Per poter sopravvivere, gli ultimi esseri umani lottano contro il B.R.A.I., un'entità mutevole che supera il confine tra forme di vita e intelligenza artificiale.

Le ricerche di Leon si rivelano efficaci quando grazie ai nuovi poteri annienta un mostruoso B.R.A.I., cosa che spinge Cain a offrire un'alleanza a difesa della città.

Jay controvoglia ordina a Leon di proseguire con la sua ricerca sul sistema di hyperdrive sperando di ottenere sui B.R.A.I. un vantaggio tattico.

Leon si sente responsabile dell'incidente al reattore e si offre di andare in prima linea quando un nuovo tipo di B.R.A.I. minaccia di distruggere la città.

Un aereo cargo è distrutto da una forza sconosciuta e Leon sospetta che il responsabile sia un B.R.A.I. volante a forma di uccello.

Queenie Yoh viene gravemente ferita nella battaglia contro Wang, un discepolo come lei, ed è costretta a spiccare il volo per affrontare il B.R.A.I. che lui controlla.

Leon si veste in modo elegante e va in città, seguito da Chloe. Lei sospetta un appuntamento galante, ma lui in realtà si sta occupando di uno strano fenomeno.

In città, molte persone sono colpite da proiettili ad alto potenziale. Leon e la squadra di Pandora devono trovare il killer prima che mieta nuove vittime.

La squadra di Pandora cerca il colpevole del ferimento di un componente del gruppo. Cain racconta la storia di un famoso tiratore scelto che lo ha risparmiato.

Mr. Gold giura di sconfiggere Cecile e prendere il controllo della città. Gren ha bisogno d'aiuto e prega Leon d'installare un altro sistema di hyperdrive sul suo MOEV.

Dopo aver testato il dark drive che sembra accelerare l'evoluzione del B.R.A.I., Leon si ricorda del suo capo ricerche, morto nell'incidente al reattore.

Un'epidemia mortale si diffonde fuori città e la squadra deve scegliere se proteggere i suoi abitanti o accogliere l'ondata di gente in fuga.

A causa di numerosi attacchi B.R.A.I., il reattore diventa pericolosamente instabile. Leon intuisce che questo potrebbe essere dovuto a una perdita nel nucleo.

La squadra ha una funzionalità operativa ridotta e deve fermare un B.R.A.I. a forma di centopiedi che sta distruggendo le strutture fuori dalle mura cittadine.

Mentre gli effetti collaterali del sistema di hyperdrive si fanno sentire, Leon porta la squadra nel suo vecchio capanno dove potranno riparare il MOEV danneggiato.

La battaglia per il controllo della città si conclude in modo drammatico. Davanti a uno stanco Leon appare Sieg, misterioso personaggio consigliere e alleato di Mr. Gold.

Jay fa diventare Queenie la sosia di Cecile, che è in convalescenza, e la addestra ad assomigliare a lei in tutto e per tutto.

Dopo che i recenti attacchi dei B.R.A.I. hanno ridotto al lumicino le scorte di cibo, la squadra di Pandora deve scortare un convoglio al sicuro fino in città.

Mentre Leon si rimette dopo le ferite subite da Sieg, i membri di Pandora che usano il sistema di hyperdrive incominciano ad assistere a uno strano fenomeno.

Una misteriosa esplosione di energia distrugge una città vicina e la squadra deve trovare un modo per evitare che le loro dimore facciano la stessa fine.

Dopo essere stato raggiunto da un misterioso B.R.A.I., Doug chiede a Leon se le loro personalità resteranno le stesse anche dopo essere diventati tutt'uno con i MOEV.

Leon e Queenie si mettono a cercare Fiona che è scomparsa e i cui poteri sono fondamentali per spegnere il nocciolo del reattore.

Uno sciame di B.R.A.I. a forma di api avanza verso le mura della città, ma Leon pensa che abbiano intenzioni non ostili e chiede a Gren di abbassare le armi.

La mente di Leon è intrappolata tra varie dimensioni e Fiona valuta se entrare nella sua coscienza per salvarlo riportandolo indietro.

Il diabolico piano di Sieg sta prendendo forma. Cecile e la squadra di Pandora si preparano alla missione finale per salvare il mondo.

Leon e la squadra di Pandora si apprestano alla battaglia finale quando l'ultima manifestazione di Sieg riesce a entrare in città.