squadra e permettere loro di uscire dal programma di Ares, in caso di vittoria. Intanto, Maxime è infortunato e la Raimon si trova in difficoltà: a sorpresa, nella squadra viene inserito Elliot. Sonny prende il posto di Maxime nel ruolo di capitano.

Comincia la finale e l'Altaluna passa subito all'attacco con la loro tecnica micidiale, l'Omega Maelstrom. Questa volta però, non riescono a schiacciare gli avversari: la Raimon ha infatti trovato un modo per difendersi. Tutto grazie alla scheda che Heath aveva consegnato il giorno prima a Cesar, la quale conteneva non solo le informazioni dei giocatori, ma anche quelle relative alla loro tecnica. In una partita ad armi pari, quale squadra riuscirà ad avere la meglio?

La finale del Football Frontier continua, una partita senza esclusione di colpi. Dopo aver perso, Heath ammette che il Giudizio di Ares è sbagliato e chiede a Elliot di fidarsi di lui per porre fine a tutto. Dopo aver sistemato la questione, Heath è deciso a operarsi e a tornare presto a giocare a calcio con Sonny ed Elliot, con i quali scambia una promessa.