I tuttofare Yun e Haberu indagano su alcuni suoni provenienti da una villa abbandonata e scoprono la fonte nelle vicinanze. Nel frattempo Mei sente la stessa musica.

Yun, Goro e il robot Jet Jaguar si scontrano con Rodan, un ostile kaiju simile a uno pterosauro. Mei si reca a Tokyo per incontrare una ricercatrice di fama mondiale.

Una legione di Rodan si avvicina a Nigashio. La squadra della fabbrica Otaki fa di tutto per attirarli via dalla città, ma si trova presto circondata.

Yun e Haberu deducono che Misakioku potrebbe essere collegato all'invasione di Rodan. Mei partecipa a una lezione a Dubai, dove la prof.ssa Li rivela nuovo materiale.

Salunga emerge dalle profondità del centro ricerche di Upala ricoperto di polvere rossa. Altrove Yun osserva l'incredibile abilità dimostrata da Anguirus.

Mei scopre un codice misterioso nella ricerca del professor Ashihara. La squadra Otaki partecipa agli sforzi di sterminio della città e affronta Anguirus.

Un kaiju gigante atterra a Tokyo seguendo un gruppo di Manda. Il volo verso Londra di Mei e della prof.ssa Li è dirottato su Milano dalla polvere rossa.

Forze di terra sotto il comando di Matsubara rispondono all'attacco di Godzilla contro Tokyo. Giunta a Londra, Mei cerca di decifrare la ricerca di Ashihara.

Godzilla continua ad avanzare su Tokyo e copre la città di polvere rossa. La squadra Otaki si precipita a salvare una persona intrappolata da un kaiju simile a un ragno.

Di ritorno alla villa di Ashihara, Yun e Haberu tentano di decifrare la ricerca del professore utilizzando Jet Jaguar. In India, Lina porta Mei a incontrare BB.

Prima di andare al Computer Sovratemporale, BB mostra a Mei il Punto di singolarità. La squadra Otaki parte per Tokyo per distruggere Godzilla.

Mei scopre che una grande esplosione è stata causata anni fa dal computer di Ashihara. Kanoko dà a Matsubara il diagonalizzatore ortogonale da usare contro Godzilla.

Mei, BB e Pelo 2 tentano di evitare la catastrofe, ma Salunga tende loro un'imboscata. Nel frattempo, la squadra Otaki sferra l'attacco finale a Godzilla.