1947 - Il Capitano Russell Key (Steve Burton), pilota dell'aviazione, si trova nel mezzo di un combattimento aereo sopra la Francia durante la Seconda Guerra Mondiale, quando, il suo aereo si imbatte in una misteriosa luce blu, che salva lui e il suo equipaggio di nove uomini da morte certa. Dopo l'episodio nessuno dei nove membri dell'equipaggio ha memoria di quanto accaduto o come siano sopravvissuti. Dopo la guerra, Russell cerca di tornare alla normalità, ma è assillato da strani incubi e emicranie. Egli scopre che ogni altro membro del suo equipaggio è morto misteriosamente e si sente in dovere di trovare delle risposte. Intanto, il Capitano - senza scrupoli - Owen Crawford (Joel Gretsch) conduce una ricerca governativa sull'impatto di un oggetto non identificato, avvenuto nel deserto vicino alla sua base militare, a Roswell, New Messico - e sui suoi possibili sopravvissuti. Nel vicino Texas, una giovane donna, Sally Clarke (Catherine Dent) soccorre un giovane straniero che si è rifugiato nel suo fienile. Il giovane dirà di chiamarsi John e di venire da molto lontano, è un giovanotto molto gentile e cortese e ben presto conquista la giovane donna. L'esercito sta per scoprire dove si nasconde l'alieno scampato all'impatto, ma prima che questo accada, un'astronave arriva a prendere John, non prima che Sally scopra chi è in realtà e gli doni uno dei suoi orecchini 'La Stella Solitaria'. Anche John ha lasciato un dono a Sally......

Due ragazzi fuori dal comune scoprono il loro destino e iniziano a rendersi conto del loro ruolo nel grande piano alieno. 1958 - Russell Keys (Steve Burton) è frequentemente vittima di rapimenti alieni, durante uno di questi episodi, vede su un lettino accanto al suo il figlio tredicenne Jesse (James Kirk). Inizia così la sua lotta per impedire che Jessi sia vittima del suo stesso destino. Russell cerca invano di convincere Kate (che ora è sposata col suo migliore amico Bill), dell'esistenza degli alieni e dei rapimenti, ma la madre di Jesse lo crede pazzo. Intanto a Roswell, il Colonnello Owen Crawford (Joel Gretsch) fallisce nella sua missione di scoprire il segreto che si cela dietro l'astronave aliena che ha trovato 10 anni prima. Il Colonnello crede che la risposta possa trovarsi in Jacob Clarke (Anton Yelchin), il giovane figlio di Sally (Chatherine Dent) frutto della relazione con l'alieno John. Il ragazzo sembra possedere poteri che non appartengono a questo mondo. Nel frattempo l'esercito sta svolgendo degli esperimenti su una coppia di giovani gemelle che sembrano essere telepatiche. Crawford ordina che le due giovani vengono portate sull'astronave aliena per vedere cosa succede e senza nessuno scrupolo le lascia nell'astonave per venti minuti pur sapendo quali saranno le conseguenze.

Le ricerche del Colonnello Owen Crawford (Joel Gretsch) su Jacob Clarke (Anon Yelchin) - l'ibrido alieno figlio di Sally e John - non lo portano a nulla, ma il suo progetto governativo segreto trova nuova vita dopo che Jesse Keys (James Kirk), frequentemente rapito dagli alieni, gli fa visita. 1962 - Il Colonnello Crawford cerca disperatamente di salvare il suo progetto top-secret sugli UFO dalla cancellazione voluta dal presidente. Per questo va a caccia di Jacob Clarke. Durante una partita di basball, Jacob è alla battuta e dopo due strike fa un fuoricampo (sfrtuttando i suoi poteri), ma invece di correre alle basi, cade a terra svenuto. Quando si sveglia un medico lo sta visitando, ma all'improvviso i suoi occhi diventano completamente neri e Jacob sa chi è. Il 'dottore' lo avverte che se abusa dei suoi poteri li perderà insieme alla ragione. Nel frattempo il Colonnello Crawford, durante il suo viaggio incontra Russell (Steve Burton) e Jesse Keys, che si offrono volontari per essere sottoposti a test ed esami di laboratorio nell'ultimo tentativo di fermare i rapimenti.

I peccati del padre, vengono alla luce quanto i figli del Capitano Owen Crawford (Joel Gretsch), prendono opposte posizioni rispetto al progetto governativo del padre. 1970 - Il Colonnello Crawford sta cercando disperatamente di salvare il suo progetto. Cerca di incontrare il Presidente in persona, sul luogo dove sono stati rinvenuti dei cerchi in un campo di grano, ma al posto del Presidente si presentano due agenti del NSA. Crawford, nel tentativo di mantenere attivo il suo progetto, cerca prima di far leva sulla sua posizione dicendo ai due agenti di aver rovinato molta gente ed essere sopravvissuto a cinque Presidenti e poi cerca di minacciare i due, ma non ha successo. Uno dei due agenti mostra a Crawford un'altro cerchio il cui simbolo non è altro che il simbolo della pace e sotto di esso vi è la scritta 'Hawdy' (ciao). Nel frattempo, il dottor Powell, Darrell, Buzz, e Sara si trovano in Alaska per investigare su una tomba indiana del popolo 'Chim Chim'. Qui rinvengono una mummia e dei geroglifici. Eric (Andy Powers) e Sam (Ryan Merriman), figli del Colonnello Owen Crawford, si radunano attorno al padre quando la sua carriera va a picco. Ma i due ragazzi nascondono qualcosa. Intanto, un adulto Jesse Keys (Desmond Harrington) torna dal Vietnam. Ttormentato dal suo passato Jesse ha trovato rifugio nella droga.

Eric Crawford (Andy Powers) continua con le investigazioni del progetto governativo segreto del padre e le ricerche di Jacob Clarke (Chad Donella) e Jesse Keys (Desmond Harrington) per avere risposte sull'esistenza degli alieni. 1980 - Dopo 20 anni, Jacob Clarke ritorna a casa per dire addio alla madre Sally che sta morendo di cancro. Jacob ha sposato Carol e ha una figlia di nome Lisa. Jacob usa i suoi poteri per permettere alla madre di vedere John un'ultima volta. Più tardi sul portico, lui e il fratello Tom discutono dell'accaduto e Tom che è sempre stato scettico sull'argomento alieni, è costretto a rivedere la sua posizione quando Jacob gli confida di essere per metà alieno. Intanto, Eric Crawford continua l'investigazione governativa del padre con il Dottor Chet Wakeman (Matt Frewer). I Crawford stanno prendendo in considerazione la possibilità di trasferirsi nel Maine dove sono apparsi molti 'cerchi nel grano' nei pressi del lago. Eric Crawford ed il dottor Wakeman danno la caccia a Jacob e Jesse Keys, che li conducono ad un catastrofico confronto fra i militari, le vittime e alcuni inaspettati visitatori.

Entra in gioco la successiva generazione, quando i figli di Jacob Clarke (Chad Donella) e Jesse Keys (Desmond Harrignton) divengono il nuovo interesse sia dell'investigazione governativa che degli alieni. 1981 - Jacob da a sua figlia Lisa la 'Stella Solitaria'. Charlie si trova in macchina da solo mentre la madre sta andando a prendere una pizza, quando la madre torna Charlie è scomparso. Quando ritorna ha un'innesto dietro l'orecchio, è il primo di molti rapimenti. Anche Lisa viene rapita diverse volte. Dopo la morte di Jesse e Jacob, gli alieni iniziano a focalizzarsi sui loro figli, Charlie (Adam Kaufman) e Lisa (Emily Bergl). Lisa è protetta dagli alieni, mentre Charlie mimane il soggetto dello studio alieno. Durante uno dei rapimenti da parte degli alieni, Charlie e Lisa vengono portati sull'astronave e messi insieme in una stanza senza gravità e senza vestiti indosso. Quando Lisa scopre di essere incinta, non sa chi è il padre ma durante un flashback vede Charlie. 1993 - Lisa sta per partorire, ma ci sono delle complicazini, nello stesso momento un'astronave si avvicina alla terra. Quando le cose sembrano perdute, una luce illumina la sala parto e Lisa si riprende e la bambina è stabilizzata.... l'astronave scompare. Nello stesso istante, Charlie perde l'innesto dopo un'emmoraggia dal naso.

Charlie (Adam Kaufman) e Lisa (Emily Bergl) scoprono gli stupefacenti potere della loro figlia Allie (Dakota Fanning), mentre sono si trovano nel mezzoo di una situazione pericolosa.Presente - Durante una seduta di terapia, Charlie e Lisa si incontrano. Entrambe i giovani hanno lo stesso sentimento di "deja vu" e mentre prendono un caffè insieme iniziano a parlare delle loro esperienze, Charlie confida a Lisa che sono ormai 9 anni che non viene 'rapito', mentre Lisa gli dice che Allie non è mai stata rapita e ha 9 anni. Dopodichè decidono di sottoporsi entrambe ad una seduta d'ipnosi, durante la quale entrambe ricordano il loro primo incontro sull'astronave. Lisa porta a casa sua Charlie che conosce Allie. Mentre Allie sta giocando una partita a calcio, arrivano Mary Crawford e il dottor Wakeman che cercano di rapirla, ma la bambina riesce a scappare. Dopo essere riuscita a sfuggire ai suoi inseguitori, Allie corre verso il Campus dove sua madre sta partecipando ad una seduta di terapia con un gruppo di persone rapite dagli alieni . Durante la seduta, uno dei partecipanti, Ray, impazzisce ed estrae una pistola e durante una colluttazione spara a Charlie. Allie arriva al Campus e diviene anche lei un'ostaggio. Quando arriva l'agente del FBI che Ray ha richiesto, Allie informa Lisa che si tratta di Mary Crawford, la stessa donna che ha tentato di rapirla qualche ora prima. Quando le cose precipitano e tutto sembra perduto, Allie riesce ad entrare nella mente di Ray e scoprire cosa lo affligge, poi scopre di avere poteri che non sapeva di possedere. Ray si arrende, ma Mary vuole Allie a tutti i costi e ordina ai cecchini di uccidere i genitori della bambina, ma Allie compie l'ennesimo miracolo.

Il Generale Beers vuole usare Allie come esca per attirare gli alieni in una trappola.Presente - Dopo che Ray si arreso, Allie per salvare i suoi genitori e tutti gli ostaggi dal piano di Mary Crawford, li fa 'scomparire', dopodichè va con Mary ed il dottor Wakeman, ora Allie è parte di un operazione militare. Lisa sente la paura della figlia. Mentre lei e Charlie si trovano nel suo appartamento, discutono di quello che Allie a fatto per Charlie, guarendolo dalla ferita di proiettile. Allie si trova nella base militare in Nord Dakota dove è sottoposta ad alcuni test. Il Generale Beers vuole usare la bambina per attirare gli alieni in una trappola. Lisa sembra vedere attraverso gli occhi della figlia. Intanto Charlie e Lisa cercano il modo per trovare Allie e portarla in salvo. Mary vuole a tutti i costi che Allie legga le scritte su di un manufatto, quando Allie lo fa l'oggetto inizia ad emanare una strana luce e poco dopo il cielo si riempie di luci. Nella confusione creata dall'astronave, Allie riesce a scappare, Charlie e Liza cercano di raggiungerla, l'astronave atterra e Mary non resiste al desiderio di guardare all'interno e riesce ad entrare, le porte dell'astronave si chiudono.

I genitori di Allie (Dakota Fanning) cospirano per salvare la loro figlia dalle grinfie dell'esercito, solo per scoprire quanto potere Allie possiede davvero.Presente - Inseguiti da Mary Crawford (Heather Donahue), che è sopravvisuta, e dal dottor Wakeman (Matt Frewer), Charlie, Lisa e la piccola Allie si rifugiano in un campeggio. Mentre Charlie sta facendo provviste in un minimarket, alla Tv viene trasmesso l'appello per loro scomparsa, sullo schermo appaiono le foto di Allie, Lisa e Charlie che lascia il negozio di corsa. Charlie corre a prendere Allie e Lisa e la famiglia riprende la sua fuga. Lungo il tragitto, trovano una vecchia pompa di benzina abbandonata dove Charlie lascia Allie e Lisa intanto che cerca di trovare un'altra auto. Sentendo dei rumori, Lisa esce dal garage per controllare, mentre Allie è da sola, dietro una porta appare una luce e all'improvviso appare John (l'alieno soccorso da Sally nel '47), che è tornato per portare la piccola al sicuro. Lisa vede la luce all'interno del garage e si precipita dentro, dove trova John vicino alla figlia e lo minaccia con un fucile, John allora gli mostra l'altra 'Stella Solitaria' donatagli anni prima da sua nonna Sally dicendogli di essere suo nonno. L'arrivo di una banda di teppisti costringe John ad uscire allo scoperto e nel tentativo di proteggere Allie e Lisa, viene gravemente ferito, Allie, a sua volta, per proteggere il trisnonno appena ritrovato, scatena i suoi straordinari poteri.

Allie (Dakota Fanning) scopre il suo vero destino e insieme alla sua famiglia deve prendere la decisione più difficile della sua intera vita.Presente - Allie parte con il padre Charlie e la madre Lisa per l' Idaho, portando con se anche John, che è restato ferito nel tentativo di proteggerla. Durante il viaggio John si rende conto che Allie si sta indebolendo. Charlie è molto agitato per la presenza di John e gli chiede perchè è tornato, John risponde che sta solo cercando di capire ogni cosa, proprio come gli scienziati cercano di capire ogni cosa sulla terra. Arrivati nell' Idaho, incontrano Tom che grazie ad acluni amici ha organizzato la fuga di Allie, Charlie e Lisa in Sud America. Ripartono tutti insieme a bordo di un camper per dirigersi verso la fattoria di famiglia nel Texas. Qui Allie scopre il suo vero destino. All'improvviso decenni di segreti vengono rivelati, obbligando Allie e la sua famiglia a prendere la decisione più difficile della loro vita. John spiega che Allie non può più restare, usare i suoi straordinari poteri sulla terra potrebbe ucciderla, la bambina deve andare via con lui. John da ad Allie la 'Stella Solitaria' che Sally gli regalò anni prima.