Doremì, una bambina delle elementari, scopre che Eufonia (Majo Rika), la proprietaria del negozio di articoli magici MAHO, è una strega. A causa di un incantesimo, secondo cui ogni strega che viene riconosciuta da un essere umano viene trasformata automaticamente in una ranocchia, Eufonia, diventata la rana Raganella, comincia a istruire Doremì fino a farle sostenere l'esame finale che la renderà una strega, in grado di farle riassumere il suo vero aspetto.

Doremì e la sua amica Melody (Hazuki Fujiwara) vogliono vivere l'una la vita dell'altra per un giorno. Doremì, ormai diventata apprendista strega, utilizza la magia per fare ciò, ma questo porta ad alcune conseguenze.

Una nuova ragazza di nome Sinfony (Aiko Senoo) arriva nella classe di Doremì e Melody, che rimangono stupite dalla sua allegria, ma con cui fanno subito amicizia.

Melody e Sinfony scoprono che Doremì può usare la magia: essendo però solo un'apprendista strega, non subisce alcuna trasformazione, ma Raganella è costretta a prendere con sé anche loro, dato che hanno scoperto l'esistenza della magia.

Le tre ragazze rimodernano e aprono il negozio di magia, dopo che Doremì l'ha quasi distrutto. Mentre aspettano clienti, annunciata da una canzone fa loro visita Dela, la strega che si occupa dei rifornimenti dei negozi di articoli magici.

Nobuko Yokokawa è famosa a scuola per raccontare bugie a tutti. Sinfony, che non la conosce ancora, la crede e ci rimane molto male quando capisce che le ha mentito.

Le tre bambine si preparano a sostenere il loro primo esame da apprendiste, ma Doremì passa il giorno a sorvegliare la sorellina minore Bibì (Pop), che vuole andare a casa dei nonni in treno da sola. Quando arriva il momento della prova, Melody e Sinfony passano all'ottavo livello e ricevono la loro fatina, mentre Doremì fallisce.

A Doremì viene data un'altra chance per passare l'esame, in cui dovrà trovare una medicina per Motamota, una delle esaminatrici. Fortunatamente la bambina passa, anche grazie all'aiuto di Melody e Sinfony, e riceve la sua fatina.

La fatina di Doremì, Dodò, scappa via dopo essere stata sgridata. Le tre bambine utilizzano il loro nuovo incantesimo, il Cerchio Magico (Magical Stage), per trovarla.

Attraverso delle foto, la signorina Seki e il vice preside scoprono che Doremì, Melody e Sinfony lavorano in un negozio, andando contro le regole della scuola. Con l'aiuto della magia, le tre spiegano che danno solamente una mano e che la proprietaria è loro parente.

Dopo essere stata presa in giro da Takao Kimura, Marina Koizumi, che ama i fiori, si rifiuta di prendersi cura delle aiuole del giardino scolastico. Melody la aiuta e le fa capire che Takao è pentito di quanto successo.

Un bambino di nome Misaki Shibayama fa vedere a tutti la sua maglietta per fare il tifo al fratello maggiore Daichi nelle partite di calcio.

Le apprendiste svolgono l'esame di ottavo livello, in cui hanno solamente tre ore per superare degli ostacoli, inconsapevolmente scelti in precedenza.

Naomi Okuyama viene presa in giro dal trio SOS per aver messo in mostra il suo lato femminile e si rifiuta di perdonarli, fino a quando non la fanno sorridere.

Raganella viene presa da Bibì, che la tratta come un peluche chiamandola Spumella e la porta con sé all'asilo.

Il padre di Doremì porta lei e le sue amiche a una battuta di pesca con un giovane ragazzo che condivide la sua passione.

Si diffonde la voce che Masaru Yada sia coinvolto in grossi guai e nessuno oltre alla signorina Seki e Melody crede non abbia fatto nulla. Doremì e le altre utilizzano la magia per scoprire se le voci che stanno dietro a lui sono vere.

Dopo un colpo di fortuna che permette loro di passare il settimo livello, le tre apprendiste utilizzano la magia per capire il rifiuto verso i coniglietti di Nanako Okada: scoprono, infatti, che la bambina una volta ha perso un cagnolino e ha paura di affezionarsi a un altro animale domestico, perché pensa potrebbe succedere la stessa cosa.

Per aver infranto le leggi del Mondo delle Streghe, Melody viene privata dell'uso della magia. Tuttavia, l'ultimo giorno della punizione, viene rapita da due imbroglioni e solamente Doremì e Sinfony la possono salvare.

Raganella perde in un gioco a carte contro Dela, ed è costretta a vendere il negozio alla sua rivale di sempre Malissa (Majo Ruka).

Dopo aver notato che le persone intorno a loro sono sempre malate per via dei talismani magici di Malissa, Doremì e le altre usano la magia per spezzare l'incantesimo.

Senza il negozio di magia, le bambine non hanno vie d'accesso per il Mondo delle Streghe e, di conseguenza, non possono sostenere l'esame di sesto livello.

Dopo che il padre regala a Sinfony una nuova armonica dicendo di buttare via la vecchia, a cui Sinfony è affezionata, la ragazza si arrabbia e scappa a casa di Melody. Lì trovano un modo per andare nel mondo magico e sostenere l'esame.

Con le loro nuove bacchette, gli Ultramusichieri (Couleur Poron), le tre apprendiste vincono la sfida contro Malissa sul controllo del negozio di magia MAHO.

Bibì, avendo visto sua sorella e le amiche usare la magia, diventa un'apprendista strega. Con i suoi nuovi poteri, crea il panico al pigiama party dell'asilo con dei fantasmi, ma Doremì, Sinfony e Melody risolvono la situazione.

La famiglia di Kanae Iida gestisce un ristorante di bistecche. Doremì e le altre scoprono che il locale è pieno di energia negativa e cercano di capire il perché. La Regina delle Streghe, intanto, le nomina Sentinelle (Pureleine), il cui compito, avendo un cuore puro, è catturare le Figure Nere.

Le apprendiste ricevono un computer magico (Purelein Personal Computer), in cui porre tutte le Figure Nere che catturano. Inoltre, fanno la conoscenza di Alexander, mago imprigionato all'interno dell'apparecchio che ha lasciato scappare le carte.

Doremì s'innamora di Yutaka, un giocatore di tennis, ma anche la sua compagna di classe Reika Tamaki ha messo gli occhi sul ragazzo.

Doremì perde accidentalmente il suo Jingle Set (Minarai Tap) alla fiera del festival estivo.

Doremì, Melody, Sinfony e i loro compagni di classe vanno al tempio della famiglia di Nobuaki Yamauchi per raccontare storie dell'orrore sui fantasmi e testare il loro coraggio.

Dopo il ritorno dalle vacanze estive, le ragazze si interessano al racconto del viaggio fatto in Mongolia dalla loro compagna di classe Shino Hanada. Nel frattempo devono anche sostenere l'esame di quinto livello.

Masaharu Miyamoto, con il supporto di Doremì e le sue amiche, sfida Reika Tamaki nelle elezioni del rappresentante di classe.

A scuola si tiene l'annuale incontro di atletica, ma una serie di inconvenienti comincia ad affliggere l'evento.

La madre di Sinfony arriva in città per vedere la figlia, ma non riesce ad affrontarla e guardarla in faccia per averla lasciata a causa del lavoro. Dopo aver scoperto che sua madre è venuta a farle visita senza poi vederla, Sinfony con Doremì e Melody va a Osaka in sella alla sua scopa magica per incontrarla.

La famosa idol e attrice Lullaby (Onpu Segawa) diventa compagna di classe di Doremì e le altre, le quali scoprono che anche lei è un'apprendista strega sotto l'istruzione di Malissa.

Per superare l'esame di quarto livello, le apprendiste devono fare una gara di corsa in un percorso pieno di ostacoli contro la lepre e la tartaruga più veloci del Mondo delle Streghe.

Una violenta tempesta colpisce il Mondo delle Streghe, facendo cadere nel mondo umano un gruppo di streghe-ranocchie. Le apprendiste devono trovare una soluzione per farle ritornare indietro, prima che qualcuno le scopra.

Ryota Hayashi ha una grande passione per i mostri, in particolare Gazamadon, e tutti lo prendono in giro per questo. Stanco di ciò, butta tutti i suoi giocattoli. Con l'aiuto del Cerchio Magico, Doremì, Melody e Sinfony fanno ricredere il ragazzo.

Il fratello che va alle medie di Maki Higuchi, Shuzo, vede Lullaby in divisa d'apprendista. Per non farsi scoprire, la ragazza usa la magia per distrarlo e farlo innamorare della prima persona che vede. La persona in questione si rivela essere Doremì.

Per superare l'esame di terzo livello e ricevere così una piantina che quando germoglia produce un sacco di Note Magiche, le apprendiste devono trovare e attraversare una porta magica entro un'ora di tempo. L'esame, inoltre, devono sostenerlo da sole separatamente, contando sulle loro sole forze e, nel caso, ricorrendo alla magia solamente due volte.

Shota Taniyama ama il gioco dello shōgi e riesce persino a battere il vice preside. Tuttavia, i suoi genitori sono contrari al suo desiderio di giocare. Con l'aiuto della signorina Seki, partecipa a un imminente torneo, arrivando in finale, ma comincia a diventare nervoso a ogni mossa che fa: questo porta Doremì, Melody e Sinfony a identificare la presenza di una Figura Nera.

Kota Amano, un ragazzo con la passione per i supereroi Battle Rangers, viene sfidato a combattere da un senpai, che crede erroneamente stia uscendo con Lullaby.

Reika decide di scappare di casa perché pensa che suo padre non si preoccupi per lei dato che non la sgrida mai. Anche Shiori Nakayama, spesso malata, ha problemi con suo padre.

Mutsumi Kudo, la più forte della classe che ama il wrestling, è una fan della lottatrice Candy Itō, ma rimane delusa quando questa annuncia un possibile suo ritiro.

Babbo Natale si ammala e chiede a Doremì e le amiche di distribuire i regali al suo posto.

Le ragazze aiutano Michiaki Watabe nel suo spettacolo da prestigiatore, visto l'assenza del padre. Intanto, per l'esame di secondo livello, alle apprendiste viene richiesto di intrattenere un gruppo di streghe con giochi di prestigio.

Il capo del padre di Sinfony organizza un appuntamento tra lui e sua figlia Midori per un possibile matrimonio, ma Sinfony non è pronta per una seconda madre.

Goji Nakata diventa una delle tante vittime di una e-mail inviata per scherzo da Piccolina (Hehe), la fatina di Malissa, in cui si chiedeva un appuntamento con Lullaby.

Il padre di Lullaby, che Lullaby non vede da sei mesi, è il nuovo conducente di un super treno espresso che si ferma in città. A causa di un'audizione, Lullaby non arriva in tempo per poterlo vedere, ma grazie alla magia di Doremì, Sinfony e Melody, riesce a salire sul treno e vedere così suo padre.

Per superare l'esame di primo livello e diventare streghe a tutti gli effetti, le tre bambine devono usare la magia per aiutare qualcuno nel mondo umano e ricevere il loro ringraziamento. Tuttavia le cose si complicano in peggio quando i familiari e amici scoprono il loro segreto.