While at camp, Tai, Matt, Sora, Izzy, Mimi, Joe, and T.K. come across seven Digivices and are transported to a strange Digital World where they make friends with creatures called Digimon who claim to be their chosen partners.

Gomamon, che è in grado di parlare con le creature acquatiche, fa in modo che i pesci presenti nel fiume del burrone salvino i ragazzi ed i loro Digimon, mentre Kuwagamon cade anch'egli nel fiume. Il gruppo viene portato a riva e prova ad individuare la propria posizione, cercando poi un modo per tornare a casa. Agumon rivela ai ragazzi che loro sono i primi esseri umani a mettere piede a Digiworld. Tai conduce il gruppo verso l'oceano, dove trovano diverse cabine telefoniche sulla spiaggia. Mentre il gruppo si riposa per decidere il proprio piano d'azione, subisce l'attacco da parte di uno Shellmon. Nessuno dei Digimon, eccetto Agumon, dispone della forza necessaria a combattere a causa della mancanza di cibo (Agumon ha infatti mangiato dei biscotti che TK e Joe avevano nei propri zaini). Tai viene catturato da Shellmon ed a quel punto Agumon digievolve improvvisamente in Greymon e scaglia Shellmon nell'oceano.

Il gruppo lascia la spiaggia e si ritrova nel bel mezzo di una lotta fra due Monochromon. I ragazzi riescono a fuggire indenni e, mentre il cielo sopra Digiworld si scurisce, si imbattono in un tram vicino ad un lago. Recuperato un po' di pesce per la cena, il gruppo stabilisce dei turni di guardia per la notte, ma Tai e Matt litigano su chi dei due dovrebbe fare il primo turno. Durante il primo turno, Tai risveglia inavvertitamente un Seadramon quando, per errore, scaglia un ramoscello infuocato sulla sua coda. Seadramon spinge il tram verso il centro del lago e cattura Matt. Gabumon digivolve in Garurumon e sconfigge Seadramon. Bambini e Digimon crollano tutti esausti dopo il combattimento.

The kids come to a Yokomon village to rest for the evening until a Meramon attacks.

Il gruppo si imbatte in una strana fabbrica, dove trovano un Andromon intrappolato all'interno di alcuni macchinari. Dopo averlo liberato, il Digimon improvvisamente li attacca. Izzy nel frattempo scopre degli strani codici, grazie ai quali riesce a causare la Digievoluzione di Tentomon in Kabuterimon. Kabuterimon, con l'aiuto di Greymon e Garurumon, distrugge l'Ingranaggio Nero che controlla Andromon. Scusandosi per il suo comportamento, Andromon mostra ai ragazzi la strada per raggiungere l'area successiva.

Mentre stanno scappando da alcuni Numemon che avevano precedentemente attaccato il gruppo nelle fogne, attraverso le quali stava lasciando la fabbrica, i bambini vengono divisi e Mimi finisce nella Città dei Balocchi dopo essere stata attaccata da Monzaemon. Una volta lì, la ragazza scopre che gli altri ragazzi si comportano in maniera strana, mentre gli altri Digimon sono prigionieri all'interno di un baule. Palmon riesce a digievolvere in Togemon e distrugge l'Ingranaggio Nero che controlla Monzaemon, liberando così gli altri ragazzi dall'attacco del Digimon che li aveva fatti comportare in modo così strano.[Note 2]

Il gruppo giunge ai piedi del Monte Mugen, ma Tai e Matt litigano sulla decisione di scalarlo o meno, con il primo convinto di doverlo fare così da tracciare una cartina della zona intorno a loro, mentre il secondo è fermo nel ritenere che sia troppo pericoloso. Infine, il gruppo sceglie di rimandare la decisione al giorno successivo, ma Joe e Gomamon decidono di scalare la montagna da soli durante la notte. Mentre si trovano sul Monte, i due vengono attaccati da Unimon. Tai e Sora arrivano ad aiutare gli amici, ma Gomamon riesce improvvisamente a digievolvere Ikkakumon e a distruggere l'Ingranaggio Nero che controlla Unimon. Il gruppo al completo si ritrova sulla vetta della montagna, scoprendo però di essere su un'isola nell'oceano, l'Isola di File.

I ragazzi finalmente incontrano colui che trama di impossessarsi dell'isola di File: si tratta di Devimon, capace di controllare gli Ingranaggi Neri. Il Digimon, insieme ad Ogremon e ad un Leomon controllato da un Ingranaggio Nero, attacca il gruppo, che però riesce a scappare. I ragazzi finiscono in una misteriosa casa che alla fine scoprono essere una allucinazione causata da Devimon. Devimon frammenta l'isola di File in diverse isole più piccole, separando così i ragazzi su diverse isole. Devimon va vicino a catturare Tai, tuttavia il Digivice del ragazzo libera Leomon, che inizia a combattere contro Devimon per dare a Tai il tempo di fuggire, anche a costo di essere catturato nuovamente dal Digimon malvagio.

Tai and Agumon land on a snow-covered island and are forced to defeat a Frigimon.

Mimi e Palmon vengono infastidite da Sukamon e Chuumon. Dopo essere riuscite a sfuggire ai due Digimon, le due riescono ad andare su un'altra isola, sulla quale sono atterrati anche Izzy e Tentomon, intenti a decifrare dei geroglifici presenti in alcune rovine che i due hanno scoperto. Dopo la riunione dei due gruppi, Mimi va via, infuriata del fatto che Izzy non le presti attenzione, e Tentomon la segue, finendo col perdersi in un labirinto presente all'interno delle rovine. Izzy riesce a guidare i due tramite il suo computer portatile, ma la ragazza ed il Digimon vengono attaccati da Centarumon. Izzy e Palmon riescono finalmente a trovare i rispettivi partner e a combattere tutti insieme contro Centarumon, distruggendo l'Ingranaggio Nero che lo controlla. Dopo la battaglia, Leomon fa la sua comparsa ed attacca i bambini prescelti, ma viene respinto da Centarumon e dalla luce dei Digivice dei ragazzi.

Portati alla deriva dal mare, Joe e Gomamon vengono attaccati da Ogremon. Gomamon digievolve Ikkakumon e sconfigge il Digimon, che è costretto a fuggire. Joe cade in mare e rischia di annegare e Gomamon, stremato dalla battaglia, non riesce a salvarlo. Sora e Biyomon salvano i loro amici, soccorrendoli dalla costa di un'isola. Gomamon si riprende e, con Sora e Biyomon, decide di nominare Joe capo del gruppo, per infondergli coraggio ed autostima. Una volta che anche Joe si riprende, i quattro raggiungono una chiesa, dove vengono fatti prigionieri dai Bakemon, Digimon simili a fantasmi. Biyomon e Gomamon digievolvono per sconfiggere Lord Bakemon, la fusione tra tutti i Bakemon presenti, ma è Joe a salvare la situazione con un canto giapponese, tradizionalmente usato per scacciare i fantasmi.[Note 3] I Bakemon vengono poi sconfitti da Ikkakumon e Birdramon che, alla fine della battaglia, trasportano rispettivamente Joe e Sora lontano dall'isola infestata.

TK e Patamon, ancora separati dal resto del gruppo, giungono nella Città della Rinascita, il posto dove nascono tutti i Digimon. Arrivati lì, vengono affrontati da Elecmon, guardiano dei piccoli Digimon e delle Digiuova. Elecmon sfida Patamon, avendo scambiato i due per intrusi. Per evitare un combattimento, TK propone che i due, per mettere fine alle ostilità, si sfidino al tiro alla fune. Patamon vince e si guadagna il rispetto e la fiducia di Elecmon. Tuttavia, Leomon ed Ogremon si stagliano minacciosi alle porte della Città della Rinascita.

T.K. is attacked in Primary Village by Leomon and Ogremon, until Tai, Matt, Izzy, Mimi, and their Digimon arrive to his rescue, where they use their Digivices to free Leomon from the Black Gears. Leomon later explains the legend of the "DigiDestined", a group of children from another world who will save the Digital World from evil forces.

Gennai urges the group to travel to Server to defeat another enemy. Gennai also tells about Crests that will allow Digimon to digivolve further. The kids build a raft and leave File Island and are taken by Whamon to where the Crests are hidden.

Whamon accompagna i ragazzi ed i Digimon fino alle coste di Server. Agumon sente l'odore di Koromon, sua forma precedente. Tuttavia, il gruppo s'imbatte nei Pagumon, non nei Koromon. I Digimon dei ragazzi sono insospettiti, ma i Pagumon offrono al gruppo cibo in abbondanza ed un alloggio. Intanto, Poyomon digievolve Tokomon. Di notte, tuttavia, Tokomon viene rapito dai Pagumon, che lo portano in un nascondiglio segreto, dietro ad una cascata, sorvegliata dai Gazimon. I Pagumon fingono di cercare Tokomon, ma Agumon trova realmente lui e moltissimi Koromon. I Gazimon combattono con Agumon, ma Tai e gli altri lo raggiungono. Tuttavia, arriva anche Etemon, malvagio Digimon simile ad una scimmia che si ritiene un cantante provetto e, con la sua musica, sottrae energia ai Digimon dei ragazzi. I Koromon conducono il gruppo verso una via segreta, dove Tai trova la sua Digipietra, quella del Coraggio.

While traveling in the desert the group is trapped by Etemon in a coliseum.

After getting lost in the desert, the group is taken aboard a ship traveling in the desert, headed by Kokatorimon. Kokatorimon captures all the boys and petrifies their partners. Biyomon and Palmon Digivolve and defeat him, and his ship crashes into a giant cactus. Mimi finds the Crest of Sincerity on top of the cactus.

When the group is attacked, Tai and Agumon are hesitant to fight since Digivolving into SkullGreymon. Piximon rescues and trains the DigiDestined at his facility, where Tai and Agumon are stranded in a cave as the others do manual labor. At night, Matt and Izzy sneak away to find the Crest of Friendship and the Crest of Knowledge. However, they are detected by the Dark Network as Etemon sends a Tyrannomon after them. Tai and Agumon regain the courage to fight, leaving to Agumon Digivolve into Greymon and defeating Tyrannomon.

After Izzy receives an e-mail from Datamon, who asks them to rescue him from Etemon's pyramid in exchange for Sora's Crest, T.K. finds the Crest of Hope. Tai, Sora, Izzy, and Joe infiltrate the pyramid, with Tai being overconfident that the Digital World is a virtual reality. However, once Datamon is freed, he kidnaps Sora and Biyomon. Tai becomes too frightened to pursue Datamon after Izzy warns him that they could die.

While the rest of the DigiDestined distract Etemon's forces, Tai and Izzy infiltrate the pyramid to save Sora, where Datamon plans on cloning her to use her Crest and Biyomon to enact revenge on Etemon. Tai musters his courage and saves Sora while Datamon activates the Dark Network to absorb data, including Etemon. Etemon, fused with the Dark Network, fights the DigiDestined, but Tai's Crest allows Greymon to Digivolve into MetalGreymon. When Etemon is defeated, a portal swallows him while Tai and Koromon are sent to Tokyo.

Tai and Koromon arrive home, where they meet Tai's younger sister, Kari, and also learn that not much time has passed since they were in the Digital World. Later, Tai gets a message from Izzy telling him not to return, and he discovers that Digimon are appearing in the Real World. He concludes that they must return to the Digital World and help their friends. After Koromon Digivolves to Agumon to battle an Ogremon, a portal opens and transports both of them back to the Digital World.

Tai and Agumon return to the Digital World to find Tokomon, who reveals that everyone has split up to find them after weeks since their disappearance. Meanwhile, DemiDevimon causes a rift between T.K. and Tokomon and secretly plans on feeding T.K. amnesic mushrooms. Agumon exposes DemiDevimon, and Tokomon Digivolves into Patamon to drive DemiDevimon away.

Matt, Gabumon, Joe, and Gomamon are forced to work at Digitamamon's diner to pay off a meal.

Izzy is trapped in Vademon's pocket dimension and robbed of his curiosity. DemiDevimon attempts to buy Izzy's Crest from Vademon and, in the confusion, Izzy recovers his Crest and his curiosity.

Tai, Joe ed i rispettivi Digimon giungono in un castello, dove trovano Mimi, la quale è trattata come una principessa dai Gekomon e dagli Otamamon, che affermano che soltanto lei, con il suo canto, è in grado di risvegliare il loro re ShogunGekomon. Quando Tai e Joe provano a farle cambiare idea e a portarla con loro con un trucco, Mimi li fa imprigionare. Grazie a Sora, durante la notte, Mimi si accorge del suo cambiamento e del suo comportamento riprovevole e, dopo aver chiesto scusa a tutti, inizia a cantare. I Gekomon e gli Otamamon avevano ragione: ShogunGekomon si sveglia, ma si infuria per essere stato svegliato durante un sogno che gli piaceva molto. ShogunGekomon distrugge il palazzo ed attacca i Gekomon, gli Otamamon ed i ragazzi. Mimi, in pericolo, viene salvata da Togemon. MetalGreymon, invece, riesce a sconfiggere ShogunGekomon.

The DigiDestined find Sora, realizing that she had been helping them in secret. Sora is convinced by DemiDevimon that her Crest would never glow, recalling her relationship with her mother. That night, Myotismon appears, defeating the Digimon. Sora tries to stop an injured Biyomon from fighting for her well-being and realizes that her mother's actions towards her were the same. Birdramon is able to Digivolve into Garudamon, and the DigiDestined escape.

Gennai appare improvvisamente ed informa i ragazzi dell'esistenza di un ottavo Digiprescelto, che vive anch'esso in Giappone, e che Myotismon sta progettando di andare nel mondo reale con un'armata di Digimon malvagi per trovarlo/a. I Digiprescelti riescono ad intrufolarsi nel castello di Myotismon per cercare di fermare il suo tentativo di aprire un passaggio che gli permetterà di accedere direttamente al mondo reale, più precisamente a Tokyo. Tuttavia, i ragazzi vengono rallentati da Gatomon, tirapiedi di Myotismon, che anima diverse statue di Devidramon per costringerli a combattere. Poco prima che il portale si chiuda, Gatomon raggiunge Myotismon e giunge anch'ella a Tokyo, facendo in modo che il gruppo dei Digiprescelti rimanga a Digiworld.

The DigiDestined travels to Gennai's home, where he unravels secrets about the Digital World. They return to Myotismon's castle to open the gate and battle Dokugumon. The fight causes the castle to crumble as WereGarurumon destroys Dokugumon, but they manage to open the gateway and escape through it.

The DigiDestined find themselves back at camp, learning they were only gone for a few minutes. They proceed to head towards Highton View Terrace to try to find the eighth child. There, a battle between Garudamon and Mammothmon helps them recall them witnessing a battle four years ago between a Greymon and a Parrotmon. They surmise that the eighth child must have also seen the fight.

I Digiprescelti hanno una serie di disavventure nel tentativo di tornare a casa, a Odaiba. I ragazzi prendono la metropolitana, mentre i loro Digimon fingono di essere dei pupazzi. Purtroppo, durante il viaggio, i ragazzi si addormentano, saltando la loro fermata. Riescono tuttavia ad ottenere un passaggio in un furgone. L'autista, accidentalmente, spinge Izzy da un ponte. Grazie all'intervento di Motimon, digievoluto Tentomon, riesce a salvarsi. Intanto, nel fiume sottostante il ponte, appare il malvagio Gesomon, ma Ikkakumon riesce a sconfiggerlo. Successivamente, il Digimon trasporta i ragazzi verso casa.

After the DigiDestined return home, the eighth child's Digivice gets carried off by Tai's cat and sets off a signal that brings in DemiDevimon, Raremon and Izzy. Kabuterimon manages to defeat Raremon, but Izzy and Tentomon's search leads them to no results.

Gli avvistamenti di vari Digimon giunti sulla Terra sono ormai sulla prima pagina di tutti i giornali ed alla televisione, a Tokyo, non si parla d'altro. Tai e gli altri si dividono in coppie per cercare l'ottavo Digiprescelto: Tai ed Izzy, Matt e TK, Sora e Mimi. Joe, intanto, resta a casa a telefonare a tutti i ragazzi che abitavano ad Hikarigaoka per cercare degli indizi. I gruppi iniziano a perlustrare Hikarigaoka e Shibuya, mentre Gatomon incontra Kari: il Digimon si chiede se sia proprio lei l'ottavo Digiprescelto. Sora e Mimi vanno sulla Torre di Tokyo, venendo assalite da SkullMeramon. Birdramon e Togemon provano a rallentarlo, ma sono troppo deboli. Tai ed Izzy arrivano in soccorso mentre SkullMeramon cerca di spezzare in due la torre e Kabuterimon interviene per non farla cadere. Intanto, Greymon superdigievolve MetalGreymon e sconfigge SkullMeramon.

T.K. and Patamon get into a fight on their way home, and when Patamon flies off, Matt and T.K. follow him into Shibuya. They encounter Pumpkinmon and Gotsumon, who are more interested in having fun rather than helping Myotismon. When they refuse to fight Matt and T.K., Myotismon punishes them. Angered, WereGarurumon and Angemon drive Myotismon away.

Gatomon continua a seguire Kari, ma nemmeno il Digimon riesce a spiegarsene il motivo. Wizardmon, servo di Myotismon, trova l'ottavo Digivice, ma lo consegna a Gatomon: i due sono amici da molto tempo. Wizardmon ricorda che Gatomon, un tempo, gli disse che stava cercando qualcuno, ma non riusciva a ricordarsi chi fosse. Quindi la porta da Kari e fa incontrare la bambina ed il Digimon, rivelando ciò che era ormai palese: Kari è l'ottavo Digiprescelto e Gatomon è in realtà il suo Digimon partner. Wizardmon e Gatomon vanno quindi alla ricerca dell'ottavo Digimedaglione con relativa Digipietra della Luce, che però Myotismon tiene con sé. Il Digimon malvagio prende atto del tradimento dei due ed inizia a combattere contro Wizardmon e poi contro Greymon, intervenuto insieme a Tai dopo essersi accorto del combattimento. Tuttavia, il combattimento termina in favore del Digimon malvagio, che cattura Gatomon e ferisce molto gravemente Wizardmon, per poi scappare.

Myotismon creates a barrier of fog around Odaiba and evil Digimon roam the streets. Bakemon and Phantomon begin taking people from their homes and holding them prisoner.

Myotismon uses Gatomon to try and identify the eighth child. Kari is found by Phantomon and gives herself up so that Matt and Sora are not harmed.

The DigiDestined reunite at Fuji TV Station to fight Myotismon and Phantomon. Myotismon tries to kill Kari and Gatomon, Wizardmon sacrifices himself to protect them. Distraught, Kari causes Gatomon to Digivolve into Angewomon, destroying Myotismon with a combined attack. However, fog still remains around Odaiba.

Gennai parla ai ragazzi di una profezia che potrebbe salvare il Mondo reale e quello dei Digimon, ma prima Izzy e gli altri devono essere in grado di decifrarla. Intanto, dei pipistrelli attaccano tutti i Digimon di Myotismon e, assorbiti i dati di tutti, compreso DemiDevimon, si fondono insieme, creando VenomMyotismon. Patamon e Gatomon digievolvono Angemon e Angewomon e tutti gli altri Digimon digievolvono a loro volta, sperando di fermare VenomMyotismon. Angemon ed Angewomon, dopo che il gruppo riesce a decifrare la profezia, lanciano, rispettivamente, la Freccia della Speranza verso Matt e quella della Luce verso Tai, permettendo così a Gabumon ed Agumon di megadigievolvere in MetalGarurumon e WarGreymon.

With the help of the entire team and their Digivices, WarGreymon and MetalGarurumon are able to defeat VenomMyotismon. However, immediately following the battle they must leave for the Digital World, which is once again in danger.

As the DigiDestined return to the Digital World, they encounter Chuumon, who tells them that the Dark Masters have taken over the Digital World while they were in Tokyo. The DigiDestined face the Dark Masters, who overpower their Digimon, and Chuumon sacrifices himself to protect Mimi. Pixiemon arrives to save the DigiDestined, sacrificing himself to allow them to escape.

I Digiprescelti fanno ritorno sulla spiaggia dove combatterono Shellmon, che li attacca nuovamente su ordine di MetalSeadramon. Tuttavia, senza bisogno di digievolvere, i Digimon di livello intermedio riescono a sconfiggerlo: sono molto più forti ora. MetalSeadramon invia un altro suo scagnozzo, Scorpiomon. Scorpiomon e MetalSeadramon per poco non uccidono i ragazzi, ma Lillymon e Zudomon salvano i Digiprescelti. Tai e gli altri iniziano a dubitare delle capacità dei loro compagni Digimon rispetto a quelle dei Padroni delle Tenebre. MetalSeadramon, intanto, torna alla carica e Lillymon si ferma per permettere la fuga dei ragazzi, trasportati via da Zudomon. Solo grazie all'intervento di Whamon i Digiprescelti ed i loro Digimon riescono a scappare dal Padrone delle Tenebre.

Just as the kids are about to be destroyed by MetalSeadramon, Whamon comes to their rescue and they flee to the bottom of the ocean. However, when MetalSedramon catches up to them, a battle begins.

Whamon sacrifices himself while saving WarGreymon, allowing WarGreymon to defeat MetalSeadramon. The DigiDestined proceed to Puppetmon's forest, where he separates them, causing Matt to become overprotective of T.K. Puppetmon forces T.K. to play deadly game of hide-and-seek in exchange for the DigiDestined's safety, but T.K. tricks him and sabotages his control room. After the other DigiDestined regroup and defeat Kiwimon, Matt becomes discouraged seeing that T.K. has escaped without his help.

While Puppetmon orders Garbagemon to attack the DigiDestined, Matt withdraws and meets Cherrymon. Cherrymon convinces him to defeat Tai, who he claims is the source of Matt's self-doubt. Matt returns to the DigiDestined and demands Tai to fight him, while Cherrymon is killed by Puppetmon after warning him not to underestimate an advantage that the DigiDestined have over him.

Matt e Tai iniziano a litigare: Matt vuole andarsene per sempre dal gruppo. Intanto, WarGreymon e MetalGarurumon iniziano a combattere. Era questo il piano iniziale di Cherrymon ma, improvvisamente, un'entità amichevole entra nel corpo di Kari. I ragazzi, con i loro Digimon, iniziano a volare. "Kari" inizia a spiegare ai ragazzi i motivi per cui vennero originariamente scelti per andare a Digiworld e che ogni Digimedaglione rappresenta la qualità migliore di ogni Digiprescelto. Al termine della storia, Kari ritorna in sé, mentre Matt decide di rimanere solo e se ne va nuovamente. Anche Mimi decide di separarsi dal gruppo: non vuole combattere contro i Padroni delle Tenebre ed essere causa della morte di altri Digimon. Joe decide di restare con lei, stanco di dover lottare e desideroso di proteggere Mimi.

Joe and Mimi rescue an injured Ogremon, while Etemon returns as MetalEtemon to take revenge on them. Meanwhile, Tai's group infiltrate Puppetmon's mansion with the help of two of his playmates, keeping Puppetmon at bay with his own cannon.

SaberLemon rescues Joe and Mimi, but they are found by MetalEtemon again. He destroys MetalEtemon with Joe and Zudomon's help but dies from a fatal wound from protecting Mimi. At the same time, Puppetmon is defeated by the DigiDestined and destroyed by Matt and MetalGarurumon upon escaping. Recognizing Puppetmon's defeat and Leomon's sacrifice, Mimi regains her will to fight as she and Joe decide to gather more reinforcements while Tai's group fights the remaining Dark Masters.

Kari falls ill, and Tai becomes nearly hysterical in his attempts to help her. Machinedramon attacks them in a mechanical city under his control, and the group is separated.

Separated in the sewers, the DigiDestined must reunite while under attack.

Tai, Izzy e Kari sono costretti ad affrontare la potente LadyDevimon, seguace di Piedmon, che inizia un combattimento estenuante con Angewomon, mentre Sora e TK vanno in cerca degli altri. Angewomon, nonostante faccia del suo meglio, sembra avere inizialmente la peggio. Joe e Mimi incontrano nella Città della Rinascita Elecmon, al quale i due chiedono di appoggiare la loro causa. Ma, improvvisamente, Joe annuncia che lui e Gomamon stanno per lasciare temporaneamente il gruppo per andare a cercare Matt e Gabumon. Nel frattempo, con l'aiuto di MegaKabuterimon che para un colpo mortale destinato ad Angewomon ma che ne esce illeso grazie alla sua dura corazza, il Digimon angelico riesce a sconfiggere LadyDevimon. Dopo la sconfitta del Digimon, è Piedmon a minacciare il gruppo e WarGreymon si prepara ad affrontarlo in un combattimento uno contro uno.