Nine e Twelve sono due nuovi studenti di un liceo di Tokyo che nascondono un segreto e coinvolgeranno nei loro piani una ignara ragazza.

A seguito dell'attentato terroristico al Palazzo del governo, la polizia di Tokyo inizia un'indagine su vasta scala per scoprire i colpevoli.

Ritornato alla 1a sezione, Shibazaki inizia a indagare sulle misteriose Sphinx, ma i terroristi caricano un nuovo video con indovinello in rete.

Dopo aver sventato il precedente attacco terroristico, le forze dell'ordine sono fiduciose, ma un nuovo video parla di una "bomba invisibile".

Lo scandalo causato dalla fuga di notizie della polizia giapponese ha attirato a Tokyo un nuovo avversario che renderà la vita dura alle Sphinx.

Five inizia a mettere sotto pressione Nine e Twelve con un messaggio in cui annuncia un attentato fingendosi le Sphinx.

Continua la partita a scacchi all'aeroporto di Haneda che rivelerà la posizione della bomba, ma le Sphinx dovranno uscire allo scoperto per trovarla.

Ora che Five conosce il punto debole di Nine e Twelve non aspetterà per sfruttarlo. Intanto, Shibazaki si assume la responsabilità del suo colpo di testa.

Twelve parte alla ricerca di Lisa, catturata da Five, mentre Shibazaki scopre il vero segreto del progetto Atena.

Come ultima mossa, Nine decide di costituirsi alla polizia e rivelare tutto. A un'unica condizione: che gli facciano incontrare Shibazaki.

Il gran finale di Terror in Resonance, riuscirà Shibazaki a fermare l'esplosione della bomba atomica su Tokyo? E cosa ne sarà di Nine e Twelve?