Dopo che un disastro ha tramutato l'umanità in pietra, Taiju mantiene viva la sua coscienza con il potere dell'amore. Molti anni dopo si risveglia e scopre di non essere solo.

Con una quantità di liquido sufficiente a risvegliare solo una persona, Senku e Taiju si preparano a liberare Yuzuriha, ma l'apparizione di leoni affamati complica le cose.

Senku è consapevole e timoroso degli inquietanti principi morali di Tsukawa, e lo manda via, mentre assieme a Taiju cerca di risvegliare Yuzuriha e trovare possibili armi.

Taiju dimostra involontariamente la riuscita dell'esperimento di Senku sulla polvere da sparo. I due amici trovano tracce di altri sopravvissuti e prendono una decisione rischiosa.

Servendosi delle stesse conoscenze scientifiche che Senku ha rifiutato di rivelare, Taiju e Yuzuriha sfuggono all'impeto omicida di Tsukasa. Poi fanno una scoperta sorprendente.

Taiju supplica Senku di risvegliarsi nel presente, mentre il flashback del risveglio di Senku continua. Nel frattempo una misteriosa ragazza attacca Tsukasa.

Senku si unisce a Kohaku per accompagnarla al suo villaggio, e così conosce Chrome, un sedicente stregone che vuole contrapporre le sue abilità alle conoscenze scientifiche di Senku.

I tre ricevono aiuto da una ragazza del luogo chiamata Suika nella ricerca di un antibiotico che salvi Ruri, ma avranno bisogno di molta più manodopera dal villaggio.

La tattica del ramen funziona, ma attrae l'attenzione di un mago con alleanze discutibili. In seguito un improvviso temporale si trasforma in un'opportunità.

Mentre Gen ammira il generatore di Senku, un aggressore armato di lancia lo coglie di sorpresa. In seguito Suika scopre che l'assalitore ha una storia in comune con Kohaku.

Allentata la pressione dopo le false informazioni che Gen ha fornito a Tsukasa, Senku usa sabbia di quarzo per risolvere un problema per Suika. Kohaku si allena per il Grand Bout.

Senku dimostra come la sua lancia non sia solo un'arma appuntita. La sua prossima destinazione è una sorgente tossica di acido solforico da cui potrebbe non tornare vivo.

Senku ha bisogno di alcol per produrre l'antibiotico e partecipa al Grand Bout per procurarselo. Magma escogita un piano per negare ai suoi avversari la possibilità di vincere.

Il torneo Grand Bout continua e Magma escogita un perfido trucco per immobilizzare Kinro. In seguito Chrome lotta contro il tempo per mettere fine agli sporchi giochi di Magma.

La cieca ambizione di Ginro e le difficili condizioni di Chrome complicano i piani di Senku, che dovrà procurarsi l'alcol necessario a salvare Ruri prima che finisca il tempo.

Senku diventa il capo e può finalmente curare Ruri. Lei gli svela un antico racconto tramandato dalla sua famiglia sull'astronauta Byakuya, suo padre.

Byakuya insiste a rischiare la vita recandosi nel luogo dove ha avuto inizio la pietrificazione. La squadra usa le conoscenze acquisite per costruire un piccolo villaggio.

Le truppe di Tsukasa attaccano il villaggio e il loro scaltro capo Hyoga ha presto la meglio su Kinro. Senku usa la scienza per mostrare loro la potenza di armamenti superiori.

Hyoga rivela le vere intenzioni del suo attacco fallito. Mentre il villaggio è in pericolo, Suika sfrutta la sua conoscenza delle insidie del luogo per salvarlo.

Senku dichiara che costruirà un telefono cellulare in pochi mesi, in previsione di un attacco che Tsukasa intende sferrare in primavera. Il primo passo richiede zucchero filato.

Gli "inventori" del villaggio entrano in azione creando batterie, lampadine e una pompa a vuoto prima di iniziare a lavorare sui componenti centrali del cellulare.

Senku deve procurarsi del tungsteno per creare un filamento abbastanza resistente e guida una spedizione in una vicina grotta, dove però lo attendono pericoli imprevisti.

Il tungsteno va macinato e trasformato in una polvere che andrà poi riscaldata a temperature molto alte. Senku dice alla sua squadra che è pronta per lavorare autonomamente.

Il villaggio mette alla prova il telefono e con grande sollievo scopre che funziona perfettamente. Ruri dà a Senku un'indicazione che lo porta a un artefatto storico nascosto.