In un punto imprecisato dell'epoca Sengoku, il mezzo-demone Inuyasha tenta di entrare in possesso di un gioiello mistico; la Sfera dei Quattro Spiriti. La sacerdotessa Kikyo lo sigilla ad un albero in un sonno eterno e perde la vita subito dopo a causa di una ferita mortale, in punto di morte chiede alla sorellina Kaede di bruciare la sfera con le sue spoglie mortali per farla scomparire poiché essa è portatrice solo di atrocità.

Inuyasha libero mira di nuovo ad impossessarsi della Sfera, ora nelle mani di Kagome; il mezzo-demone l'attacca ma Kaede gli impone un rosario della soggiogazione, così ogni volta che Kagome dice la parola "A cuccia!" (Osuwari! in originale) lui viene atterrato di forza col muso sul pavimento.

Con la sfera in frantumi, ora Inuyasha e Kagome devono unire le loro forze per radunare tutti i frammenti, in quanto anche solo un pezzo può dare grandi poteri a umani e demoni malvagi. I due ragazzi però non vanno per nulla d'accordo, allora Kagome decide di tornare a casa.

Kagome è finalmente tornata a casa e può riabbracciare i suoi e gongolarsi con le comodità della sua era. Inuyasha va a riprendere Kagome a casa per riportarla indietro, intanto i capelli di Yura hanno seguito Inuyasha. I due tornano indietro nell'epoca Sengoku e affrontano il demone unendo le loro forze.

Sesshomaru, demone completo, fratello di Inuyasha, è alla ricerca della tomba del padre per entrare in possesso di una potente spada lasciata in eredità; Tessaiga. Non trovandone traccia si dirige dal fratello e con un crudele stratagemma cerca di strappargli l'ubicazione della tomba di loro padre

Jaken il servo di Sesshomaru, usa Muonna "La donna del nulla" per creare una falsa copia della madre umana di Inuyasha e trovare l'ubicazione della tomba. Dopo averlo scoperto Inuyasha si libera, e finalmente Sesshomaru scopre il segreto; La tomba di loro padre risiede nella Perla nera nascosta nell'occhio di Inuyasha.

Kagome cede Tessaiga ad Inuyasha che però non vede utilità nell'uso di una spada arrugginita. Sesshomaru si trasforma in un enorme cane bianco e Inuyasha tentando di proteggere Kagome riesce a trasformare Tessaiga tagliando una zampa di Sesshomaru che allora batte in ritirata.

La ragazza e il mezzo-demone incontrano un ragazzo di nome Nobunaga e vengono condotti in un castello per aiutare la principessa di cui Nobunaga è innamorato; Tuttavia il principe del forte è stato posseduto dal Rospo Tsukumo con l'ausilio di un frammento della sfera.

Shippo, un cucciolo di demone volpe (youkai kitsune) tenta di rubare i frammenti per vendicare la morte del padre fallendo miseramente. Ad aver ucciso il padre del piccolo Shippo sono stati i fratelli Raiju; Hiten e Manten, le bestie del fulmine, possessori di ben 5 frammenti. Kagome viene rapita da Manten, allora Inuyasha e Shippo raggiungono i due demoni per salvarla.

Inuyasha inizia a lottare con Hiten che gli tiene testa, mentre Shippo e Kagome devono vedersela con Manten. Inuyasha vedendoli in seria difficoltà corre loro in aiuto lanciando Tessaiga uccidendo Manten. Hiten infuriato per la morte del fratello utilizza tutti e 5 i frammenti scagliandosi su Inuyasha che privato momentaneamente della spada deve ricorrere alla protezione del fodero.

Kagome nonostante le lamentele di Inuyasha torna nel presente per studiare. A scuola, dopo aver scoperto che tutti la credono malata, incontra un alunno di un'altra classe chiamato Hojo che le fa la corte. Intanto una maschera carnivora presente nel tempio Higurashi imprigionata dagli antenati del nonno di Kagome, si risveglia, e dopo aver scatenato un incendio al tempio che manda all'ospedale il vecchio, inizia a seminare panico nel presente usando un frammento della sfera.

Sota, il fratellino di Kagome, va a trovare un suo coetaneo in ospedale, Satoru, rimasto ferito in un incendio. Kagome si rende conto che uno spettro maligno gira attorno e tenta di colpire tutti coloro che vanno a trovare il ragazzino ferito. Lo spettro è Mayu, la sorella di Satoru morta nell'incendio da lei stessa provocato accidentalmente.

Durante la ricerca, il gruppo, a cui si è aggiunto anche Shippo, vengono ospitati da una ragazza che odia i demoni perché ha perso i genitori per colpa dei Kumogashira (demoni ragno). Quando i demoni ragno attaccano la cosa per il gruppo si fa difficile poiché si scopre che Inuyasha è diventato un normale essere umano; egli perde la forza demoniaca ad ogni notte di novilunio.

La strega Urasue irrompe nel villaggio di Kaede e ruba le ceneri di Kikyo con lo scopo di riportarla in vita con un corpo artificiale fatto di ossa e terra, e di utilizzare il suo potere di percezione dei frammenti per ottenere il gioiello, tuttavia l'anima di Kikyo oramai si è reincarnata in Kagome.

Urasue rapisce Kagome per trasferire la sua anima nel corpo artificiale da lei creato. Kikyo tornata in vita uccide Urasue supportata da un profondo rancore nei confronti di Inuyasha (i due avevano una relazione), secondo lei responsabile della sua morte. Inuyasha però dice di non essere stato lui e di essere invece stato attaccato dalla sacerdotessa.

Miroku un lussurioso monaco buddhista sta cercando di radunare i frammenti della sfera, e si imbatte nel gruppo di Inuyasha, sottraendo a Kagome il pezzo di sfera. Miroku si rivela così abile da fronteggiare col suo scettro sacro (shakujo) la Tessaiga di Inuyasha, oltretutto il monaco dispone di un'arma segreta: Il foro del vento (Kazaana).

Il pittore Kotatsu utilizza il potere di un frammento per animare gli oni dei suoi ritratti per raggiungere le sue ambizioni. Egli infatti vorrebbe creare un esercito di orchi in modo da conquistare il potere e avere la principessa di un castello tutta per sé. Il gruppo di Inuyasha assieme a Miroku (dopo una separazione temporanea) combattono il pittore infernale.

Sesshomaru è ancora furioso per non essere riuscito ad ottenere Tessaiga e per aver perso un braccio nel combattimento col fratello. Ad un certo punto, Naraku, ricoperto da una pelle di babbuino consegna al demone cane un braccio umano potenziato da un frammento, in modo che Sesshomaru possa impugnare Tessaiga.

Kagome tenta di aiutare Inuyasha e la sua vita viene messa in pericolo. Con un grande sforzo il mezzo-demone riesce a strappare il braccio umano al fratello riprendendosi la spada. Nel frattempo Sesshomaru si trova costretto ad abbandonare il frammento grazie ad uno stratagemma di Naraku per assicurarsi di riavere la scheggia, Sesshomaru non gradisce la cosa e tenta di ucciderlo, ma Naraku sfugge.

Kagome non riesce più a tornare nell'era Sengoku poiché a differenza di Inuyasha, lei dalla sua parte può attraversare il pozzo solo se possiede un frammento del gioiello. Intanto Kaede racconta la storia di un uomo di 50 anni fa chiamato Onigumo. Naraku soggioga il guardiano dei boschi Royakan con due frammenti della sfera per attaccare il gruppo di Inuyasha.

Kagome riesce a tornare nel presente grazie a Shippo che si era avvicinato alla superficie del pozzo con il pezzo della sfera. Inuyasha e gli altri riescono a sconfiggere Royakan e a liberarlo dalla soggiogazione. Kagome individua Naraku possessore di più di 20 frammenti.

Kikyo ancora in vita, vive tranquillamente in un villaggio giocando con delle bambine, un bonzo di nome Seikai capisce che ha a che fare con una non-morta e tenta di annientarla per il bene degli abitanti, la sacerdotessa però si rivela più forte e uccide il bonzo.

Il gruppo scopre che Kikyo è ancora in vita, e riesce a sopravvivere soltanto prelevando anime di defunti prima che questi ascendino al nirvana usando gli Shinidamachu. Inuyasha e Kikyo si incontrano e lei dopo averlo baciato tenta di portarlo con sé nella morte. La voce di Kagome che era lì presente resa invisibile da Kikyo, riesce a svegliare il mezzo-demone.

Il gruppo dei più valenti sterminatori del villaggio della Sfera dei Quattro Spiriti, stanno cercando di radunare tutti i frammenti, vengono allora richiamati in un forte per sconfiggere un demone ragno. In realtà si tratta di una trappola di Naraku, tutti gli sterminatori vengono uccisi da Kohaku, l'elemento più giovane del gruppo, controllato dalla ragnatela del presunto Re del castello.

Sango unica sopravvissuta del gruppo, viene curata da Hitomi Kagewaki, il figlio del falso Re. Naraku informa numerosi demoni dell'assenza dei più forti sterminatori, che allora sterminano il villaggio di Sango, sempre Naraku, abilmente fa cadere la colpa su Inuyasha, portando la sterminatrice e il mezzo-demone a combattersi a vicenda.

Sango per la gratutine al gruppo di Inuyasha, per averla salvata e per aver dato degna sepoltura ai suoi compagni, decide di raccontare loro tutta la verità sulla Sfera dei Quattro Spiriti portandoli alla caverna di Midoriko, la sacerdotessa che ha dato vita al gioiello.

Inuyasha and the gang meet Taromaru, the son of a village leader. They go to the Temple of the Water God, where children are being sacrificed. The Water God has a sacred treasure and toys around with the group.

After Miroku sucks a mantis demon into his Wind Tunnel, the demon manages to rip the tunnel. Panicked, Miroku returns to the home of his mentor, Mushin, to repair it. Haunted with memories of his father's death, Miroku must come to terms with his Wind Tunnel as demons attack Mushin's temple.

Naraku uses one of Sango's fellow demon slayers as a bargaining chip to try to persuade Sango into giving him Inuyasha's sword, Tetsusaiga.

In the hopes of saving Kohaku, Sango steals Inuyasha's Tetsusaiga and hands it over to Naraku. However, a battle against Naraku soon ensues.

While looking for an antidote to cure the ailing Kilala, Inuyasha and Kagome come across the herb garden of the half-demon, Jinenji, who is constantly bullied by the prejudiced locals.

Inuyasha and the others stumble across a cave full of demons fighting to the death. They soon discover that Naraku is using to find a new demon to integrate into his being. However, the large demonic aura brings Kikyo into the mess.

Acting under Naraku's request, Kikyo traps the Inuyasha gang with an illusory mist, causing them to have nightmarish visions.

Inuyasha and the others are introduced to Totosai, the swordsmith who forged Inuyasha's Tetsusaiga and Sesshomaru's healing sword, Tenseiga.

Inuyasha and Sesshomaru continue fighting for the Tetsusaiga. After the fight, while Sesshomaru is recovering, a little orphan girl, Rin, tries to bring him food. When her village is attacked by wolf demons, Sesshomaru returns the favor and helps Rin. Meanwhile, Kagome senses a jewel shard. Inuyasha and gang follow her lead to the massacred village, where they are quickly surrounded by wolves and Koga.

When Koga, a wolf demon, kidnaps Kagome and Shippo, Inuyasha, Miroku and Sango go on a rescue mission. But there's another foe they must defeat first, before they can reach their kidnapped companions.

Inuyasha and the group must battle the Birds of Paradise, before they can reach the wolf den. Meanwhile, back at the den, Koga expresses his true feelings for Kagome. When the final battle with the Birds ensues, will Inuyasha's jealousy cost Koga his life?

Kagome has returned home from the Feudal Era after an argument with Inuyasha. While waiting for Inuyasha to apologize, she spends time with her friends and Hojo approaches her, once again. Meanwhile, Inuyasha gets some advice from Kaede on the situation.

While Inuyasha's gang follows a demon bear with a jewel shard, Koga meets with some demons from the northern pack who tell him about their plan to storm a castle where a man has many jewel shards. When the chase leads Inuyasha and his comrades to the castle, they meet up with Koga, who is furious at the slaughter of the wolf demons.

While Miroku and Sango fight Naraku's demon puppet, Inuyasha and Koga continue their deadly battle, with Kagura planning to kill the winner.

Inuyasha and his companions come upon an orphan named Koharu, a young woman who believes she is in love with Miroku, after he helped her three years ago. When Koharu needs help again, they assist her and find her a home in a new village. When Naraku sends Kagura and Kanna to destroy Inuyasha and his companions, Koharu and the villagers become the new pawns in Naraku's devious plan.

Inuyasha and his group must defend themselves against an attack on multiple fronts. Kanna attacks Kagome, attempting to suck her soul into her mirror while Sango remains unconscious in the same room. Koharu tries to stab Miroku, while Inuyasha battles Kagura. Can Inuyasha use his Wind Scar to defeat her?

Inuyasha, though still recovering from his serious wounds, fights Goshinki, a demon who is eating an entire village.

Sesshomaru goes to a swordsmith, Kaijinbo, to get a new sword made from the fangs of the demon that broke Tetsusaiga, Goshinki. But something unexpected happens, and Kaijinbo attacks Inuyasha on the night of the new moon, when Inuyasha reverts to his human form.

Inuyasha, wielding a too heavy Tetsusaiga, tries to defend himself against Kaijinbo who has been possessed by Tokijin. Unbeknownst to Inuyasha, Sesshomaru is looking for Kaijinbo and the sword he had commissioned. Will Inuyasha be able to withstand his brother, when Sesshomaru reclaims Tokijin?

Naraku sends his two new incarnations, Juromaru & Kageromaru, to attack Koga, and also, Inuyasha and his companions. Can Inuyasha and Koga work together as a team to defeat these new foes?

As Inuyasha and the others recover from their battle with Juromaru and Kageromaru, Kagome goes home. Meanwhile, Naraku comes after Kikyo, and she must flee for her life.

Inuyasha and Kagome must sort out their feeings for each other, after Kagome has spied him with Kikyou, again. Who will Inuyasha choose?

While searching for Naraku's castle, Inuyasha and his group find Kohaku, who has lost his memory.

Sango and Kilala fight off demons in the woods, while Inuyasha and Miroku face off against Kagura, a horde of demons and Naraku's wasps. Meanwhile, Kagome faces Kohaku, who is being ordered to kill her by Naraku.