Questo episodio introduce gli aspetti e le regole di base del Duello Turbo, del Mondo della Velocità e dei nuovi mostri Synchro e Tuner. Rally dà a Yusei un chip rubato per aggiornare il suo Duel Runner, ma sono braccati dalle forze di sicurezza. Yusei allontana i loro inseguitori e viene trascinato in un Duello Turbo contro Trudge, uno degli ufficiali della Sicurezza.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco.

Yusei riflette sulla sua battaglia passata con Jack, giurando di riconquistare la sua carta Stardust Dragon che Jack gli ha tolto. Più tardi, Tank, Nervin e Blitz vengono sfidati da un gruppo di teppisti, guidati da una persona di nome Uryu. Yusei interviene per aiutare i suoi amici e finisce in un duello contro Uryu con il suo Duel Runner in gioco

Yusei, intenzionato a riconquistare il suo Drago di Stardust, incontra Jack e lo sfida a un Duello Turbo. La battaglia inizia nell'ormai deserto Duel Stadium. Yusei si trova ad affrontare non solo il temibile Arcidemone Drago Rosso, ma anche il suo stesso Drago di Stardust che Jack ha piazzato nel suo mazzo.

La battaglia tra Yusei e Jack continua, con Yusei che finalmente riprende il controllo di Stardust Dragon. Sia Yusei che Jack bruciano le braccia di Yusei e Jack mentre Stardust e l'Arcidemone Drago Rosso si scontrano, ed entrambe le loro voglie a forma di drago iniziano a risplendere. Un terzo Drago appare nel cielo, rosso fuoco. Il duello si conclude senza vincitori e con la comparsa delle forze di sicurezza di New Domino City.

Yusei viene arrestato e spedito in un centro di detenzione, dove incontra un vecchio di nome Yanagi, che duella usando quello che lui chiama il suo mazzo "Tesoro nascosto". Yanagi si scontra con un altro prigioniero, Bolt Tanner - e in breve tempo si rivela essere un pessimo duellante. Sebbene manchi di abilità, tiene ancora molto alle sue carte, cosa con cui Yusei può avere a che fare. Nel frattempo, Goodwin passa in rassegna il duello di Jack con Yusei, e scopre che, se non fossero stati interrotti dalla comparsa del Drago Cremisi, Jack sarebbe stato sconfitto.

Yusei ne ha abbastanza di sentire Tanner che si prende gioco delle carte di Yanagi e delle sue abilità da duellante, così prende il mazzo di Yanagi e sfida Tanner a duello, con grande sorpresa di tutti, visto che Yusei non sta duellando con le sue solite carte. Yusei vuole insegnare a Tanner che ogni mazzo ha una strategia vincente, indipendentemente dal suo valore per gli altri. Goodwin rivela a Jack la leggenda del Popolo delle Stelle, dei Signers e del Drago Cremisi.

Yusei viene interrogato per avere informazioni sul suo Marchio del Drago, e Goodwin viene al centro di detenzione per parlare ulteriormente con lui. Yanagi dice a Yusei cosa sa dei Signers e dei cinque draghi, e sospetta che il Drago di Stardust di Yusei possa essere uno dei cinque. Nel frattempo Jack duella di nuovo con Hunter, ma è fuori gioco dopo la sua sconfitta contro Yusei.

Yusei viene trasferito in un'altra cella, lontano da Yanagi. Il suo nuovo compagno di cella, Alex, progetta di fuggire e si offre di portare Yusei con sé, ma si rifiuta di andarsene senza Yanagi e Tanner. Nel frattempo Armstrong tormenta Tanner, e Yusei finisce in un duello contro di lui, usando un mazzo costruito con carte preziose che gli sono state date da tutti gli altri prigionieri.

Yusei è intrappolato nella trappola di Armstrong - non solo è costretto a scartare dieci carte ad ogni turno, ma ogni Life Point perso fornisce anche una dolorosa scossa elettrica. Armstrong ha disattivato la corrente elettrica al suo Duel Disk, e quindi non sente alcun dolore, finché Alex non irrompe nella sala di controllo. Riprende a scorrere la corrente, ma Armstrong si rialza e continua ad andare avanti. Nonostante le probabilità schiaccianti, Yusei riesce a cavarsela e a vincere il duello. Gli è permesso di lasciare la prigione.

Anche se ora è fuori dal centro di detenzione, Yusei ha notato che è seguito dagli agenti di Goodwin. Per fortuna, viene preso da un ex duellante di nome Blister, l'uomo che Tanner gli ha detto che potrebbe aiutarlo a recuperare il suo Duel Runner e il suo mazzo di duelli. Dopo aver scoperto il passato di Blister, Yusei si infiltra nella torre di Goodwin e recupera finalmente il suo Duel Runner e il suo mazzo da duello, ma non prima che Trudge si faccia vivo e lo sfidi a un altro Turbo Duel.

Yusei continua ad evitare i brutali attacchi diretti di Trudge mentre cerca di fuggire con l'aiuto di Bliser, ma da lì le cose si fanno più difficili. Nonostante il pericolo, Yusei decide di ripristinare la fiducia di Blister nei legami con le altre persone. Quando Trudge fa uscire Goyo Guardian, Yusei mette a punto quattro dei suoi deboli mostri per evocare Turbo Warrior.

Yusei riesce a fuggire dalla polizia, ma si schianta con il suo Duel Runner e perde i sensi. Quando si sveglia, è stato salvato e nascosto alla polizia dai duellanti gemelli Leo e Luna, che vivono nella zona di Tops a New Domino City. Rallegrato di vedere che Yusei sta bene, Leo gli chiede un amichevole mazzo Junk di Yusei contro il mazzo Morphtronic di Leo.

Mentre si prepara per la Fortune Cup con Blister, Yusei si riunisce con Tanner e Yanagi. Mentre si preparano a testare il mazzo di Yusei, si confrontano con Jack, che restituisce il Drago di Stardust a Yusei. Più tardi, Leo racconta loro di un duellante chiamato la Strega della Rosa Nera. Quando appare davanti a loro, il Marchio del Drago sul braccio di Yusei comincia a reagire.

La Fortune Cup è ufficialmente iniziata e il primo duello si è svolto contro Leo, che si è travestito da sua sorella Luna, che non ha voluto partecipare. I mostri delle macchine aeronautiche di Krieger stanno dando del filo da torcere ai mostri Morphtronic di Leo. Intanto Zigzix, lo scienziato di Goodwin, mette alla prova la sua ultima invenzione: un dispositivo che rileva le attività dei firmatari. Ma Leo non ne è influenzato, mentre Luna lo è. Leo perde il duello e Zigzix scopre che Luna era sugli spalti durante il duello.

Il prossimo duello nella Fortune Cup prevede Gill de Randsborg contro Akiza. Randsborg ha imparato da Goodwin e Lazar che Akiza è la Rosa Nera. All'inizio, i suoi mostri livellati da Cavaliere Mascherato sembrano dargli un chiaro vantaggio, fino a quando Akiza lascia che tutti nello stadio siano testimoni dei pericoli dei suoi mostri vegetali, della sua carta degli incantesimi sul campo e, infine, del suo Drago Rosa Nera.

Il prossimo nella Fortune Cup è un duello di equitazione tra Yusei e un misterioso duellante con il mantello chiamato Shira, ma con sorpresa di Yusei e Jack, lo sfidante è in realtà Hunter Pace che ha preso il posto della vera Shira e si è travestito poco prima dell'inizio del duello. Yusei deve ora affrontare il mazzo di Pace pieno di potenti mostri di Fuoco, un mazzo migliorato che Pace ha pianificato di usare più tardi contro Jack.

Il primo turno della Fortune Cup è finito, ma Rex Goodwin sta tenendo una partita di consolazione, che si oppone al professor Frank contro la vera Luna, con grande disappunto di Leo. Non solo Luna è riluttante al duello, ma il duello stesso è programmato per scoprire le capacità di Luna come firmatario. Inoltre, il professor Frank fa un discorso commovente che manda Luna in uno stato di trance, sconvolgendo le sue capacità di duello.

Luna si impegna in un duello con il professor Frank quando sente una voce misteriosa che dice: "Hai detto... che avresti protetto il mondo degli spiriti dei Mostri Duellanti. "Poi, la voce prende forma sotto forma di Antica Fata Drago". Ora, Luna deve prendere tutto il suo coraggio e la sua abilità a portata di mano per sconfiggere l'asso nella manica del professor Frank.

Il primo giorno della Fortune Cup volge al termine. L'attenzione del pubblico è rivolta all'immagine di Krieger, che domani affronterà Yusei. Come dice Tanner che si chiede che tipo di Duel Runner Krieger usi, qualcosa viene in mente a Leo, facendolo allontanare.

Krieger convoca con successo Flying Fortress SKY FIRE e usa il suo effetto per impedire a Yusei di giocare bene le sue carte. Quello che Yusei non sa è che Krieger ritiene Goodwin responsabile della distruzione del suo villaggio natale.

Il secondo turno della finale vede Akiza contro il comandante Koda. Koda ha ricevuto l'ordine da Goodwin di esporre Akiza come firmatario, cosa che non ha funzionato nell'ultimo duello di Akiza. Inoltre, Koda può esporre il passato dei suoi avversari per metterli fuori gioco. Non ci vuole molto a smascherare la fastidiosa reputazione di Akiza come la Rosa Nera, risvegliando ad Akiza ricordi dolorosi.

Prima dell'inizio dei turni finali della Fortune Cup, Yusei si confronta e interroga Akiza all'interno di un passaggio interno dello Stadio dei Duelli sul perché chiama il Marchio del Drago "Marchio del Drago". A questa domanda risponde con rabbia che lei odia e detesta la persona che porta un marchio di nascita. Inoltre, mentre si arrabbia, Akiza sente che qualcosa rimane nascosto dentro di lei. Yusei, che è pieno di dubbi, inizia il suo Duello con Akiza.

Il duello tra Yusei e Akiza continua, e Akiza prende rapidamente il sopravvento. Yusei, da parte sua, riesce a mettere una buona difesa contro i mostri vegetali di Akiza, ma nota anche che Akiza prova un piacere immenso nell'attaccarlo senza pietà.

Yusei vince la sua partita contro Akiza, ma è riluttante perché non può aiutarla come vorrebbe. Poi si precipita alla torre di Goodwin per salvare i suoi amici, ma quello che trova è Jack insieme a Goodwin, e spiega come è cominciata la sua rivalità con Yusei. Poco dopo si svolge il duello finale tra Jack e Yusei, e con sorpresa di Yusei, i suoi amici di Satellite sono sani e salvi, liberati dal container che serviva da prigione a Satellite, e tutti guardano Yusei mentre duella.

Le finali della Fortune Cup continuano mentre Yusei convoca Stardust Dragon per combattere l'Arcidemone del Drago Rosso di Jack. Mentre la battaglia prosegue, il Drago Cremisi appare e Goodwin, rivelando di essere il quinto firmatario e di avere un braccio mozzato in un carro armato con il Marchio del firmatario finale, mostra a Yusei, Jack, Akiza e Luna bizzarre visioni del Popolo delle Stelle e del futuro di New Domino City, che vengono inghiottite da un geoglifo di fuoco a forma di ragno.

Dopo la vittoria su Jack nella Fortune Cup, Yusei viene nominato il nuovo Re dei Duelli. Mentre Yanagi informa la banda dei Signers e dei Dragon Birthmarks, Yusei viene sfidato da un uomo misterioso con una voglia a forma di ragno sul braccio che riesce a trasformare il duello in un Duello delle Ombre. Yusei è sorpreso di scoprire che il suo avversario ha un nuovo temibile tipo di mostro, un Mostro Oscuro Synchro. Nel frattempo, un reporter di nome Carly cerca di ottenere lo scoop sul nuovo Re dei Duelli.

Nonostante le difficoltà causate dal Dark Synchro Monster, Yusei riesce a vincere il suo duello contro il Dark Signer. Tuttavia, dopo il duello, il suo avversario non ha alcun ricordo di ciò che è accaduto e non ha più la voglia o i Mostri del Sincro Oscuro nel suo mazzo. Si scopre che i ragni vengono usati per controllare le persone, uno dei quali si dirige verso l'ospedale dove Jack si sta riprendendo. Trudge arriva per riportare Yusei al Satellite, e Yusei decide di andare, con l'intenzione di ottenere la verità da Goodwin.

Dopo il suo rilascio dalla sicurezza, Carly partecipa a un evento per la prima volta e incontra una modella di nome Misty, che prevede la sua morte. Quando Angela, una giornalista rivale, rivela che Jack è nato nel satellite, Carly decide di infiltrarsi nell'ospedale per intervistare Jack. In quel momento, un ragno Dark Signer possiede Trudge e sfida Jack, che sta cercando di lasciare l'ospedale, a duello. Incapace di usare il suo braccio destro fratturato, Jack decide di usare Carly come braccio. Vincono il duello, ma Jack si indebolisce e chiede a Carly di tirarlo fuori di lì senza che nessuno se ne accorga. Nel frattempo, Goodwin mostra a Yusei la verità.

Un ribelle del Satellite di nome Crow ruba diversi mazzi per i suoi amici. Viene costretto in un duello dalla Sicurezza, ma riesce a batterli con un colpo solo. Mentre Goodwin dice a Yusei la verità su Signers e Dark Signers, Luna ha incubi che coinvolgono i draghi. Mina e Trudge si presentano a casa di Carly dove trovano Jack, ma lui si rifiuta di andare con loro. Yusei viene poi rimandato al Satellite dove Crow lo aspetta.

Dopo aver raggiunto l'altro e essersi riuniti con Rally e co, Yusei e Crow sono costretti ad un Turbo Duello con la sicurezza utilizzando le regole del Tag Duel. Nel frattempo, Carly accompagna Jack in giro per la città mentre Mina e Trudge lo seguono. Jack ricorda la sua vita nel Satellite e gli amici che ha tradito. Seguendo alcuni consigli di Carly, decide di seguire la sua strada.

Rally e amici si incontrano con Yusei e Crow al loro nascondiglio, dove Crow racconta una storia sull'uomo che ha costruito il ponte Dedalo. Più tardi quella notte, mentre Yusei e Crow cercano il luogo dove si trova il Dark Signer, Kalin, un loro ex amico, invia un segnale di Dark birthmark, avvisando Yusei e gli altri Signers. Jack e Carly sono accompagnati da Mina nel luogo in cui si trova Yusei, dove Carly viene a sapere che Yusei è nato a Tops e che i suoi genitori sono stati coinvolti nell'incidente dell'Inversione Zero. Kalin fa la sua apparizione, intrappolando Yusei in un geoglifo a forma di linea di Nazca gigante e costringendolo a un Dark Turbo Duel.

Mentre si preparano al suo duello contro Kalin, Yusei, Crow e Jack ricordano quando facevano tutti parte di una banda di duellanti, gli Enforcers, che duellavano di notte con le bande rivali. Il duello inizia e Yusei prende un duro attacco a causa degli effetti del duello delle ombre, che sembra essere più pericoloso nel Turbo Duel.

Kalin convoca il suo Cento Occhio Drago, un mostro di livello -8 Dark Synchro, causando una vera e propria minaccia per Yusei. Yusei ricorda ancora una volta i suoi giorni negli Enforcers, e ricorda come Kalin gli ha salvato la vita. Quando viene quasi bruciato tra le fiamme della barriera oscura, Yusei ricorda anche quando Kalin ha ucciso un membro della Sicurezza e come la lotta tra loro abbia scatenato l'odio di Kalin nei confronti di Yusei.

Yusei sconfigge il Drago Cento Occhi usando il Drago di Stardust, ma Kalin evoca un potente mostro, un Immortale Terrestre, chiamato 'Ccapac Apu', usando le anime di tutti gli abitanti di Satellite catturati, senza essere scalfito dagli attacchi di Mostri, Incantesimi o Trappole. Prima che possa attaccare, il Duel Runner di Yusei cede e si schianta, ponendo fine al duello. Tuttavia, Yusei viene colpito da un frammento nell'addome e viene portato da un medico locale in Satellite da Crow. Nel frattempo, gli amici di Yusei cercano di recuperare il suo Duel Runner rotto mentre tengono lontani i ladri di Satellite.

Mentre Yusei si riprende dall'operazione, Leo presume che sia il quinto firmatario da quando il suo mostro, Power Tool Dragon, è apparso nel sogno di Luna. Gli viene l'idea di reclutare Akiza per combattere i Dark Signers e va con Luna, Tanner e Yanagi a visitare Sayer per vederla. Tuttavia Sayer li anestetizza, e ha un suo piano per reclutare Luna nel Movimento Arcadia, rinchiudere Tanner e Yanagi e costringere Leo a un duello con la sorella a rischio, perché se perde Luna rimarrà e diventerà membro del Movimento Arcadia, mentre Luna starà a guardare con Akiza. Leo prende temporaneamente il sopravvento convocando il Power Tool Dragon, ma viene poi sconfitto dal Mostro Synchro di Sayer e rimane incosciente.

Jack decide di tornare con Mina in città per recuperare il suo Duel Runner. Pensa che sia troppo pericoloso per Carly farsi coinvolgere, ma promette di dirle tutto quando sarà tutto finito. Carly, volendo mantenere il contatto con Jack, decide di indagare su Akiza e sul Movimento Arcadia, scopre che Misty è in qualche modo legata a loro e va ad incontrarla. Rivela che Akiza è apparentemente responsabile della morte del fratello minore.

New Domino City è scossa da un terremoto mentre un nuovo geoglifo viene incendiato. Con sorpresa di Sayer, qualcuno si presenta nel suo ufficio: Carly, viva... e in veste di Dark Signer. Sfida Sayer a un Duello delle Ombre per vendicarsi, e Sayer è scioccato dalle abilità dei suoi nuovi mostri. Notando i geoglifi, Jack si dirige verso l'azione, essendo quasi inghiottito dalle fiamme nel processo. Nel frattempo, Akiza viene avvicinata da Misty, che la sfida a duello, anche lei in veste di oscura firmataria.

Durante il loro duello, Misty informa Akiza di essere responsabile della morte del fratello, che Akiza nega. Tanner e Yanagi salvano Luna e Leo dalla loro prigionia e scoprono i due duellanti lungo la strada. Una barriera proveniente dalla voglia di Luna protegge gli altri, poiché innumerevoli anime vengono sacrificate quando Misty convoca il suo Immortale terrestre, Ccarayhua.

Akiza viene portata in ospedale dove i suoi genitori, Hideo e Setsuka, si incontrano con Jack, Leo e Luna. Jack dice loro che l'unico che può salvare Akiza è Yusei, così Hideo si reca su Satellite per parlare con lui. Gli dice che quando Akiza era giovane, non poteva passare del tempo con lei a causa del lavoro.

Sopportando il dolore degli attacchi di Akiza, Yusei convoca il Drago di Stardust per affrontare il Drago Rosa Nera e raggiungere il suo cuore. Ancora ferita dalla perdita di Sayer, Akiza scatena la sua piena potenza e indebolisce costantemente il Drago Stardust. Mentre Yusei viene colpito da altri attacchi, Hideo interviene per proteggerlo e cercare di raggiungere Akiza, subendo qualche danno nel tentativo.

Prima di visitare Goodwin, Mina mostra ad Akiza la vera natura del Movimento Arcadia, mostrando come si sono svolti esperimenti su bambini piccoli per far crescere i Duellanti Psichici. Yusei, Jack, Akiza, Luna e Leo vanno da Goodwin per scoprire la verità. Goodwin quasi nega l'ingresso a Leo, dato che non è un Firmatario, ma Luna insiste perché resti con loro.

I Signers contemplano ciò che Goodwin aveva detto loro. Yusei si sente in colpa per il fatto che Kalin sia diventato un Dark Signer, ma Jack gli dà un pugno nello stomaco e lo affronta per dargli un po' di buon senso Yusei poi risponde con un pugno. Leo è riluttante ad unirsi a Luna per andare al Satellite, dato che la sua battaglia con Sayer ha dimostrato che non era un degno eroe.

Crow riesce a riguadagnare terreno nel suo duello contro Lazar con il suo mostro, Black Feather Arms Wing, ma proprio in quel momento, una luce viola brilla dal Reattore Enerdy originale all'interno di un cratere su cui Lazar stava indagando, e una nebbia nera inizia ad avvolgere Satellite. Mentre Lazar riesce a fuggire, Crow viene catturato dalla nebbia e scompare, insieme a diversi cittadini di Satellite.

Mentre vola verso il satellite Akiza chiede del padre di Yusei e Mina spiega a tutti cosa ha fatto suo padre. Spiega anche cosa è successo 17 anni fa e che Yusei è nato in città. Yusei, Jack, Akiza, Leo, Luna, Mina e Trudge arrivano a casa di Martha dove lei e Blister stanno aspettando. Martha informa tutti che Crow, Rally e gli altri sono scomparsi e offre a tutti un pasto. Poi Yusei risponde alla domanda di Martha se la ragazza che è seduta lì a tavola è Akiza e poi Martha dichiara di averla salvata.

Mentre Roman si prepara per la sua evocazione immortale terrestre, Yusei fa del suo meglio per rimandare e Martha e Trudge si affrettano a salvare i ragazzi. Tuttavia, Roman accelera il processo ed è in grado di evocare il suo Immortale Terrestre, Uru. Per fortuna, Jack arriva in tempo e forma una barriera intorno ai ragazzi per impedire che le loro anime vengano sacrificate. Roman rivela allora che non solo era un assistente del padre di Yusei, ma è anche il fratello di Goodwin e il responsabile dell'incidente dell'Inversione Zero. Yusei riesce a sviare un colpo dall'attacco di Uru, ma colpisce un edificio in cui si nascondono Taka, Martha e Trudge.

I Dark Signers si presentano per deridere i Signers dopo il duello di Yusei con Roman. Devack si presenta e rivela di essere in possesso di Ancient Fairy Dragon e sfida Luna a venire a prenderlo. Roman annuncia che i loro duelli si svolgeranno presso le quattro stelle del destino. Mentre li insegue, Jack scopre che uno dei Dark Signers è Carly, che gli dice di trovarla se vuole sapere cosa è successo.

Quando Luna raggiunge una città nel Regno degli Spiriti, si accorge che i suoi abitanti corrono spaventati e che la gravità si comporta in modo strano. Viene scoperta da un gruppo di soldati scimmia, che imprigionano i suoi spiriti di carta in tavolette di pietra con i livelli negativi. Viene salvata da un giovane mago di nome Torunka, che decide di aiutare Luna a trovare Regolo, la serva di cui parlava il Drago Fata Antica.

Mentre Luna e Torunka riescono a trovare Regulus, Luna si accorge che sente il contrario di quello che dice Luna e diventando diffidente nei suoi confronti, ma quando Regulus si accorge che è un Firmatario, decide di aiutarli.

Il piano di Luna per liberare l'Antica Fata del Drago è ostacolato quando viene rivelato il Minus Staff che portava con sé, facendo sì che Torunka sveli accidentalmente i loro piani. Regulus riesce a distruggere Zeman, che viene contemporaneamente distrutto da Leone nel mondo reale, ma non prima che Zeman trasferisca il potere della maledizione del Minus a Devack. Questo riporta Torunka alla sua età normale, ma non libera la Fata Antica o gli spiriti minus.